Əbu Bəkrin vəfatından sonra dul qalmış həyat yoldaşı, Məhəmmədin anası Əsma binti Umeys Əli ibn Əbu Taliblə evlənir. Əli sonralar onun ən sadiq tərəfdarlarından birinə çevrilən Məhəmməd ibn Əbu Bəkri oğlu kimi böyüdür.

Məhəmmədin Qasım adlı oğlu var idi. Qasımın həyat yoldaşı Əsma Əbu Bəkrin digər oğlu Əbdürrəhmanın qızı idi. Qasım və Əsmənin Fatimə (Ummu Fərvə) adlı bir qızı doğulmuşdu.

Məhəmməd ibn Əbu Bəkr Misirdə xeyli vaxt keçirir və Misir hakimi İbn Əbu Sərhin fəaliyyətindən üçüncü xəlifə Osman ibn Əffana şikayət edən bir heyətin tərkibində idi. Xəlifə Misir valisini dərhal işdən çıxaracağını və onun yerinə Məhəmməd ibn Əbu Bəkri təyin edəcəyini vəd edir. Misirə qayıdan nümayəndə heyətinin üzvləri İbn Əbu Sərhdən Osmanın adından göndərilən məktubundan xəbər tutdular və orada Osman Məhəmməd ibn Əbu Bəkr və dostlarının edam edilməsini əmr etmişdi.

Heyət üzvləri Mədinəyə qayıdıb Xəlifənin evini mühasirəyə aldılar. Məhəmməd ibn Əbu Bəkr də Osman ibn Əffana qarşı qiyamda iştirak edirdi. Osmanın evinə daxil olan bir qrup üsyançıya rəhbərlik etmişdir. Osmanın ölümündən sonra meydana gələn qarışıqlıqlarda Əlini dəstəkləyir. Cəməl döyüşündə böyük bacısı Aişənin rəhbərlik etdiyi orduya Əli ilə birlikdə vuruşur. Siffeyn döyüşündən sonra Əli Məhəmmədi Misirə vali təyin edir. 658-ci ildə Suriya valisi Müaviyə ibn Əbu Süfyan Əmr ibn Ası 6000 nəfərlik ordunun başında Məhəmməd ibn Əbu Bəkrə qarşı göndərir. Məhəmməd xəlifə Əlidən kömək istəyir. Əli ən yaxın köməkçilərindən Malik Əştəri Misirə göndərir. Malik Əştər Misir yolunda vəfat edir. Şiələr Malikin Müaviyə tərəfindən zəhərləndiyinə inanırlar.

Əmr ibn Asın ordusu misirliləri məğlub edir və Məhəmməd ibn Əbu Bəkr əsir götürülür və əsgərlərdən biri tərəfindən həbsdə öldürülür. Şiə mənbələri Müaviyənin həm də Məhəmmədin qatili olduğunu iddia edir.

Qahirədə məscidlərdən birində dəfn olunmuşdur.