Həyatının ilk illəriylə bağlı yetərli məlumat yoxdur. Kaptan-ı dərya Qılınc Əli Paşanın kölələrindən olduğu və onun xidmətində yetişdiyi bilinir. Bir çox mənbədə firəng ləqəbiylə anılması, onun əcnəbi əsilli olduğunu göstərir. Paşanın vəfatının ardından 1592-ci ildə Trablusqərb bəylərbəyliyinə gətirildi. Ardından Kipr bəylərbəyi, 1596-cı ildə yenidən Trablusqərb, 1600-cü ildə yenidən Kipr bəylərbəyi təyin edildi.

1604-cü ilin sonlarında Mustafa Paşanın yerinə kaptan-ı dəryalığa təyin olunan Cəfər Paşa ilk iş olaraq Prevezə və Adriatik dənizi sahillərindəki Osmanlı torpaqlarına hücum edən ispan və italyan donanmalarıyla mübarizə apardı. Osmanlı donanmasına aid 60 gəmiylə 1605-ci ilin mayında yola çıxan Cəfər Paşa bölgədəki ispan və italyan quldurlarından şikayətçi olan Venesiya ilə danışıqlar apararaq onları da öz tərəfinə çəkmək istəsə də, bu təklifi geri çevrildi. Bu səfərini nəticəsiz başa vuran Cəfər Paşa qışın gəlməsiylə əmrindəki donanma ilə birlikdə İstanbula qayıtdı. Bu uğursuz dəniz səfərinin nəticəsi olaraq 18 yanvar 1606-cı ildə vəzifədən alındı. Üstəlik, dövlət gəlirləri də kəsilərək xələfi Dərviş Mehmed Paşaya təsis edildi. Ancaq xələfinin 6 ay kimi qısa zamanda sədarətə təyin olmasıyla kaptan-ı dəryalıq vəzifəsi boşaldı və Cəfər Paşa 21 iyun 1606-cı ildə ikinci dəfə bu vəzifəyə təyin edildi.

1606 və 1607-ci illərdə dəniz səfərləri tərtibləmiş, ancaq bu səfərlərin heç birində düşmən donanmalarıyla qarşılaşmamışdır. 9 fevral 1608-ci ildə yaşlılığı bəhanə edilərək vəzifədən alınan Cəfər Paşa ertəsi il İstanbulda vəfat etmişdir.