Qurulma mərhələsində, Ege Universitetindən; İncəsənət fakültəsi, Hüquq fakültəsi, İqtisadiyyat və İdarəetmə Elmləri fakültəsi, Mühəndislik və Memarlıq fakültəsi, Tibb fakültəsi, Dəniz Elmləri və Texnologiyaları İnstitutu, Hüquq məktəbi, Turizm İdarəetmə və Otelçilik Məktəbi, Milli Təhsil Nazirliyi, Gənclər və İdman; Buca Təhsil Fakültəsindən, Dənizli Mühəndislik Fakültəsi, İlahiyyat Fakültəsi, Dəmirçi Təhsil Məktəbi, Dənizli Təhsil Məktəbi, İzmir Peşə Liseyi, Mədəniyyət və Turizm Nazirliyi, İzmir Dövlət Konservatoriyası, Ankara İqtisadiyyat və Ticarət Elmlər Akademiyası; Muğla İş Məktəbi Doqquz Sentyabr Universitetinin tabeliyinə keçdi.

1983-cü ildə Atatürk Prinsipləri və İnqilab Tarixi İnstitutu quruldu və İncəsənət Təhsili Məktəbi ləğv edildi. 1987-ci ildə Manisa Maliyyə və Mühasibatlıq Məktəbi İqtisadiyyat və İdarəetmə Fakültəsinə çevrilməsi ilə Dənizli Peşə Yüksək Məktəbi, Regional İnkişaf və İş Elmləri Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi (BİMER), Egey Bölgəsi Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi (EBAMER) quruldu. 1988-ci ildə Dəniz İdarəetmə və İdarəetmə Məktəbi, 1989-cu ildə Muğla Peşə Liseyi, Avropa Birliyi Beynəlxalq Münasibətlər Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi (ATMER), İlahiyyət Peşə Yüksək Məktəbi ilə Səhiyyə xidmətləri Peşə Məktəbi və 1991-ci ildə Ətraf Tədqiqatları və Elm və Ədəbiyyat Fakültəsi. Tətbiq Mərkəzi (ÇEVMER) fəaliyyətə başladı. 1992-ci ildə Egey regionunda universitet, Aydından Baytarlıq və Kənd Təsərrüfatı Fakültələri, Turizm və Otelçilik Məktəbi, Adnan Menderes Universiteti, Muğla'daki İş və Peşə Məktəbləri, Muğla Universiteti, Manisadakı İqtisadiyyat və İdarəetmə Elmləri Universitetindən 4 yeni universitetin qurulmasına dəstək vermişdir. Fakültə, Dəmirçi Təhsil Məktəbi və Bədən Tərbiyəsi və İdman Bölümü, Cəlal Bayar Universiteti, Dənizli Tibb, Mühəndislik Fakültələri və Təhsil və Peşə Məktəbləri Pamukkale Universitetinə bağlandı. Elə həmin il Mühəndislik və Memarlıq fakültəsindən ayrılan Torbalı Peşə Liseyi, İş İdarəetmə Fakültəsi, Tibb bacısı Məktəbi, Fiziki Terapiya və Reabilitasiya Məktəbi, Onkoloji Hemodializ-Transplantasiya, Gözəl Sənətlər İnstitutu, Təhsil Elmləri İnstitutu, Dini Tədqiqat Fakültəsi, Memarlıq Bölümü qurulmuşdur.

1995-ci ildə toxuculuq, köhnəlməyə hazır və boya tədqiqat tətbiqi mərkəzi (TEKBOYAM), 1997-ci ildə Xarici Məktəbi, Qafqaz-Orta Asiya Arxeologiya Tədqiqat Mərkəzi (KOMER), Geotermal Enerji Tədqiqatı və Tətbiq Mərkəzi (JENARUM), 1998-ci ildə Davamlı Təhsil Mərkəzi (DESEM) quruldu. 2001-ci ildə Zəlzələ Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi (DAUM), Statistika və Risk Təhlili Tədqiqat və Tətbiq Mərkəzi (IRAMER), Su Resursları İdarəetmə və Su əsaslı Təbii Fəlakət Nəzarət Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi (SUMER) və Beyin Dinamikası Çoxtərəfli araşdırma və Tətbiq Mərkəzi fəaliyyətə başladı.

