Yaponiya Azərbaycanın müstəqilliyini 1991-ci ilin dekabrında tanımışdır. İki ölkə arasında diplomatik əlaqələr isə 1992-ci ilin sentyabr ayının 7-də qurulmuşdur.

1998-ci ilin fevralında Azərbaycan prezidenti Heydər Əliyev ilk dəfə Yaponiyaya səfər etmiş və Yaponiyada təhsil alan azərbaycanlı gənclərlə söhbət etmişdir.

31 avqust 2004-cü ildə İlham Əliyev Yaponiya-Azərbaycan parlamentlərarası dostluq liqasının sədri Akira Amarinin başçılıq etdiyi nümayəndə heyətini qəbul etmişdir. Yaponiya-Azərbaycan parlamentlərarası dostluq liqasının formalaşmasının əsası 1998-ci ildə qoyulmuşdur. Dostluq və mədəni əməkdaşlıq əlaqələrinin inkişafında xidmətlərinə görə İlham Əliyev 5 oktyabr 2004-cü ildə Yaponiya səfiri Toşiyuki Fucivaranı Azərbaycanın ən yüksək mükafatı olan "Şöhrət" ordeni ilə təltif etmişdir.

Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisində Azərbaycan-Yaponiya parlamentlərarası əlaqələr üzrə işçi qrupu fəaliyyət göstərir. Bu işçi qrupu 7 mart 1997-ci il tarixində yaradılmış və ilk rəhbəri Zakir Zeynalov olmuşdur. 4 mart 2016-cı il tarixindən Muxtar Babayev işçi qrupunun rəhbəridir.

22 mart 2004-cü ildə Azərbaycan prezidenti İlham Əliyevin Yaponiyanın İnpex şirkətinin prezidenti Kuniho Matsuonun başçılıq etdiyi nümayəndə heyətini qəbul etmişdir. Şirkət Azərbaycanda Azəri-Çıraq-Günəşli və Bakı-Tbilisi-Ceyhan layihələrində iştirak etmişdir.

Azərbaycan Dövlət Neft Şirkətilə birgə iri layihələr, Bakı-Tbilisi-Ceyhan boru kəmərinin, Azəri-Günəşli-Çıraq layihəsinin həyata keçirilməsində Yaponiyanın İtoçu şirkətinin mühüm rolu olmuşdur. 20 may 2004-cü ildə İlham Əliyev şirkətin icraçı vitse-prezidentini qəbul etmişdir. 19 iyul 2004-cü ildə Tokio Dünya Ticarət Mərkəzinin sədri, Yaponiyanın Ticarət və Sərmayə Sığortalanması Təşkilatının rəhbəri Toru Toyoşima Azərbaycana səfər etmişdir.

22 noyabr 2006-ci ildə Tokionun "İmperial" mehmanxanasında Azərbaycan-Yaponiya iqtisadi forumu keçirilmişdir. Müxtəlif sahələri təmsil edən Azərbaycan 30-dək, Yaponiyadan isə 100-ə yaxın şirkətin nümayəndələri iştirak etmişlər.

Azərbaycanla Yaponiya arasında mədəni əlaqələr SSRİ dövrünə qədər uzanır. SSRİ ilə Yaponiya arasında 1956-cı ili oktyabrında diplomatik əlaqələrin qurulmasından sonra SSRİ-Yaponiya cəmiyyətinin Sumqayıt şəhəri üzrə şöbəsi təşkil edilmiş və XX əsrin 60-cı illərindən başlayaraq Azərbaycan-Yapon mədəni əlaqələrində canlanma hiss edilmişdir. 1962-ci ildə Azərbaycana səfər edən "SSRİ-Yaponiya" cəmiyyətinin nümayəndələrindən biri Şitiro Takanaka öz ölkəsi adından Azərbaycan rəhbərliyinə təşəkkürünü bildirmişdir.

SSRİ-Yaponiya Dostluq Cəsmiyyətinin Sumqayıt şöbəsinin yaradılmasında əsas bir cəhət Sumqayıtın kimya şəhəri olması idi. Yaponiyalı professoru Suzumu Kobe BMT-nin Bakıya gələn nümayəndə heyətinin tərkibində idi. Həmin dövrdə Bakıda yapon qrafikasına həsr edilmiş sərgi baş tutmuş, müğənni Teruko Ononun Azərbaycanda çıxış etmişdir. Azərbaycan rəssamlarından Toğrul Sadıqzadə və E.Rzaquliyev Yaponiyaya yaradıcılıq ezamiyyətinə getmiş və Yaponiyanı əks etdirən silsilə əsərlər yaratmışlar. Toğrul Sadıqzadə Tokio, Osaka, Kioto, Mikko və digər şəhərlərdə olmuş, Yaponiya yazıçıları, rəssamları, ədibləri ilə yaradıcılıq mübadiləsi aparmış, Hiroşimanı da ziyarət etmişdir. Sonralar Bakıda rəssamın əsərlərindən ibarət sərgisində Yaponiya mövzusuna həsr olunmuş 40-dan çox rəsm eskiz, zarisovka, etüd və lövhələri nümayiş etdirilmişdir. Onun "Hiroşima" adlanan rəsm əsərləri silsiləsi də mövcuddur.

