Vətəndaş müharibəsinin səbəbi müsəlman icması üzərində hakimiyyətin varisliyi ilə bağlı uzunmüddətli siyasi ziddiyyətlər olmuşdur. Məhəmməd peyğəmbərin vəfatından dərhal sonra onun Mədinədən olan ənsarların Saqifdə toplantısı olur . Mədinə ənsarları öz məclislərində xilafət olmağa haqqlarının olduğunu iddia edərək Səd ibn Ubadəni bu vəzifəyə təyin etmək qərarına gəlir. Bunu eşidən Muğirə ibn Şube Ömər ibn Xəttaba xəbərdarlıq edərək, bu vəziyyətə müdaxilə etməsini istəyir. Mərhum İslam peyğəmbərinin qohumları və səhabələri Əbu Bəkr Siddiq və Ömər ibn Xəttab, altı nəfərin müşayiəti ilə oraya çata bilirlər və onlarla görüşdə yeganə məkkəli Qureyşlilər məhs onlar olurlar. Qureyş və onlardan sonra ənsarlar uzun sürən mübahisədən sonra Əbu Bəkrə beyət edirlər. Bəzi Ənsarlar Əli ibn Əbu Talibin tərəfdarları olduqlarını bildirərək Əbu Bəkrə beyət etməkdən imtina edir. Məkkəlilər öz iradələrini tətbiq etməyə nail olurlar və Əbu Bəkr xəlifə elan edilir (“Allahın Rəsulunun müavini”).

Əbu Bəkrin hakimiyyəti dövründə İslam peyğəmbərinin dünyasını dəyişməsi ilə Ərəbistanda peyğəmbərlik hərəkatı əsanında Mürtədlərlə müharibələr baş qaldırır. Bu müharibələrdə qalib gələn xilafət sonralar “ərəb fəthləri” adlandırılan fəal İslam fəthləri dövrü başlayır, bu da Sasanilər imperiyasının süqutuna, Bizans imperiyasının isə Misir və Suriyanı itirməsinə, Anadolu və Şimali Afrikanın mərkəzinə doğru sıxışdırılmasına səbəb olur. Əbu Bəkrin ölümündən sonra onun vəsiyyətinə əsasən hakimiyyətə Məhəmməd peyğəmbərin (s.a.v) başqa bir səhabəsi Ömər ibn Xəttab gəlir

Fəthlər müsəlmanlara yüksək gəlirlər və münbit torpaqlar gətirir. Xüsusilə, İraqda keçmiş şahların torpaqları və fars aristokratiyasının torpaqları indi fatehlərin əlinə keçir. Əsgərlər bu torpaqları haqlı olaraq özlərinin hesab etdikləri üçün etiraz etsələr də, dövlət tərəfindən idarə olunan kommunal mülkiyyətə çevrildilər. Onlardan əldə edilən gəlir isə fatehlərin orduları arasında bölüşdürülürdü.

4 noyabr 644-cü ildə Ömər Muğirə ibn Şubenın fars əsilli qulu Əbu Lulu tərəfindən Məscid ən-Nəbəvidə xəncərlə yaranır. Ölümcül yaralandıqdan 3 gün sonra Ömər vəfat edir. Ömər ölüm ayağında ikən Əbdurrəhman ibn Ovf, Əli ibn Əbu Talib, Səd ibn Əbu Vəqqas, Təlhə ibn Ubeydullah, Zübeyr ibn Əvvam və Osman ibn Əffanın daxil olduğu müşavirə məclisi təşkil edir. Xəlifə bu məclis arasından seçilməli idi. Məclis tərfindən Osman ibn Əffan xəlifə seçilir. Osmanın hakimiyyəti illərinin sonlarına yaxın onun təyin etdiyi valilərə qarşı etirazlar yaranır. Məhəmməd ibn Əbu Bəkr Misirdə hakim İbn Əbu Sərhin fəaliyyətindən üçüncü xəlifə Osman ibn Əffana şikayət edən bir heyətin tərkibində zəvvar qismində Mədinəyə gəlir. Xəlifə Misir valisini dərhal işdən çıxaracağını və onun yerinə Məhəmməd ibn Əbu Bəkri təyin edəcəyini vəd edir. Misirə qayıdan nümayəndə heyətinin üzvləri İbn Əbu Sərhdən Osmanın adından göndərilən məktubundan xəbər tuturlar və orada Osman Məhəmməd ibn Əbu Bəkr və dostlarının edam edilməsini əmr edir. Etirazçılar Osman evinə daxil olaraq başda Məhəmməd ibn Əbu Bəkr olmaqla basqın təşkil edir. Məhəmməd əvvəlcə Osmanın saqqalından yapıçaraq onu öldürməklə hədələyir. Xəlifə onu məzəmmət edərək atası Əbu Bəkri xatırladıb, belə bir hərəkəti bəyənməyəcəyini bildirərək ondan getməsini istədi. Sonra Muhəmməd Osmanı öldürməkdən imtina etdi. Xəlifə Kinan ibn Bişr ət-Tucibi tərəfindən arxadan qulağının altından qılınc zərbəsi ilə öldürülür. Digər məluumatda isə xəlifənin Amr ibn Hamik tərəfindən öldürüldüyü bildirilir. Bundan sonra ev qarət edilir. Osmanın cənazəsi gecə vaxtı yəhudi qəbiristanlığında basdırılır, onun müsəlman qəbiristanlığında dəfn edilməsinə icazə verilmir.

