Azərbaycan Respublikası mülki aviasiya sahəsində milli kadrlara olan ehtiyacın ödənilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 15 iyun 1992-ci il tarixli 337 saylı qərarı ilə "Azərbaycan Hava Yolları" Dövlət Konserni (indiki "Azərbaycan Hava Yolları" Qapalı Səhmdar Cəmiyyəti) nəzdində Milli Aviasiya Mərkəzi yaradıldı

Mərkəzin nəzdində Ümumi texniki fənlər və Humanitar fənlər kafedraları təşkil olundu. 1993-cü ildə Mərkəzdə Hava Nəqliyyatının İstismarı fakültəsi və Aviasiya xüsusi avadanlığı və İngilis dili kafedraları yaradıldı.

Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 24 fevral 1994-cü il tarixli 81 saylı qərarı ilə Milli Aviasiya Mərkəzi Milli Aviasiya Akademiyası adlandırıldı.

Milli Aviasiya Akademiyası bir fakültə, iki ixtisas, 80 tələbə ilə fəaliyyətə başladı. 1994-cü ildə Hava Nəqliyyatının Uçuş İstismarı fakültəsi və onun nəzdində Hava gəmilərinin uçuş istismarı və aeronaviqasiya, Uçuş aparatlarının və aviasiya mühərriklərinin konstruksiyası və istismarı kafedraları yaradıldı. Həmin ildə MAA-nın nəzdində Elmi Tədqiqat Aviasiya institutu (ETAİ) yaradıldı.
1996-cı ildə Milli Aviasiya Akademiyasının rektoru vəzifəsinə Arif Mir Cəlal oğlu Paşayev təyin olundu.

Azərbaycanda mülki aviasiyanın inkişafı ilə əlaqədar olaraq 1997–1998-ci tədris ilindən MAA-ya qəbul olan tələbələrin sayı artmağa başladı. MAA-nın məzunlarının ilk buraxılışı 1995/1996-cı tədris ilində oldu. Həmin ildə 39 tələbə MAA-nın məzunu oldu.

1999-cu ildə Avianəqliyyat istehsalatı fakültəsi, onun nəzdində Avianəqliyyat istehsalatı, Riyaziyyat və mexanika kafedraları, İqtisadiyyat və hüquq fakültəsi və onun nəzdində Hüquqşünaslıq kafedrası yaradıldı. Həmin dövrdə Milli Aviasiya Akademiyasının "Elmi məcmuələr" jurnalı təsis olundu və Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının reyestrinə daxil edildi.

Tədris prosesinin beynəlxalq aviasiya təşkilatlarının tələblərinə uyğun olaraq qurulması məqsədilə 1999-cu ildən etibarən MAA Dövlətlərarası Aviasiya Komitəsi (DAK) tərəfindən sertifikarlaşdırılmış və dövri olaraq onun qüvvəsi yenilənmişdir.

DAK tərəfindən aparılmış sertifikasiyanın nəticəsi olaraq Akademiyanın məzunlarının diplomları DAK üzvü olan ölkələrdə tanınmağa başlamışdır.

MAA 2000-ci ildə ICAO-nun Sorğu kitabına, 2002-ci ildə isə İCAO-nun reyestrinə daxil edilmişdir.

2005-ci ildə MAA-da "Aviasiya tarixi muzeyi" yaradıldı.

Həmin ildə Milli Aviasiya Akademiyası DAK-ın qərarı ilə Mülki Aviasiya Ali Təhsil Müəssisəsi Sertifikatına (Şəhadətnaməsinə) layiq görüldü.

Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyası (DMAA) tərəfindən qəbul olunmuş qaydalara və prosedurlara, Beynəlxalq Mülki Aviasiya təşkilatları tərəfindən qəbul edilmiş qaydalara, standartlara, tövsiyə edilən təcrübə və prosedurlara, digər beynəlxalq normativ-hüquqi aktların tələblərinə uyğunluğunun müəyyən edilməsi məqsədilə Milli Aviasiya Akademiyası 2006-cı ildə Azərbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyinin akkreditasiyasından keçmiş və ona ali məktəb statusunu müəyyən edən 001 saylı sertifikat verilmişdir

2009-cu ildə MAA nəzdində olan ETAİ-nin adı dəyişdirilərək Elmi-Tədqiqat Nəqliyyat və Aviakosmik Problemləri İnstitutu (ETNAPİ) adlandırıldı.
2010-cu ilin oktyabr ayında MAA-da pilotların məqsədyönlü, davamlı və fasiləsiz, ilkin və yenidən hazırlığı, həmçinin uçuş heyəti üzvlərinin istehsalatdan ayrılmadan ixtisaslarını artırmaları məqsədilə Trenajor mərkəzi istifadəyə verildi.