1964-cü ilin yayında Yaponiyaya yaradıcılıq ezamiyyətinə getmiş yazıçı və kinorejissor Həsən Seyidbəyli 15 gün ərzində yapon kino sənətkarları ilə yaradıcılıq mübadilələri aparmışdır. 1965-ci ildə Yaponiyada Xəbərlər Mətbuat Agentliyinin nəşr etdirdiyi "Sovet İttifaqı bu gün" jurnalının bir nömrəsi bütünlüklə Azərbaycan SSR-ə həsr edilmişdi.

XX əsrin 60-cı illərinin II yarısından başlayaraq iki ölkə arasında məqsədli səfərlərin sayı daha da artmışdır. 1969-cu il iyul ayının 20-25-də Bakıda SSRİ-Yaponiya fəhlə gənclərinin həmrəylik festivalı keçirilmişdir. Azərbaycana gələn 200 gənc yapon bir həftə ərzində Bakının tarixi mədəni yerləri ilə Neft Daşları, Sumqayıtla yaxından tanış olmuşdurlar. Festival zamanı Bakının mərkəzində, gənclik meydanında sakura ağacı əkilmişdir. Həmin ilin sentyabrında Azərbaycan gənclərindən ibarət bir qrup da Yaponiya ilə tanışlıq səfərinə çıxmışdır.

1970-ci illərin əvvəllərində Azərbaycan bəstəkarı Arif Məlikovun "Məhəbbət əfsanəsi" baleti Yaponiyada səhnələşdirilmişdir və balet Yaponiyada uğur qazanmışdır. Bəstəkarın "İki nəfər" baleti Leninqradda səhnəyə qoyularkən yaponlar əsərlə maraqlanmış və Hiroşima faciəsi ilə əlaqədar olaraq bu əsəri Tokioda səhnələşdirmək istəmişdilər.

1974-cü ildə Xəbərlər Mətbuat Agentliyinin Yaponiya şöbəsinin əməkdaşı Kaziko Kamoqava Azərbaycan qadınlarının vəziyyəti, ailə-məişət münasibətləri və mədəni nailiyyətlərini öyrənmək məqsədilə Bakıda olmuş, "Azərbaycan qadını" jurnalının əməkdaşları ilə fikir mübadiləsi apararaq əldə etdiyi məlumatları ölkəsinin mətbuat orqanlarında çap etdirmişdir.

1972-ci ildə yaradılmış Yaponiyanın "Kristo-Forsingers" caz-vokal ansamblının ilk xarici səfəri 1979-cu ilin dekabrında məhz Bakı şəhərinə olmuşdur.

1995-ci ildə yapon türkoloqu, qafqazşünası və azərbaycanşünası Akira Matsunaqa ilə birgə yaradılan Azərbaycan-Yaponiya elmi Tədqiqatlar və Mədəni Əlaqələr Mərkəzi ölkələr arasında mədəni münasibətlərin inkişafına müsbət təsir göstərmişdir. Matsunaqa 1996-cı ildə "Azərbaycan türkcəsinin qrammatikası", 1999-cu ildə isə "Azərbaycan dilini müstəqil öyrənənlər üçün" kitabını nəşr etdirmiş, çoxlu sayda məqalələr və beynəlxalq konfranslarda məruzələrlə çıxış etmişdir. Bu xidmətlərinə görə Akira Matsunaqa Azərbaycan Mətbuat İşçiləri Həmkarlar İttifaqı Təşkilatının "Azərbaycan bayrağı" mükafatına layiq görülmüşdür.

1998-ci ilin avqustunda Azərbaycan Universitetində bu mərkəzlə birgə təşkil olunan "Azərbaycan-Yaponiya elmi-mədəni və təhsil əlaqələri" mövzusunda elmi konfransda Azərbaycan-Yaponiya elmi araşdırmalar və mədəniyyət mərkəzinin sədri Rəhbər Bəşirovun "Azərbaycan-Yaponiya elmi münasibətləri", Tokio Universitetinin professoru Masayuki Yamauçinin "1918-1920-ci illərdə Azərbaycan milli azadlıq hərəkatı və Ənvər Paşa" və s. mövzularda məruzələr təqdim edilmişdir.