Əli ibn Əbu Talib Məhəmmədin əmisi oğlu və kürəkəni idi, onun evində böyümüşdü. İslamı qəbul edən ilk uşaq və ümumiyyətlə İslamı qəbul edən ilk insanlardan biri idi. Ömərin yeni xəlifə seçmək üçün təşkil etdiyi şurada Osmanla bərabər səs toplayır.

Əli Osmanın qatillərini cəzalandırmamaqda ittiham olunurdu. Üstəlik Osmanın öldürülməsində birbaşa təsiri olan, onun evinə basqını təşkil edən Məhəmməd ibn Əbubəkr Əlinin himayəsində idi.

656-cı ilin avqust ayının sonunda suriyalılar, paytaxtdakı ixtilafı nəzərə alaraq, açıq fəaliyyətə qərar verdilər. Osmanın qanlı paltarı Şam məscidində nümayiş etdirildi və Müaviyə Osmanın qatillərinin cəzalandırılmasını tələb etdi.

Osdmanın qatillərinin cəzalandırılmasının gecikməsi vilayətlərdə xəlifəyə qarşı çıxmalara səbəb olur.

  Əsas məqalə: Cəməl döyüşü

Aişə, Zübeyr və Təlhə başda olmaqla Osmanın qatilllərinin cəzalandırılmaması səbəbi ilə Əliyə qarşı hərbi yürüş təşkil edir. Bu vaxt Əli, vali Əbu Musa əl-Əşərinin də qatillərin cəzalandırılmasını tələb edən və daxili qan tökülməsindən qaçmağa çalışan müxalifliyinə baxmayaraq, Kufəni öz tərəfinə çəkir. Şəhərin əhalisi siyasi cəhətdən parçalanmış olsa da, onun böyük hissəsi hələ də Əlinin tərəfində idi. Aişənin gəlişindən əvvəl, müxtəlif siyasi guşələrdən olan iki qrup çoxlu sayda itki verərək nəticəsiz döyüşə girişmişdi, lakin toqqquşmalar atəşkəs və tərəflərin mövqelərini qoruması ilə nəticələnir. Aişə, Zübeyr və Təlhə Bəsrədən kənarda düşərgə salırlar. Əlinin gözləntisi üsyançılar üçün xoşagəlməz olur, onlar daha sonra gecə saatlarında şəhərə basqın edərək Bəsrəyə nəzarəti ələ keçirir. Ərəb tarixçisi ət-Təbərinin yazdığına görə, Bəsrəyə gedən yolda vahiməyə düşmüş və bu Məhəmmədin peyğəmbərin illər əvvəl öz zövcələrinə etdiyi qorxunc xəbərdarlığını xatırlatmışdır: “Xanımlarımdan birinin Allahın əmrindən çıxaraq dəvəyə minib müharibəyə gedəcəyini və Həvab suyunun başında itlərin hürməsi ilə qarşılaşacaq.”. Aişə ağlaya-ağlaya geri qaytarılmasını istəyir və hətta kampaniyadan əl çəkməyi planlaşdırırdı, lakin Təlhə və Zübeyr onu fikrindən daşındırır. Bu hadisədən xəbər tutan Əli şəxsən kiçik bir qoşunla şəhərə gedir və oğlu Həsəni Kufəyə dəstək almaq məqsədi ilə göndərir. Əliyə kömək etməyə razı olanlar onun ordusu ilə Bəsrədə qarşılaşır. Hər biri 10 min nəfərə yaxın olan iki ordu bir-biri ilə üzbəüz yerləşirdi. Ordular arasında bir çadır qurulur və orada üç gün Təlhə, Zübeyr və Əli arasında danışıqlar aparılır. Tərəflər razılığa gəlməyə və gözlənilən genişmiqyaslı müharibədən yayınmağa çalışırlar. Danışıqların təfərrüatları qaranlıq qalsa da, bir çox ərəb mənbələrində Əli daha Zübeyrə uşaqlıq illərində Məhəmməd peyğəmbərin onların arasında ədalətsiz bir döyüş olacağı haqqında bir hədisi xatırladır.

