1514-cü ildə Ankarada dünyaya gəlmişdir. Atası əslən Ankaradan olan Bayram Əfəndidir. İlk təhsilini burada aldıqdan sonra İstanbula gələrək Sahn-ı Səman müdərrisi Ərəbzadə Əbdülbaki Əfəndidən və Malul Əmir Əfəndidən dərslər aldı. 1543-cü ildə Əmir Əfəndi ikinci dəfə Misir qazısı seçildi və tələbəsi Zəkəriya Əfəndi də onunla birlikdə Qahirəyə getdi. Əmir Əfəndinin Anadolu qazısı seçilməsinin ardından təhsilini bitirdi. İlk rəsmi vəzifəsi isə Bursadakı Həmzə bəy mədrəsəsində müdərrislik oldu. O illərdə Bursa qazısı olan Qaraçələbizadənin tövsiyəsilə I Süleymanın Naxçıvan Səfərinə (1553–1555) qatıldı. Səfərin ardından Bursada müdərrisliyə davam etdi. 13 dekabr 1565-ci illərdə Atik Əli Paşa mədrəsəsinə imtahan verərək müdərrisliyə qəbul edildi. 1568-ci ilin aprelində Ədirnədəki Üç şərəfəli mədrəsəsinə, 1570-ci ilin aprelində Sahn-ı Səman mədrəsəsinə, 1572-ci ilin iyun ayında isə Yavuz Sultan Səlim mədrəsəsinə müdərris olaraq təyin edildi.

1573-cü ilin iyun ayında isə Hələb qazısı seçildi. 1575-ci ilin fevral ayında vəzifədən alınsa da, iki il sonra Bursa qazılığına gətirildi. 1581-ci ildə isə İstanbul qazısı kimi xidmətə başladı. 1582-ci ilin yanvarında Anadolu başqazılığına gətirilsə də, iki il sonra təqaüdə çıxdı. 1586-cı ildə həccə getdi və ziyarətdən döndükdən sonra padşahın hüzuna çıxdı. Padşah tərəfindən qiymətli hədiyyələrlə təltif olunan Zəkəriya Əfəndi ardından Süleymaniyə mədrəsəsinə müdərris təyin olundu. Bəylərbəyi hadisələri əsnasında Rumeli başqazısı seçildi. O dönəmlərdə sədrəzəm olan Qoca Sənan Paşa ilə münasibətləri korlandı. Bir müddət sonra isə vəzifədən alındı. Bunun səbəbi isə vəzifədən kənarlaşdırılan qazıların etiraz olaarq Fateh məscidində toplanaraq ayaqlanma başlatması və bu üsyanda Zəkəriya Əfəndinin günahkar olması oldu. Ancaq çox keçmədən 1591-ci ilin mayında Rumeli başqazılığına gətirildi. Ardından isə 10 may 1592-ci ildə şeyxülislam seçildi.

Zəkəriya Əfəndinin şeyxülislamlığı ani ölümü ilə başa çatdı. Tarixi mənbələrin yazdığına görə, 11 iyul 1593 tarixində saraya gəlmiş, Darüssaadə ağası Qəzənfər ağa və yeniçəri ağası Mehmed ağa ilə söhbət etmiş, söhbət əsnasında yuxusunda Məhəmməd peyğəmbəri gördüyünü söyləmiş, bu əsnada vəziyyəti pisləşmiş və oradaca vəfat etmişdir. Fateh məscidində cənazə namazı qılınmış, ardından öz adına inşa etdirdiyi külliyyənin yaxınlığında dəfn olunmuşdur.

• 51 Numaralı Mühimme Defteri: Sultanın Emir Defteri (haz. Hikmet Ülker), İstanbul 2003, hk. nr. 68;
• Koca Sinan Paşa’nın Telhisleri (haz. Halil Sahillioğlu), İstanbul 2004, s. 173, 228–229 (nr. 133, 186);
• Selânikî, Târih (İpşirli), s. 183, 212, 225, 235, 270, 291, 322–323;
• Atâî, Zeyl-i Şekāik, s. 322–324, 747–748;
• Hasanbeyzâde Ahmed, Târih (haz. Şevki Nezihi Aykut), Ankara 2004, II, 258, 355, 372, 373, 379, 380–382, 409;
• Topçular Kâtibi Abdülkadir (Kadrî) Efendi Tarihi (haz. Ziya Yılmazer), Ankara 2003, I, 53, 57, 103, 176;
• Peçuylu İbrâhim, Târih, I, 33;
• Kâtib Çelebi, Fezleke, I, 13;
• Naîmâ, Târih (haz. Mehmet İpşirli), Ankara 2007, I, 51, 82;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 34–36;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 412–415;
• Uzunçarşılı, İlmiye Teşkilâtı, s. 17, 49, 73, 192, 197;
• Abdülkadir Altunsu, Osmanlı Şeyhülislâmları, Ankara 1972, s. 45–46;
• Zeki Arıkan, "Şeyhülislam Zekeriyya Efendi’nin İstanbul Sayımı", Tarih Boyunca İstanbul Semineri, Bildiriler (haz. Mübahat S. Kütükoğlu), İstanbul 1989, s. 39–57; Mübahat S. Kütükoğlu, XX. Asra Erişen İstanbul Medreseleri, Ankara 2000, s. 216–218;
• Cahid Baltacı, XV–XVI. Asırlarda Osmanlı Medreseleri, İstanbul 2005, II, 716;
• İsmail E. Erünsal, Osmanlı Vakıf Kütüphaneleri: Tarihî Gelişimi ve Organizasyonu, Ankara 2008, s. 150–151;
• M. Asım Yediyıldız, "Bayramzade Zekeriyya Efendi’nin (1514–93) Vakfı", UÜ İlâhiyat Fakültesi, XII/1, Bursa 2003, s. 153–166.