Cəfər bəy Mustafa bəy oğlu Rüstəmbəyli 1890-cı ildə Nuxa qəzasının Aydınqışlaq kəndində doğulmuşdu. Orta təhsilini Gəncədə klassik gimnaziyada başa çatdırdıqdan sonra 1909-cu ildə Kiyev Universitetinin tibb fakültəsinə daxil olmuşdu. 1905–1910-cu illərdə Sosialist İnqilabçılar Partiyası üzvü olmuş, 1911-ci ildə hərbi həkim kimi səfərbər edilmişdir. Cəfər bəy Rüstəmbəyli I Dünya müharibəsinin başlanması ilə əlaqədar xidmətə çağırılmış, əvvəlcə 58-ci piyada polkunda, sonra isə 1917-ci ilə qədər lazaretdə (hərbi xəstəxanada) həkim işləmişdir. 1917-ci ildən 18 fevral 1918-ci ilədək Krımda şəhər lazaretində həkim vəzifəsində çalışmışdır.

1931-ci il, 5 sentyabr tarixdə Azərbaycan Milli Mərkəzinin 53 nəfər üzvünə qarşı ittiham irəli sürülmüşdür. Cəfər bəy Rüstəmbəyli 1938-ci ildə güllələnmişdir.

Cəfər bəy Rüstəmbəyli "Əksinqilab, spekulyasiya, sabotaj və vəzifə cinayətləri ilə mübarizə" üzrə Azərbaycan Fövqəladə Komissiyasında yazdığı izahatnamədə qeyd edir ki, almanlar 1919-cu ilin yanvarında Krımı tərk etdikdən sonra Denikinin qoşunları dərhal oranı zəbt edərək, səfərbərlik elan etmişdir. Denikinin basqınlarından sonra Cəfər bəy Rüstəmbəyli də daxil olmaqla, Krımın müsəlman ziyalıları könüllülər ordusuna və onun elan etdiyi səfərbərliyə qarşı təşviqata başlamışdılar. Krımın müsəlman ziyalıları Könüllülər ordusuna qarşı apardıqları təşviqata görə, Denikin casuslarının yoxlanışlarına məruz qalmış, onlardan bəziləri saxlanılaraq aradan götürülmüş, bəziləri isə Krımdan qaçmağa nail olmuşdular.

Nəticədə Cəfər bəy Krımdan Bakıya gəlmişdir. Bakıya qayıtdıqdan sonra buradakı tanışları onu, Azərbaycanın xeyrinə olaraq Krım hökuməti nəzdində Azərbaycanın nümayəndəliyi vəzifəsini qəbul etməyə vadar etmişlər. Cəfər bəy Rüstəmbəyli AzFK-dakı ifadəsində həmçinin qeyd edirdi ki, onun Kubandakı rolu Azərbaycan vətəndaşlarının Denikinin elan etdiyi səfərbərlikdən azad olunması üçün onlara şəxsiyyət vəsiqələrinin verilməsindən və Kuban kazaklarının dağıstanlılara qarşı göndərilməsi ilə bağlı Kuban hökumətinə yazılı və şifahi etirazların göndərilməsindən ibarət olmuşdur. Lakin onun ifadəsində həmçinin təəssüflə qeyd edilirdi ki, etirazlarım səhradakı tənha insanın eşidilməyən, cavabsız çağırışlarına bənzəyirdi. Çünki oradakı operativ hissəyə Denikinin qərargahı rəhbərlik edirdi və o, Dağıstan və Azərbaycana ədavətlə yanaşırdı.

Azərbaycan hökumətinin 1918-ci il 23 oktyabr tarixli qərarı ilə Krım hökuməti nəzdində diplomatik nümayəndəliyin təşkil edilməsi xarici işlər nazirinə tapşırılmışdı. Həmin tapşırıq yerinə yetirildikdən sonra Nazirlər Şurasının sədri və xarici işlər naziri Fətəli xan Xoyskinin 1919-cu il aprelin 3-də imzaladığı əmrlə Cəfər bəy Rüstəmbəyli martın 19-dan etibarən ayda 4 min rubl məvaciblə Azərbaycanın Kubanda diplomatik nümayəndəsi təyin edilmiş və ona yol xərcləri üçün təhtəlhesab 50 min rubl ayrılmışdır. Cəfər bəy Rüstəmbəylinin hökumətin qərarı ilə Azərbaycan Respublikasının Kuban və Krımda diplomatik nümayəndə və ticarət müvəkkili təyin edilməsi haqqında məlumat 23 mart 1919-cu il tarixli 61№-li "Azərbaycan" qəzetində də dərc edilmişdir.

1919-cu il iyunun 26-da Cəfər bəy Rüstəmbəyliyə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətini Don hökuməti yanında da təmsil etmək mandatı verildi.

