Dağıstanın Babayurd rayonunda anadan olmuşdur. Dağdizel zavodunda freze maşını operatoru işləyir. 1969-cu ildən ictimai və siyasi işlə məşğul olur: 1969–1980-ci illərdə Kaspiysk şəhər komsomol komitəsinin katibi, Komsomolun Dağıstan vilayət komitəsinin şöbə müdirinin müavini, komsomol katibi vəzifələrində çalışır. 1980-ci ildə Şpiqun Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Dağıstan Vilayət Komitəsinin şöbə təlimçisi, təşkilati və partiya işləri şöbəsinin müdir müavini vəzifəsini icra edir.

1984-cü ildə SSRİ Daxili İşlər Nazirliyinin xidmətinə daxil olur, islah işləri müəssisələrində rəis müavini vəzifəsini tutur. Sonra siyasi şöbənin rəis müavini, kadrlar şöbəsinin müdiri, nazir müavini, Dağıstan Daxili İşlər Nazirliyinin şəxsi heyəti üzrə xidmət rəisi olur.

Birinci Çeçenistan müharibəsində iştirak edir. Bu müddət ərzində Çeçenistan ərazisindəki bütün istintaq təcridxanalarının rəisi olur. 1996-cı ildə Cövhər Dudayev Qennadi Şpiqunu "Çeçen faciəsindən məsul olanların siyahısına" daxil edir.

1996–1998-ci illərdə Şpiqun Rusiya Federasiyası Daxili İşlər Nazirliyi Baş Qərargahının Fövqəladə Hallar İdarəsinin fövqəladə vəziyyətdə qüvvə və vasitələrin idarə olunmasını təmin etmək şöbəsinin baş ekspert-məsləhətçisi olur, sonra baş müfəttiş vəzifəsinə yüksəldilir. Elə həmin il Rusiya Federasiyası Daxili İşlər Nazirliyinin Baş Təşkilat və Təftiş İdarəsinin müfəttişliyinin rəisi vəzifəsinə köçürülür.

1999-cu ilin fevral ayında Şpiqun, Ruslan Auşevin qardaşı Adam Auşevi Rusiya Federasiyası Daxili İşlər Nazirliyinin İçkeriyadakı nümayəndəsi olaraq əvəz edir. Bu Çeçenistanda etiraz yaradır, Aslan Masxadov, Rusiya Daxili İşlər Nazirliyinin rəhbərliyinə Şpiqunun İçkeriya Respublikasında olmasının arzuolunmazlığı barədə məlumat verir.

5 Mart 1999-cu ildə Qroznı hava limanında Şpiqun, 8 martı həyat yoldaşı ilə birlikdə qeyd etmək üçün Moskvaya uçmaq üçün bir Asxab avia şirkətinə məxsus təyyarəyə minir. Ancaq mühafizəçilər təyyarədən kənarda qalır. Uçuş-enmə zolağı ilə hərəkət zamanı, maskalı üç silahlı adam baqaj bölməsindən çıxır, daha ikisi sərnişin bölməsindən onlara qoşulur. General tutulur və Ter silsiləsi istiqamətinə sürütlənərək aparılır. Pilot hadisəni bildirmək üçün təyyarəni terminala tərəf çevirir, lakin sonra təyyarənin yolunu iki UAZ avtomobili bağlayır. Maşınların içərisindən çıxan kamuflyajlı insanlar salona buraxılmasını tələb edirlər. Təyyarədə nə generalın, nə də köməkçilərinin olmadığından əmin olduqdan sonra birinci qrupu təqib edirlər. 17 martda qaçıranlar general Şpiqun üçün 15 milyon ABŞ dolları məbləğində fidyə tələb edir, daha sonra məbləğ 7, bir müddət sonra isə 3 milyona endirilir. Rusiya Daxili İşlər Nazirliyinin rəhbərliyi adam oğurlayanlara pul ödəməkdən imtina edir.

Oğurluqdan sonra Daxili İşlər naziri Sergey Stepaşin Şpiqunun azad ediləcəyi sözünü verir. Rəsmilərin ifadələrinə görə, həm Rusiya, həm də İçkeriyanın güc strukturları qaçırılan generalın azad edilməsi üçün dəfələrlə cəhdlər etmiş, qaçıranların nümayəndələri ilə görüşlər keçirilmişdir. Silahlı bazalara raket hücumlarından xüsusi təyinatlıların əməliyyatlarına qədər müxtəlif variantlar təklif edilmişdir. Şpiqun tez-tez bir yerdən digərinə daşınır, bu da hər hansı bir hərəkəti planlaşdırma ehtimalını istisna edir. İçkeriya tərəfdən Daxili İşlər Nazirliyi sıralarında silahlıların olması hərəkətlərə mane olur.