Danışıqlarda Aişə, Təlhə və Zübeyr Əlinin istefasını və xəlifəni seçmək üçün seçilmiş şuranın təşkilini tələb edirlər. Osmanın qatillərini təslim etmək istəməməkdə ona qarşı ittihamlarına cavab olaraq, Əli Təlhə və Zübeyrəyə üçüncü xəlifənin xilası üçün göstərdikləri səyləri xatırladır. Aişə və Təlhəni ona qarşı çıxmaqda ittiham edir. Bir çox mənbələr həm təmkinliyə çağıran Əlinin səylərini, həm də Təlhə və Aişənin Osmanla müxalifətdə aparıcı rolunu qeyd edirlər. Danışıqların başlamasından üç gün sonra heç bir nəticə əldə olunmur və hər iki tərəfin döyüşün başlamasına hazırlaşmaqdan başqa çarəsi qalmır.

656-cı il dekabrın əvvəllərində Əlinin ordusu şiddətli döyüşdə qalib gəlir. Təlhə, əl-Zübeyr öldürülür, əməvilər sülaləsindən olan dördüncü ərəb xəlifəsi Mərvan ibn Həkəm isə əsr götürülür. Döyüş bitdikdən sonra Aişə qardaşı Məhəmməd ibn Əbu Bəkr tərəfindən Mədinəyə aparılır.

  Əsas məqalə: Siffeyn döyüşü

Suriya valisi Müaviyə ibn Əbu Süfyan asilər tərəfindən öldürülən 3-cü xəlifə Osmanın qohumu idi. O, Əlinin Osmanın qətlində günahkar ola biləcək bəzi şəxslərdən dəstək aldığını və bu səbəbdən də bu qətli araşdırmaqdan çəkindiyini düşünür. Buna görə də Əliyə qarşı qiyam qaldırır. Əlinin üsyanı yatırmaq cəhdi Siffeyn döyüşü adlanan uzun toqquşmalara səbəb olur.

Cəməl döyüşündən sonra Əli 657-ci ilin yanvarında Bəsrədən Kufəyə qayıdır. Əlinin elçilər göndərmək və Müaviyəni razı salmaq cəhdləri nəticəsiz qalır. Əli İslam Dövlətinin mərkəzini Mədinədən Kufəyə köçürür. Bu səbəb Əlinin Kufədə tərəfdarlarının çox olması və Kufə daha mərkəzdə mövqedə tutması ilə əlaqədar idi. Əli Kufədə topladığı ordu ilə Müaviyənin nəzarəti altında olan Suriya vilayətini ələ keçirir. İki ordu Fərat çayı boyunca Siffeyndə üz-üzə gəlir.

Günlərlə davam edən döyüşlərə tərəflər böyük itkilər verir. Aylarla davam edən kiçik toqquşmalar, atəşkəslər və meydan döyüşlərindən sonra müharibənin zirvəsini təşkil edən Quran hadisəsi baş verir. Müaviyənin əsgərləri nizələrinin ucuna Qurandan parçalar taxırlar ki, bu da yəqin ki, döyüşün nəticəsini Allahın qərar verəcəyi anlamına gəlirdi. Əli Qurana əsaslanan hakim heyətinin yaradılmasına razılıq verir və Əbu Musa əl-Əşarini nümayəndə təyin edir. Əmr ibn Asda Müaviyəni təmsil edirdi.

Əlinin hakim heyətinin yaradılmasına razılığı onun Müaviyə ilə bərabər mühakimə olunacağı anlamına gəlirdi və bu Müaviyəyə Əlinin müsəlman icmasının rəhbəri olması iddiasını rədd etməyə imkan verirdi. Əlinin hakimin tələbinə boyun əyməsindən narahat olanların böyük bir qrupu "Hökm ancaq Allaha məxsusdur" (Ənam surəsi: 57) ayəsini əsas gətirərək bu vəziyyətə etiraz etdilər. Bu qrup hakim heyətinin qurulmasının Quranın "Əgər iki müsəlman dəstəsindən biri digərinə hücum etsə, Allahın əmrinə qayıdana qədər hücum edənlə (hücum edənlə) vuruşun" əmrinə qarşı çıxmaq olduğuna inanırdılar (Hucurat surəsi: 9).

Bu ifrat dindar dəstənin kiçik bir hissəsi Harura kəndinə çəkilir və əsas qrupdan ayrıldıqları üçün xaricilər kimi tanınırlar.