2004-cü ildə Hüquq Tədqiqatları Mərkəzi, Boat İstehsalat Texnologiyaları Tədqiqat və Tətbiq Mərkəzi, Kəskin Geofiziki və Arxeoloji Prospeksiyası Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi, Fauna və Flora Tədqiqat və Tətbiq Mərkəzi, Münaqişələrin Həlli Araşdırma və Tətbiq Mərkəzləri yaradıldı. 2005-ci ildə İzmir İl Strateji Planlaşdırma, İdarəetmə Araşdırma və Tətbiq Mərkəzləri, Səthi Texnologiyalar və Zərər Təhlili Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi fəaliyyətə başladı. 2006-cı ildə Dil Təhsili Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi, Akademik Təcili Tibbi və Fəlakət Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, İnformasiya Texnologiyaları Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi, Keyfiyyət Mükəmməlliyi Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Ailə Tədqiqat və Tətbiq Mərkəzi, Elektrik Elektronikası və Siqnal Emal Texnologiyaları Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi , Kənd Təsisatları və İsmail Hakkı Tonguç Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi, Universitet Sənaye Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, 2007-ci ildə İş Sağlamlığı Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi 2008-ci ildə quruldu.

2009-cu ildə Qərb Anadolu Keramika Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi, Səs Qeydləri Studiyası, Akustik və Koqnitiv Musiqioloji Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi, Simfonik Musiqi Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Elektron Materiallar İstehsal və Tətbiq Mərkəzi, Qadın Hüquqları və Problemləri Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi açıldı. İdman Elmləri və Texnologiyaları Məktəbi, Foça Reha Midilli Turizm və Otelçilik Məktəbi, Seferihisar Fevziye Hepkon İctimai Elmlər Peşə Liseyi quruldu. Dənizçilik və İdarəetmə Məktəbi Dənizçilik Fakültəsinə çevrildi. 2010-cu ildə İncəsənət və Elmlər Fakültəsinin adı Elmlər Fakültəsi olaraq dəyişdirildi və Məktublar Fakültəsi və Ürək-Damar Xəstəlikləri Tətbiqi və Tədqiqat Mərkəzi, Distant Təhsil Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi (DEUZEM) yaradıldı. 2011-ci ildə Sümük Kıkırdak Doku Biotexnologiyası Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Ev Baxımı Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Rəhbərlik və Psixoloji Məsləhət Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Balkan Araşdırma Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi, Qabaqcıl Biomedical Ar-Ge tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi quruldu. Elektrik Elektronikası və Siqnal Qenerasiya Texnologiyaları Araşdırma və Tətbiq Mərkəzi bağlandı və Hemşirelik Məktəbi Hemşirelik Fakültəsinə çevrildi.

2012-ci ildə Uşaq Təhsili Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi, Sağlamlıq Qanunu Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Palliativ Qulluq Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Yuxu və Şüur Texnologiyaları Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Biotibbi Metrologiya və Kalibrləmə Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Milli Klinik İnfrastruktur Şəbəkəsi Tətbiqi və Araşdırma Mərkəz, Nəqliyyat Təhlükəsizliyi və Qəza Araşdırma Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi açıldı və Bergama Peşə Liseyi quruldu.

2013-cü ildə Sahibkarlıq, Biznes və İqtisadiyyat Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi quruldu və İlahiyyat Fakültəsi nəzdində qurulan İlahiyyat Peşə Məktəbi bağlandı. 2014-cü ildə Ehaha Peşə Liseyi, Egey Bölgəsi Mədəni İrs Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Arxeometriya Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Qarın Xərçəng Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi, Reha Midilli Foça Turizm İdarəetmə və Otel İdarəetmə Məktəbi bağlandı və Reha Midilli Foça Turizm Fakültəsi quruldu. Qabaqcıl biotibbi Ar-Ge Tətbiq və Araşdırma Mərkəzinin adı İzmir Biotibbi və Genom Tətbiq və Araşdırma Mərkəzinə dəyişdirildi.

2015-ci ildə Fərdi-Xüsusi Tibb və Farmakogenomik, Genetik Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi, Mövlana Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi quruldu və Hemodializ-Transplantasiya İnstitutunun adı İzmir Beynəlxalq Biotibbi və Genom İnstitutu olaraq dəyişdirildi. 2016-cı ildə Səhiyyə Elmləri Fakültəsi quruldu. Tekstil, Geyim və Boya Tədqiqat Tətbiq Mərkəzi (TEKBOYAM) və Səs Qeydləri Studiyası, Akustik və Koqnitiv Musiqioloji Tətbiq və Tədqiqat Mərkəzi (DABMER) bağlandı, Tərcümə Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi və Cinayət Qanunu və Kriminologiya Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi yaradıldı. 2017-ci ildə Akademik və Şəxsi İnkişafa Dəstək Tətbiq və Araşdırma Mərkəzi və Yörük-Türkmən Mədəniyyət Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi quruldu. 2018-ci ildə; Doqquz Sentyabr Universiteti Laymi Xəstəlikləri Araşdırma Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi və Dokuz Eylül Universiteti Ənənəvi və Tamamlayan Tibb Tətbiqi və Araşdırma Mərkəzi quruldu. 2018-ci ildə universitet daxilində ilk İzmir Baytarlıq Fakültəsi quruldu.