29 dekabr 1999-cu ildə mediada Açxoy-Martan ağsaqqallarının, general Şpiqunun sağ olduğu və 5 milyon dollar dəyərində olduğu haqqında bir bəyanat yayılır. Bir müddət Açxoy-Martanda saxlanıldığı, daha sonra Gürcüstana aparıldığı bildirilir. Bu versiya əsirlikdən azad edilmiş Dağıstan sakininin ifadəsi ilə təstiqlənir. O, oğurlanmış generalla eyni zirzəmidə Gürcüstanın Şatili kəndində saxlanıldığını iddia edir. Gürcüstanın keçmiş müdafiə naziri Tengiz Kitovani sonradan Gennadi Şpiqunun Pankisi dərəsində saxlanıldığı barədə məlumatı təsdiqləyir. 28 yanvar 2000-ci ildə bir sıra Rusiya mətbu orqanları Şimali Qafqazın Mütəşəkkil Cinayətkarlıqla Mübarizə İdarəsinin rəisinin Gennadi Şpiqunun sağ olduğu və harada olduğu bilinən bir bəyanat yayır.

Rusiya Federasiyası Daxili İşlər Nazirliyi, generalın oğurlanmasının Əbdül-Malik Məcidov dəstəsindən olan separatçılar tərəfindən Şamil Basayevin əmri ilə həyata keçirildiyini bildirir. Digər mənbələrə görə, qaçırmanın təşkilatçıları çeçen separatçıları Baudi Bakuyev, və Əhmədov qardaşları olur. Şpiqunun qaçırılmasında köməyin, onlarla girovun saxlandığı Qroznıdakı bir hərbi şəhərciyə məsul olan İçkeriya sərhəd və gömrük xidmətlərinin rəhbəri "Briqada generalı" Maqomed Xatuyev tərəfindən verildiyi güman edilir. Əlavə olaraq qaçırmanın təşkilində "briqada generalı", İçkeriya Daxili İşlər nazirinin müavini Nəsrudi Bajiyevin iştirak etdiyi güman edilir. 2002-ci ildə Boris Berezovski də adam oğurluğunda iştirakda ittiham olunur. Gennadi Şpiqun Berezovskinin çeçen quldur dəstələri ilə maliyyə təmaslarından xəbəri var idi ki, bu da oğurluğa səbəb ola bilərdi.

31 mart 2000-ci ildə İtum-Kali kəndi ərazisində yerli sakinlərin köməyi ilə yaraqlılardan qaçaraq meşədə donmuş girovların cəsədi tapılır. Tutulan yaraqlılardan birinin ifadəsinə görə, Şatoydan İtum-Kaliyə köçərkən oğurlanmış general Şpiqun ürək problemlərindən dünyasını dəyişir. Edilən genetik müayinə cəsədin 90% Şpiquna aid olduğunu göstərir. Daha sonra cəsədi generalın qardaşı tanıyır.

Gennadi Şpiqun cəsədinin şəxsiyyətinin tanınması faktı Rusiya Daxili İşlər Nazirliyinin nümayəndələri tərəfindən təkzib edilir. Beləliklə, Daxili İşlər Naziri Vladimir Ruşaylo, tapılan cəsədin qaçırılan şəxsə aid olması haqqında məlumatı "axmaqlıq" adlandırır və axtarışın davam etdiyini bildirir. 2000-ci il aprelin 30-na keçən gecə, əməliyyat qrupu tərəfindən Şpiqunun axtarılması üçün aparılan xüsusi əməliyyat nəticəsində, Mahaçqala merinin qardaşı oğlu Bamut rayonu ərazisində sərbəst buraxılır. Onunda Gennadi Şpiqunla eyni zirzəmidə olması məlum olur.

Novaya Gazeta qəzetinin 2000-ci ilin mart redaksiyasında, federal səlahiyyətlilərin ağır yaralı İçkeria Təhlükəsizlik Şurasının katibi Doku Umarovun Nalçikdə müalicə olunaraq Gürcüstana nəql edilməsini təşkil etməklə Şpigunun cəsədinin təslimi üçün pul ödədiyi iddia edilir. Bu məlumatı müəllif Rusiya Federasiyası Daxili İşlər Nazirliyinin bir neçə yüksək rütbəli məmuruna istinad edir. Umarovun Şpiqunun cəsədinin Rusiya hakimiyyətinə təhvil verilməsində iştirakı ilə bağlı versiya, "Moskovski komsomoles" qəzetinin jurnalisti Marina Perevozkinanın 2010-cu ildə nəşr etdiyi yazıda öz əksini tapmışdır. 2014-cü ildə "Novaya qazeta" qəzetinin jurnalisti Vyaçeslav İzmaylov nəşrində eyni şeyi söyləyir:

Şpiqun 2000-ci ilin iyununda Moskvadakı Preobrajenski qəbiristanlığında dəfn edilir. Mahaçqala hava limanında, Gennadi Şpiqunun cənazəsi olan tabutu Moskvaya göndərməzdən əvvəl, Dağıstan Xalq Məclisinin sədri Muxu Əliyevin, Dağıstan Daxili İşlər Nazirliyinin rəhbərliyinin, Babayurd rayonundan olan bir heyətin iştirak etdiyi yas mərasimi keçirilir.

İki dərəcəli Vətənə xidmətə görə orden medalı;

"Əmək veteranı" medalı;

Üç dərəcəli "Qüsursuz xidmətə görə" medalı;

Yubiley medalları ("Leninin 100 illiyi", "SSRİ Silahlı Qüvvələrinin 60 illiyi").

Babayurdun əsas küçəsinə mərhumun adı verilmişdir.