Ceyhun Məmmədov 28 yanvar 1975-ci ildə Cəbrayıl rayonunun Şükürbəyli kəndində anadan olub. 1991–1994-cü illərdə Suriya Ərəb Respublikasındakı Əbu Nur İslam Kompleksində, Dəvət və İrşad İnstitutunda təhsil almışdır. 1994–1998-ci illərdə Liviya Ərəb Sosialist Xalq Cəmahiriyyəsində İslama dəvət fakültəsində ərəb dili və dinşünaslıq üzrə bakalavr təhsili almışdır. 2000–2002-ci illərdə Xəzər Universitetində Ərəb dili üzrə magistr dərəcəsinə yiyələnmişdir.

1998–2001-ci illərdə İrşad İslam Araşdırmaları mərkəzində tərcüməçi, 2001–2002-ci illərdə Azərbaycan Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsində Qarabağ bölgəsi üzrə baş mütəxəsis kimi çalışmışdır. 2002–2012-ci illərdə Dinşünaslıq ekspertizası, ictimai məsələlər və analitik təhsil şöbəsinin müdiri olmuş, həmçinin "Dövlət və Din" ictimai fikir toplusunun redaktoru olmuşdur. 2012–2013-cü illərdə Avrasiya Tərcümə Mərkəzində tərcüməçi kimi çalışmışdır. 2013–2014-cü illərdə AMEA-nın Şərqşünaslıq institutunda Din və ictimai fikir tarixi şöbəsinin böyük elmi işçisi olmuşdur. 2015–2018-ci illərdə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Administrasiyasında Millətlərarası münasibətlər, multikulturalizm və dini məsələlər şöbəsində böyük məsləhətçi vəzifəsində çalışmışdır. 2017-ci ildən Azərbaycan Universitetində müəllim kimi çalışır 2018-ci ildən Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunda müəllim kimi çalışır.

AMEA-nın Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutunda dissertant olmuşdur. Fəlsəfə doktoru dissertasiyasını AMEA-da Dinşünaslıq ixtisası üzrə "Şəmsəddin əs-Səxavi və onun "Richanul-kəffəti fi bəyəni nubzətin min əxbəri əhlis-suffə əsərinin islamda yeri" mövzusunda müdafiə etmişdir.

Azərbaycan İlahiyyat İnsititutu 2018-ci il fevral ayının 9-da Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamı əsasında yaradılmışdır. 2018-ci ilin may ayının 31-də Prezident İlham Əliyev tərəfindən verilən sərəncamla isə Ceyhun Məmmədov bu insitituta rektor təyin olunmuşdur. Milli Məclis Deputatı seçildikdən sonra Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 9 mart 2020 tarixli sərəncamı ilə Azərbaycan İlahiyyat İnstitutunun rektoru vəzifəsindən azad olunmuşdur.

2024-cü il oktyabrın 8-də Azərbaycan - Misir parlamentlərarası əlaqələr üzrə işçi qrupunun rəhbəri seçilib.

• Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2019-cu il 27 may tarixli 1205 nömrəli Sərəncamı ilə "Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 100 illiyi (1918-2018)" yubiley medalı ilə təltif edilmişdir.
• Azərbaycan Respublikası Təhsil nazirinin 6 dekabr 2019-cu il tarixli K-1826 nömrəli əmri ilə "Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919-2019)" yubiley medalı ilə təltif edilmişdir.
• Azərbaycan Respublikası Təhsil nazirinin 26 oktyabr 2023-cü il tarixli 3–29/3-1-1359K/2023 nömrəli əmri ilə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin 100 illiyi (1921–2021)" yubiley medalı ilə təltif edilmişdir.
• Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2024-cü il 2 fevral tarixli 4289 nömrəli sərəncamı ilə "Heydər Əliyevin 100 illiyi (1923–2023)" yubiley medalı ilə təltif edilmişdir.