Bern Universiteti 3 səviyyədə fəaliyyət göstərir: universitet, fakültə və institutlar. Digər təşkilatı bölmələrə fakültələrarası və ümumi universitet bölmələri daxildir. Universitetin ali idarəetmə orqanı Senatdır. Senat bilavasitə cavabdeh olan Universitet İdarə Heyəti, universitetin idarə edilməsi və əlaqələndirilməsi üzrə rəhbər orqandır. Şuraya rektor, prorektorlar və inzibati direktor daxildir. Universitetin İdarə Heyətinin və digər təşkilatı bölmələrinin strukturları və funksiyaları Universitetlər haqqında Qanunla tənzimlənir.

Bern Universiteti 8 fakültə və təxminən 150 institutda geniş seçim kursları və proqramlar təklif edən hərtərəfli universitetdir.

Bern Universitetinin kökləri XVI əsrə gedib çıxır. O zaman keşişlər hazırlamaq üçün kollegial məktəb lazım idi. Ali təhsilin yenidən təşkili çərçivəsində Bern hökuməti 1805-ci ildə mövcud ilahiyyat kollecini 4 fakültədən ibarət akademiyaya çevirdi. Bundan sonra Berndə təkcə ilahiyyatı deyil, həm də hüquq və tibb üzrə təhsil almaq mümkün oldu.

1908-1909-cu illərdə Bern Universitetinin diqqətini üç görkəmli adam cəlb etdi:

• 1908-ci ildə Albert Eynşteyn nəzəri fizikanın üç semestrindən birincisini tədris etmişdir.
• Növbəti il ​​rus filosofu Anna Tumarkina fövqəladə professor təyin edildi və beləliklə, Avropa universitetlərində doktorluq dissertasiyalarını müdafiə etmək hüququna malik ilk qadın professor oldu.
• 1909-cu ildə Bernli cərrah Teodor Koçer tibb üzrə Nobel mükafatına layiq görüldü.

Sonrakı illərdə universitet təxminən 2000 tələbənin sabit qəbulu ilə kiçik bir ali təhsil mərkəzi kimi mövqeyini möhkəmləndirdi.

1996-cı ildə tamamilə yenidən işlənmiş Universitet Aktı Bern Universitetini Bern Kantonunun Təhsil Departamentinin inzibati vahidindən muxtar, müstəqil instituta çevirdi. Qanun universitetin və dövlətin səlahiyyətlərini dəqiq müəyyən edirdi. Universitet 1992-ci ildə tələbə sayının 10.000 nəfərə çatması ilə daha bir mühüm mərhələ keçdi.

Boloniya Bəyannaməsi AKTS kreditləri dövrünə və bakalavr və magistratura strukturuna başladı. Universitet iqlim tədqiqatı kimi strateji tədqiqat prioritetlərini təyin etdi və universitetlərarası əməkdaşlığı təşviq etdi. Eyni zamanda universitet öz fakültələrini yenidən təşkil etdi.

Bern Universitetində 8 fakültə var:

• İlahiyyat
• Hüquq
• Biznes, İqtisadiyyat və Sosial Elmlər
• Tibb elmləri
• Baytarlıq
• Humanitar elmlər
• Təbiət elmləri
• İnsan Elmləri

Bern Universiteti təxminən 39 bakalavr, 71 magistr və 69 qabaqcıl təhsil proqramlarında klassik universitet kurslarının geniş spektrini əhatə edir. Fizika İnstitutu Aya ilk uçuşa töhfə verdi və hələ də eksperimentlər həyata keçirir və müntəzəm olaraq NASA və ESA kosmik missiyaları üçün aparat təmin edir.

Bern Universiteti həmçinin İsveçrədə tətbiqi iqtisadi təhlilə diqqət yetirən yeganə universitet səviyyəli proqramı olan Tətbiqi İqtisadi Təhlil üzrə Magistr proqramı təklif edir.

Doktorantura tələbələri üçün Ali məktəblər universitetin İqlim elmi, Səhiyyə, Hüquq və Kriminologiya sahələrində tədqiqat prioritetləri ilə sıx əlaqəli olan daha geniş proqramlar təklif edir.

Bern Universitetində 10 strateji mərkəz və fakültələrarası bölmə var:

• Albert Eynşteyn Fundamental Fizika Mərkəzi (AEC)
• ARTORG Biotibbi Mühəndislik Araşdırmaları Mərkəzi
• Bern Həssas Tibb mərkəzi
• İnkişaf və Ətraf Mühit mərkəzi
• Regional İqtisadi İnkişaf mərkəzi
• Kosmos və Yaşayış mərkəzi
• İctimai İdarəetmə üzrə Səlahiyyət mərkəzi
• Multidissiplinar Yoluxucu Xəstəliklər mərkəzi
• İqlim Dəyişiklikləri Araşdırma mərkəzi
• Dünya Ticarət İnstitutu