2010–2011-ci tədris ilində MAA-da magistratura səviyyəsinə ilk dəfə qəbul aparıldı.
2011-ci ilin dekabr ayında Milli Aviasiya Akademiyasının DAK və DMAA tərəfindən növbəti sertifikasiyaları keçirildi və MAA-ya verilmiş sertifikatların müddəti 2014-cü ilə qədər artırıldı.

2012-ci ildə MAA Təhsil Nazirliyinin növbəti akkreditasiyasından keçdi və 089 saylı sertifikat verildi. Həmin ilin yanvar ayında MAA () təlim mərkəzləri şəbəkəsinə üzv qəbul edildi və bununla Akademiyada mütəxəssis hazırlığının beynəlxalq standartların tələblərinə uyğunluğu təsdiq edildi.

2012-ci il may ayının 30-da Milli Aviasiya Akademiyası "Təhlükəli yüklərin hava nəqliyyatı ilə daşınması" üzrə Beynəlxalq Hava Nəqliyyatı Assosiasiyasının (İATA) regional tədris mərkəzi statusunu aldı.

2014-cü ilin sentyabr ayında MAA-da 2 yataqxana korpusu, futbol meydançası, tennis kortu, voleybol və basketbol meydançalarına malik tələbə şəhərciyi istifadəyə verildi.
2016-cı ildə Azərbaycanda ilk dəfə olaraq xanım pilotların hazırlığına başlanıldı.

2018-ci ildə MAA Azərbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyi tərəfindən növbəti 5 il müddətinə akkreditasiya olundu. Həmin ildə MAA həmçinin Dövlətlərarası Aviasiya Komitəsi və Azərbaycan Respublikasının Nəqliyyat, Rabitə və Yüksək Texnologiyalar Nazirliyi yanında Dövlət Mülki Aviasiya Agentliyi tərəfindən sertifikasiyadan keçdi.

2019-cu ildə Milli Aviasiya Akademiyası DMAA tərəfindən Azərbaycan Aviasiya Qaydaları (AAQ) "Part 147 Subpart C"-nin tələblərinə uyğun Texniki xidmət üzrə təlim və imtahan təşkilatı kimi sertifikasiyadan keçdi və həmin ilin oktyabr ayından MAA-da "Hava gəmilərinə texniki xidmət göstərən personalın hazırlığı üzrə Texnik-mexanik (B-1) və Texnik-avionik (B-2) kursları"na qəbul həyata keçirildi

• Arif Paşayev-rektor
• Ədalət Səmədov-tədris işləri üzrə prorektor
• Afiq Həsənov-Elmi işlər üzrə prorektor
• Hacıağa Əliyev-uçuş işləri üzrə prorektor
• Şəmsəddin Axundov-ictimaiyyətlə əlaqə üzrə prorektor
• Rafiq Həsənov-Ümumi və təsərrüfat-texniki məsələlər üzrə prorektor

  Əsas məqalə: Azərbaycan Mülki Aviasiya Muzeyi

2005-ci ilin aprel ayında "Azərbaycan Hava Yolları" QSC tərəfindən Azərbaycan Mülki Aviasiya Muzeyinin yaradılması haqqında qərar qəbul edilmişdir. 29 fevral 2008-ci ildən muzey öz qapılarını tamaşaçılarının üzünə açmışdır

Heydər Əliyev Muzeyi 2006-cı ildə Azərbaycan Respublikasının keçmiş prezidenti Heydər Əliyevin anadan olmasının 80 illik yubileyi münasibətilə yaradılmışdır. 2013-cü ildə Heydər Əliyevin anadan olmasının 90 illik yubileyi münasibətilə muzeyin ekspozisiyası yenidən işlənib dizayn edilərək tamaşaçıların ixtiyarına verilmişdir. Muzey MAA-nın V tədris binasında yerləşir, 4 ekspozisiya zalından və 1 konfrans otağından ibarətdir. Ekspozisiyada Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətini əks etdirən 193 ədəd material nümayiş olunur

2010-cu ildən etibarən MAA-nın nəzdində fəaliyyət göstərir. Mərkəz Nəzəri və Praktiki Hazırlıq şöbələrindən ibarətdir. Nəzəri Hazırlıq Şöbəsində ixtisasartırma kurslarına hər il aviasiya sahəsində çalışan mütəxəssislər cəlb olunur. Praktiki Hazırlıq Şöbəsində peşəkar mülki aviasiya pilotlarının hazırlığı üçün vacib olan 4 ədəd uçuşu tam simulyasiya edən trenajorlar quraşdırılmışdır. Burada Airbus A319/320, Boeing 757/767, ATR-42/72 təyyarələri, həmçinin Mi-8AMT helikopterinin pilotları təlim keçir

