• Biomüxtəlifliyin, torpaq və su ehtiyatlarının müasir yanaşmalarla tədqiqi, bərpası, mühafizəsi, səmərəli istifadəsi, elektron məlumat bazaları və xəritələrinin yaradılması
• Bioloji proseslərin molekulyar-genetik və fiziki-kimyəvi əsasları, genom, proteom və metabolom tədqiqatları, yeni bio-, nano- və postgenom texnologiyalarının fundamental və tətbiqi əsaslarının işlənib hazırlanması

Azərbaycan Respublikasında bitkilər aləmini öyrənən geniş profilli elmi mərkəz kimi tanınan AR ETN Botanika İnstitutu rəsmi bir qurum kimi 1936-cı ildə SSRİ Elmlər Akademiyası Zaqafqaziya filialının Azərbaycan botanika bölməsinin bazasında təsis edilmişdir. 1999-cu ilə qədər Mərdəkan Dendrarisi (hazırki AR ETN Dendrologiya İnstitutu), 2000-ci ilə qədər Nəbatat bağı şöbəsi (hazırki Mərkəzi Nəbatat Bağı Publik hüquqi şəxs), 2016-cı ilə qədər Bioloji proseslərin fundamental problemləri şöbəsi (hazırki AR ETN Molekulyar Biologiya və Biotexnologiya İnstitutu) Botanika İnstitutunun nəzdində inkişaf etmiş və fəaliyyət göstərmişdir.

İİnstitutun təşəkkül tapmasında və inkişafında onun ilk direktoru, görkəmli botanik, Qafqaz florasının bilicisi, SSRİ Dövlət mükafatı laureatı, SSRi Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü A.A.Qrossheymin mühüm rolu olmuşdur. İnstituta akademik A.A.Qrossheymdən (1936-1947) sonra akademik M.H.Abutalıbov (1947-1950; 1962-1978), akademik H.Ə.Əliyev (1950-1952); b.ü.e.d. Ş.Ö.Barxalov (1952-1957), akademik V.X.Tutayuq (1957-1962), akademik U.K.Ələkbərov (1978-1988), akademik V.C.Hacıyev (1988-2008), müxbir üzv S.H.Musayev (2008-2010), akademik V.M.Əli-zadə (2011-2021) rəhbərlik etmişlər. 2021-ci ildən bugünədək İnstitutun direktoru, biologiya elmləri doktoru, professor Səyyarə İbadullayevadır.

Ali bitkilərin hərtərəfli öyrənilməsi sahəsi üzrə qazanılmış nailiyyətlərdə azərbaycanlı alimlərin - H.Ə.Əliyev, Y.M.İsayev, V.X.Tutayuq, Q.F.Axundov, M.M.Abutalıbov, İ.S.Səfərov, Ə.X.Xəlilov, R.Y.Rzazadə, H.M.Qədirov, V.C.Hacıyev, R.Q.Əsgərova, S.H.Musayev, N.M.İsmayılov və başqa görkəmli alimlərin töhfələri qeyd olunmalıdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 29 sentyabr 2022-ci il tarixli Sərəncamı ilə elan edilmiş “Heydər Əliyev ili”nə töhfə olaraq 2023-cü ildə Botanika İnstitutu tərəfindən Azərbaycan xalqının Ümummilli Lideri Ulu Öndərin 100 illiyinə ərmağan edilmiş Azərbaycanın “Qırmızı Kitab”ın hazırkı nəşrində 462 flora növü (425 bitki:383 ali, 15 ali sporlu, 6 mamır, 14 şibyə, 5 yosun, 37 göbələk) öz əksini tapmışdır. Kitabın flora üzrə məsul redaktoru Botanika İnstitutunun baş direktoru S.C.İbadullayevadır.

Hazırda Botanika İnstitutunda 192 nəfər əməkdaş, 11 elmlər doktoru və 40 fəlsəfə doktoru olmaqla, 87 elmi işçi çalışır.

Ali bitkilərin sistematikası və filogeniyası şöbəsi

• Ali bitkilərin ekologiyası və coğrafiyası laboratoriyası
• Flora və sistematika laboratoriyası

Herbari şöbəsi

Mikologiya və ibtidai bitkilər şöbəsi

• Alqologiya və lixenobriologiya laboratoriyası
• Eksperimental mikologiya laboratoriyası

Bitki ehtiyatları şöbəsi

Etnobotanika şöbəsi

Eksperimental botanika şöbəsi

Biomorfologiya və fitointroduksiya şöbəsi

• Toxum bankı sektoru

Təhsil şöbəsi

Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi

• Botanika muzeyi

İctimaiyyətlə əlaqələr şöbəsi

• Botanika bağı

• 2009-02-26 at the Wayback Machine