Hayari Miyake 16 mart 1866-cı ildə Yaponiyanın Tokuşima prefekturasının qəsəbəsində doğulmuşdur. 1879-cu ildə Tokioya getmiş və 1881-ci ildə Tokioda yerləşən Alman Dili Məktəbinə daxil olmuşdur. 1887-ci ildə Tokio İmperiya Universitetində tibb təhsili almağa başlamışdır. 1891-ci ildə universitetdən məzun olduqdan sonra universitetin cərrahiyyə professoru köməkçisi olmuşdur. 1893-cü ildə Skriba tərəfindən yetirilmiş əzilmiş kəllə sınığı əməliyyatı haqqında hesabat yazmışdır. Bu, Yaponiyada uğurla baş tutmuş haqqında ilk belə hesabat olmuşdur.

1889-cu ildə cərrariyyə təhsili almaq məqsədilə Almaniyanın Breslau şəhərinə getmişdir. Onun müəllimi olmuşdur. Miyake 1898–1900-cü illərdə, eləcə də, 1903-cü ildə bir il 8 aylığına Breslauda yaşamışdır. O, Breslauda yaşadığı dövrdə cərrahiyyəni, xüsusilə də, professor rəhbərliyi altında mədə cərrahiyyəsini öyrənmişdir. O, burada neyrocərrahiyyə haqqında biliklər də əldə etmişdir. Mikuliç Miyakeni çox sevmiş, ona burada qalmağı təklif etmişdir. Lakin Miyakenin atası onun Yaponiyaya qayıtmasını istədiyi üçün Miyake bu təklifi qəbul etməmişdir. Miyake Yaponiyaya qayıdanda Mikuliç onun Breslaudakı fəaliyyətini əks etdirən sertifikat təqdim etmiş, onu Yaponiya cərrahiyyəsinin gələcək lideri kimi tövsiyə etmişdir. Mikuliç 1905-ci ildə öləndə həyat yoldaşı Mikuliçin birini Miyakeyə göndərmişdir: "Mikuliçin oğlu kimi sevdiyi əziz tələbəyə".

Miyake 1904-cü ildə Kioto İmperiya Universitetinin Fukuoka Tibb Məktəbi Cərrahiyyəsinin sədri seçilmiş, indiki Kyuşu Universitetinin professoru olmuşdur. 1905-ci ildə 27 yaşlı pasiyentin beyininin motor korteksindən uğurla götürmüşdür. Bu, Yaponiyadakı ilk uğurlu intrakranial şişgötürmə əməliyyatı olmuşdur. 1907-ci ildə serebral qumma götürmə, 1911-ci ildə Yaponiyada ilk dəfə C5–6-da onurğa neyrinoması götürmə əməliyyatı həyata keçirmişdir.

Miyake 1913 və 1925-ci illərdə prezidenti seçilmişdir. 1926-cı ildə Romada baş tutan VII Beynəlxalq Cərrahiyyə Konqresinə qatılaraq Yaponiya Cərrahiyyə Cəmiyyətini təmsil etmişdir. Bu, Yaponiya Cərrahiyyə Cəmiyyətinin Beynəlxalq Cərrahiyyə Assosiasiyasındakı ilk iştirakı idi. 1927-ci ildə Kyuşu Universitetinin Cərrahiyyəsi sədrliyindən ayrılmışdır. 1936-cı ildə Almaniya Cərrahiyyə Cəmiyyətinin üzvlüyünə qəbul edilmişdir. Miyake təqaüdə çıxandan sonra arvadı ilə Okayama şəhərində yaşamağa başlamışdır. ABŞ cərrahı ilə dostluq etmişdir. 1943-cü ildə Yaponiya Cərrahiyyə Cəmiyyətinin fəxri prezidenti adına layiq görülmüşdür. 27 iyun 1945-ci ildə ABŞ Hava Qüvvələrinin atdığı bomba Miyake və arvadı Mihonun ölümünə səbəb olmuşdur.

1922-ci ilin payızında Miyake gəmi ilə Avropadan Yaponiyaya qayıdırdı. Bu, Yaponiya hökumətinin göstərişi ilə Avropa ölkələrini müşahidə etmək üçün üçüncü səyahətindən qayıdışı idi. Eyni gəmidə Albert Eynşteyn də səyahət edirdi. Gəmi Hind okeanından keçəndə Eynşteyndə qızdırma başlamışdır. Simptomlar davam etdiyi üçün Eynşteyn bağırsaq xərçəngi olduğunu düşünmüş və depresiyaya düşmüşdür. Eynşteynin həyat yoldaşı Miyakeni ziyarət etmiş və ondan Eynşteynə baxmasını xahiş etmişdir. Miyake Eynşteyni müayinə etmiş və xərçəng olmadığını, bunun sadəcə olduğunu bildirmişdir. O, Eynşteynə xəstəlikdən sağalmaq üçün müalicə vermiş və Eynşteyn tezliklə sağalmışdır. Bu hadisədən sonra Eynşteyn və Miyake dostlaşmışdırlar. Yaponiyaya çatdıqdan sonra Eynşteyn və arvadı Miyakenin Fukuoka şəhərində yerləşən evini ziyarət etmişdirlər. Eynşteyn Miyakenin Vyanadan gətizdirdiyi pianoda ifa etmişdir.

Miyake 1926-cı ildə Beynəlxalq Cərrahiyyə Görüşündə iştirak etdikdən sonra Eynşteynin Berlindəki evinə qonaq getmiş, Eynşteyn və arvadı ilə görüşmüşdür. Eynşteyn 1929-cu ildə ABŞ-yə köçdüyü üçün bu, onların son görüşü olmuşdur. Eynşteyn Miyakenin 1945-ci ildəki ölümünü öyrəndikdən sonra ABŞ-dən Yaponiyaya başsağlığı məktubu göndərmişdir. Eynşteynin Hayariyə həsr olunmuş memorialda – Eynşteyn Dostluq Abidəsinin üzərisində həkk olunmuşdur.

Miyake mədə cərrahiyyəsi üzrə ixtisaslaşmış və bu mövzuda çoxlu məqalələr yazmışdır. O, Yaponiyada beyin cərrahiyyəsi və mədə xərçənginin cərrahi müalicəsi sahələrinin qabaqcılı olmuşdur. Miyakenin tələbəsi olmuş Hakaru Haşimoto 1912-ci ildə Haşimoto xəstəliyini kəşf etmişdir.