Tədris mərkəzində hava gəmisində baş verən müxtəlif tipli qəza vəziyyətlərini modelləşdirməyə imkan verən qəza-xilasetmə hazırlığının aparılması üçün müasir trenajor kompleksi mövcuddur. Mülki Aviasiya sektorunda uçuşların təhlükasizliyinin təmin edilməsi məqsədilə hazırda PHM-də fiziki şəxslərin təlim keçməsi təşkil edilmir. Təlimlər yalnız hüquqi şəxslər (mülki aviasiya müəssisələri) və PHM arasında ikitərəfli razılaşmalar əsasında təşkil edilir. Simulyatorlar vasitəsilə uçuşlar ən yüksək beynəlxalq standartlara uyğun olaraq tam imitasiya edilir və onların mütəmadi olaraq keyfiyyət uyğunlaşdırması aparılır.
Tədris bazası müasir texniki tədris vəsaitləri və ən yeni aviasiya trenajorları ilə təchiz olunmuşdur.

Mərkəz 2005-ci ildən fəaliyyət göstərir. HM-nin əsas vəzifəsi tədris prosesinə, MAA-nın inzibati və təsərrüfat fəaliyyətinə müasir informasiya texnologiyalarının tətbiqindən ibarətdir.

1993-cü ildə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə Milli Aviasiya Akademiyası nəzdində təcrübi istehsalatla birlikdə Elmi-tədqiqat Aviasiya İnstitutu yaradılmışdır. 2009-cu ildə ETAİ-nin adı dəyişdirilərək Elmi-tədqiqat nəqliyyat və aviakosmik problemləri institutu (ETNAPİ) olmuşdur.

2009-cu ildən 2020-ci ilə qədər instituta АМЕА-nın həqiqi üzvü, f.-r.e.d., professor Bahadur Hüseyn oğlu Tağıyev rəhbərlik edib.
2020-ci ilin may ayında ETNAPİ-nin direktoru vəzifəsinə f.-r.e.n. Aydın Ərəstun oğlu Musayev təyin edilmişdir.

7 oktyabr 2013-cü il tarixindən etibarən, Milli Aviasiya Akademiyasında Beynəlxalq Hava Nəqliyyatı Assosiasiyasının səlahiyyətli Tədris Mərkəzi (IATA İnstitutu) fəaliyyət göstərir

• TEMPUS
• TRACECA (ing. Transport Corridor Europe-Caucasus-Asia)
• ABŞ Fulbright Proqramı

"Aviamodelizm" dərnəyi 2011-ci ildən Aviamodel laboratoriyası kimi fəaliyyətə başlamışdır. Aviamodel laboratoriyasının məqsədi tələbələrə uçuş aparatlarının layihələndirilməsi və hazırlanması üçün nəzəri və praktiki biliklərin verilməsidir. Bu laboratoriyada çalışan tələbələr təyyarələrin uçan modellərinin düzəldilməsinin nəzəriyyə və praktikasını öyrənməklə yanaşı, həmçinin öz əlləri ilə layihələndirdikləri və düzəltdikləri modelləri idarə etməyi də öyrənirlər. Aviamodel laboratoriyasının planında kordlu, radioidarəolunan və pilotsuz uçuş aparatlarının aerodinamikasının öyrənilməsi, bu tip modellərin praktiki layihələndirməsi və hazırlanması vərdişlərinə yiyələnmə mərhələləri daxildir.

Tələbə şəhərciyi və İdman kompleksi 2019-cu ildə birləşdirilərək Tələbə kampusu yaradıldı.

Tələbə Şəhərciyində üç yataqxana korpusu, 1600 yerlik tamaşaçı tutumuna malik, 9 cığırlı qaçış zolaqlı, futbol meydançası, tennis kortu, voleybol və basketbol meydançaları tikilmişdir. Yataqxana korpuslarının biri qızlar, digərləri oğlanlar üçün nəzərdə tutulmuşdur. Korpusların ümumi tutumu 230 nəfərdir. Bundan əlavə mətbəx, istirahət və qiraət zalları vardır. Yataqxana binasının yaxınlığında camaşırxana da tikilmişdir. İdmanla məşğul olanlar üçün əlavə soyunub-geyinmə otaqları və duş kabinələri də istifadəyə verilmişdir.

Milli Aviasiya Akademiyasının müasir standartlara cavab verən, hər cür şəraitə malik olan İdman kompleksi 2000-ci ildə tikilib istifadəyə verilmişdir. Bu kompleks müasir tələblərə cavab verən güləş, ağır atletika, stolüstü tennis, voleybol, basketbol, trenajor zallarına, futzal meydançalarına, üzgüçülük hovuzuna, masaj otaqlarına, sauna, duşxanalar və digər vacib şəraitə malikdir.

Kompleksin nəzdində voleybol, basketbol, həndbol, şahmat, dama və digər bölmələr fəaliyyət göstərir.

• Azərbaycan Hava Yolları
• Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyası
• Elmi-Tədqiqat Nəqliyyat və Aviakosmik Problemləri İnstitutu