Arbitraj məhkəməsinin təyin edilməsi qərara alınıb. Əli tərəfdən Əşəri, Müaviyə tərəfdən Əmr ibn əl-As hakim seçildi. Əl-As çoxdan Müaviyənin tərəfində olmuş və Siffin döyüşündə fəal iştirak etmişdi. Əl-Əşarinin vətəndaş qarşıdurması ilə ləkələnməmiş yeni xəlifə təklif etmək ağlabatan istəyinə baxmayaraq, məhkəmə 658-ci ilin martında gözlənilən uğursuzluqla başa çatır.

  Əsas məqalə: Xaricilər

Əlinin tərəfdarlarının əhəmiyyətli bir hissəsi Müaviyə ilə danışıqlardan qəzəblənir. Onların nöqteyi-nəzərindən Əlinin arbitraj məhkəməsinə razı olması faktı onu legitimlikdən məhrum edir, çünki bu müqəddəs hüquqların insan mühakiməsinə ötürülməsi hesab edilir. Hisslər və ideallar baxımından bu hərəkat bir çox cəhətdən Osmanın qatillərinə yaxın idi. Məhkəmənin nəticələri elan edildikdən sonra xaricilər Əlidən ayrılaraq Abdullah ibn Vəhb ər-Rasibiyə beyət etdilər (lakin bəzən səhvən göstərildiyi kimi onu xəlifə seçmədilər).

  Əsas məqalə: Nəhrəvan döyüşü

658-ci ilin yayında tərəfdarlarının öldürülməsindən sonra Əli Müaviyəyə qarşı vuruşmaq üçün toplanmış qoşunları tərk etmək məcburiyyətində qalır və xaricilərə qarşı yönəlir . 658-ci il iyulun 17-də Nəhrəvan döyüşündə iştirak edən xaricilər demək olar ki, tamamilə məhv edilir. Lakin hərəkat mövcudluğunu qoruyur və Əliyə qarşı daha da barışmaz mövqe sərgiləyir.

658-ci ilin iyulunda Əmr ibn As Misiri tutur və orada Əlini təmsil edən Məhəmməd ibn Əbu Bəkr öldürülür. Müaviyə ağır xərac bahasına Bizansla sülh bağlayır, bununlada ordunu əliyə qarşı yönləndirməyə imkan yaranır. Bu arada mərkəzi hakimiyyətin zəifliyini hiss edən uzaq valilər və fəth edilmiş xalqlar üsyan qaldırırlar. Əli tədricən xilafət üzərində nəzarəti itirir, qoşun toplamaq onun üçün getdikcə çətinləşdi, düşmən basqınları az qala paytaxta çatır. 659-cu ilin iyulunda Müaviyə Qüdsdə özünü xəlifə elan edir.

661-ci ilin əvvəlində xaricilər ayrılığın hər üç günahkarını: Əli, Müaviyə və Əmri eyni vaxtda öldürmək qərarına gəlirlər. Yalnız Əli öldürülür, Müaviyə yüngül xəsarətlə xilas olur, Əmrin yerinə isə başqa bir nəfər öldürülür.

  Əsas məqalə: Həsən ibn Əli

Əlidən sonra onun oğlu və Məhəmmədin nəvəsi xəlifə olurlar. Qısa müddət ərzində o, bir çox müsəlmanlar üçün atasından daha məqbul bir şəxs olduğu üçün əhəmiyyətli qüvvələri birləşdirə bilir. Səbəb isə onun Osmanın öldürülməsində adının hallanmaması, arbitrajla razılaşmaması və xaricilərə qarşı repressiyalar həyata keçirməməsi idi. Həsən xeyli ordu toplaya bilir. Lakin tam aydın olmayan şəraitdə ordu üsyan etdi və xəlifənin özü yaralanır.

İşini ümidsiz hesab edən və ya qan tökülməsini davam etdirmək istəmədiyini görən Həsən Müaviyəni xəlifə kimi tanımağa razı olur. Bunun müqabilində özü və tərəfdarları üçün toxunulmazlıq alır, Fars bölgələrindən birindən vergi gəlirləri onun xeyrinə köçürülür, Həsən Müaviyənin ölümündən sonra xilafətə varis olmalı olur. Həsənin qardaşı Hüseyn ibn Əli isə belə bir müqavilənin qəti əleyhdarı idi.

Münaqişə Müaviyə və Əməvi tərəfdarlarının qələbəsi ilə nəticələnir. Xilafətdə dini liderin başçılıq etdiyi dindar cəmiyyətinin əvəzinə irsi monarxiya hökumətinin qurulması baş tutur. Birinci Fitnə hadisələri İslama əhəmiyyətli dərəcədə təsir edir. Bundan sonra müsəlmanlar heç vaxt tək bir ümmət ola bilmir.