2000-ci ilin payızında Tokioda Yaponiya-Azərbaycan Dostluğu Cəmiyyəti təşkil olunmuşdur. Cəmiyyətin sədri Kanci İşimota idi. O, hələ XX əsrin 60-70-ci illərindən Azərbaycanla tanış olmuş və türk dilini öyrənmişdir. Cəmiyyətin yaradılmasında məqsəd azərbaycanlılara Yaponiya mədəniyyəti haqqında məlumat vermək, Yaponiyada Azərbaycan mədəniyyəti günlərini təşkil etmək, Azərbaycan Universitetində yapon dili və ədəbiyyatının öyrənilməsi məqsədilə xüsusi fakültənin açılmasına nail olmaqdan ibarət idi. Turist mübadiləsi də bu cəmiyyətin başlıca məqsədlərindən biridir. Eyni məqsədlərlə Yaponiyada yaradılmış digər cəmiyyət Azərbaycan–Yaponiya Dostluq Cəmiyyətidir. Cəmiyyət 2002-ci ilin noyabrında Naqoya şəhərində təsis edilmişdir. Cəmiyyətə Rəhman Şahhüseynli sədrlik etmişdir. Cəmiyyət mütəmadi olaraq Yaponiyada Azərbaycan haqqında müxtəlif mövzularda tədbirlər, əyləncəli proqramlar, dəyirmi masalar, konfranslar və seminarlar təşkil edirdi. Cəmiyyətin Azərbaycanın Yaponiyada təbliği məqsədilə keçirtdiyi layihələrdən biri də "Qafqaz-Xəzər salonu" tanıtma-təbliğat silsilə proqramı idi. Bu proqram çərçivəsində Yaponiyanın Osaka Universitetində 2006-cı ilin iyulunda seminar təşkil olunmuşdur.

2006-cı ilin martında İlham Əliyev Yaponiyaya rəsmi səfər etmişdir. Rəsmi səfəri çərçivəsində Yaponiya Beynəlxalq Münasibətlər İnstitutunda olmuşdur. Görüşdə Yaponiyanın təhsil və elm naziri, ölkənin sabiq Baş naziri, sabiq xarici işlər naziri, tanınmış elm xadimləri, nüfuzlu diplomatlar, səfirlər, iş adamları, hərbçilər, Toşiyuko Fucivara, Yaponiya ictimaiyyətinin, kütləvi informasiya vasitələrinin nümayəndələri iştirak etmişlər. Səfər proqramı çərçivəsində Azərbaycan İlham Əliyev və Yaponiyanın Baş naziri Cuniçiro Koyzumi "Azərbaycan Respublikası və Yaponiya arasında dostluq və əməkdaşlığın gələcək inkişafı haqqında birgə Bəyannamə" imzalanmışdır. Səfər zamanı Mehriban Əliyeva Tokioda Yaponiya Kimono Akademiyası və İkebana Akademiyası ilə tanış olmuşdur.

2007-ci ilin mayında İçərişəhərdəki İncəsənət mərkəzində Yaponiyanın Naqoya İncəsənət klubunun üzvləri ilə Azərbaycan rəssamlarının görüşləri keçirilmişdir. Görüş zamanı rəssam Kişio Kavantanın kalliqrafiya əsərləri nümayiş olunmuş, rəssamın oğlu Taşiaki 1500 yaşı olan yapon fleytasında qədim yapon melodiyasını və yapon qılıncı kenqo ilə milli oyun hərəkətlərini tamaşaçılar üçün ifa etmişdir.

Azərbaycanlı alim, süni intellekt sahəsində qeyri-səlis məntiq nəzəriyyəsinin banisi Lütfi Zadə 1989-cu ildə qeyri-səlis məntiq nəzəriyyəsinin yapon sənayesindəki uğurlarına görə Yaponiyanın elm adamlarına verdiyi ən yüksək mükafat olan "Honda" mükafatı ilə təltif olunmuşdur.

Azərbaycanın Yaponiyada:

• Tokioda Azərbaycan səfirliyi

Yaponiyanın Azərbaycanda:

• Bakıda Yaponiya səfirliyi

  Əsas məqalə: Yaponiya azərbaycanlıları

  Əsas məqalə: Azərbaycan-Yaponiya futbol matçlarının siyahısı

• Yaponiya Xarici İşlər Nazirliyi tərəfindən Azərbaycan dilində nəşr olunmuş  (az.)