24 sentyabr 1919-cu il tarixli "Azərbaycan" qəzetində dərc olunmuş məlumatda bildirilirdi ki, Azərbaycan Respublikasının Kuban və Don hökumətləri nəzdindəki diplomatik nümayəndəsi Cəfər bəy Rüstəmbəyli Azərbaycanın maraqlarını müdafiə etmək üçün Cənubi Rusiya Silahlı Qüvvələrinin ali baş komandanlığında Azərbaycan Respublikasının nümayəndəsi təyin edilir. Denikin bolşeviklərə qarşı apardığı mübarizədə nə Azərbaycanı, nə də Gürcüstanı müttəfiq qismində özünə tərəf çəkməyə nail ola bilmədi. Buna cavab olaraq Denikin 1919-cu il, noyabrın 19-da Zaqafqaziyanın iqtisadi blokadaya alınması haqqında əmr imzaladı. Bu addımı general Denikinin diplomatik təzyiqinin sonluğu kimi qiymətləndirmək də mümkündür. Denikinin Azərbaycana və Gürcüstana qarşı elan etdiyi iqtisadi blokada nəticəsiz qaldı. Denikin nə hərbi-siyasi yolla, nədə ki, iqtisadi blokada metodu ilə həmin dövlətləri istila edə bilmədi. Cəfər bəy Rüstəmbəyli ağqvardiyaçılar tərəfindən həbs olunma təhlükəsi qarşısında qaldığı üçün 1919-cu ilin noyabrın sonlarında Novorossiysk vasitəsilə Bakıya qayıtmalı oldu.

Cəfər bəy Rüstəmbəyli Fövqəladə Komissiyada yazdığı izahatnaməsində qeyd edirdi ki, o, 1920-ci ilin fevralında ticarət, sənaye və ərzaq naziri Məhəmməd Həsən Hacinskinin təklifi ilə həmin nazirlikdə nazir müavini təyin edilmişdir. Arxiv sənəd materiallarının araşdırılması zamanı müəyyən edilmişdir ki, həqiqətən də Cəfər bəy Rüstəmbəyli hökumətin 11 fevral 1920-ci il tarixli qərarı ilə ticarət, sənaye və ərzaq nazirinin müavini vəzifəsinə təyin edilmişdir. Həmin məlumat Cümhuriyyət hökumətinin rəsmi mətbu orqanı olan 18 fevral 1920-ci il tarixli 12№-li Azərbaycan Cümhuriyyəti Hökumətinin Xəbərləri qəzetində dərc edilmişdir.

Azərbaycanda sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra Cəfər bəy Rüstəmbəyli sovet hakimiyyətinə qarşə 1924-cü ildə yaranmış Azərbaycan Milli Mərkəzinin üzvü olmuşdur. Həmin Mərkəzə türk ziyalıları, o cümlədən Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hökumətlərinin üzvləri, keçmiş nazirlər və əksinqilabi Müsavat və İttihad partiyalarının nümayəndələri rəhbərlik edirdilər. Milli Mərkəzin əsas məqsədi sovet hakimiyyətini yıxaraq, müstəqil Azərbaycan Demokratik Respublikasını yaratmaq olmuşdur.

• Atası Mustafa bəy Rüstəm bəy oğlu Rüstəmbəyov (Qəbələ, Çocuq Pirəlli k. — 1920, Bakı) Qəbələ bəyi olmuşdur.1920-də bolşeviklər onu oğlu Hacı bəylə birlikdə güllələyib. Məhəmməd Əmin Rəsulzadə özünün "Azərbaycan Cümhuriyyəti" kitabının sonunda verdiyi "Azərbaycan qurbanlarından bir listə"dəki istiqlal şəhidləri sırasında "Ağdaş əyanından" Rüstəmbəyli Mustafa bəyin də adını çəkib. Qəbələnin Kiçik Pirəlli kəndindəki evi hal-hazırda da sağlam vəziyətdədir. Mustafa bəyin Qəbələnin Mamaylı kəndində doğulmuş Rüstəmbəyli Şəfi bəydən başqa, Cəfər bəy, Hacı bəy və Baxış bəy adlı oğulları da olub.
• Qardaşı Şəfi bəy Rüstəmbəyli - Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin üzvü.

Şəfi bəyin yaxın qohumu Əliağa Şahmalıyev uzun illər ailədə Şəfi bəyin adını çəkməyin yasaq olduğunu deyir:

Qeyd edək ki, Şəfi bəy Rüstəmbəyovun qardaşı Cəfər bəy Rüstəmbəyli haqqında Ədalət Tahirzadə bunları demişdir:

• . Azərbaycan Nəşriyyatı. 1998. 560.