Aydıntəpə və ətraf ərazilərdə qədim dövrlərdən yaşayış məskənlərinin izlərini görmək mümkündür. İlçədən 5 km şimal-qərbdə yerləşən "Çovrang Yaylası qəsəbəsi"ndə orta əsrlər və müasir əsrlərin yerüstü tədqiqatları tapılmışdır. Aydıntəpə mərkəzinin cənub-qərbində yerləşən və əsasən qəbiristanlıq olaraq istifadə edilən kurqandakı keramika xarabalıqları Köhnə Tunc, Dəmir dövrü və Roma dövrünə aid yaşayış yerini göstərir. Məhz ilçənin altındakı yer - Tufa yatağını oyaraq tikilmiş və orta əsrlərə aid olan Aydıntəpə yeraltı şəhəri adlanır. Eramızdan əvvəl 3000-2500 illərində Aydıntəpə və ətrafı hakimiyyəti altında idi. Sonralar urartular, skiflər, romalılar, farslar və Bizanslıların hakimiyyəti altında qalmışdır. Malazgird döyüşündən sonra, 1072-1202 illəri arasında Türklər hakim olmuş, bəzən Saluklu və bəzən Danişmendli'nin hakim olduğu. Səlcuqlular 1202-ci ildə Saltuklu dövlətini qurtaranda ətrafları ilə yanaşı Bayburt və Aydıntepe də hakim oldu. Sonrakı dövrdə İlhanlıs, Akkoyunlu və Səfəvilərin nəzarətində qaldı və Çaldıran döyüşündən sonra Osmanlıların nəzarəti altına gəldi. Osmanlı dövründə "Hart" adlı bir mahal halına gəldi və Bayburt qəzasına bağlandı. 1916-cı ildə Rusiya qüvvələri tərəfindən ələ keçirilən qəsəbə, 21 fevral 1918-ci ildə geri alındı. 26 oktyabr - 29 dekabr 1919 tarixləri arasında baş verən "Hart hadisəsi" olaraq da bilinən Şeyx Əşrəf qiyamı burada baş verdi. 1957-ci ildə bələdiyyə təşkilatı quruldu və Aydıntepe adını aldı. 1987-ci ildə il statusu qazanmış Aydıntəpə, ilk olaraq 1989-cu ildə Gümüşxanəyə, daha sonradan Bayburt ilinə bağlandı.

Bayburt mədəniyyəti və adət-ənənələrindən başqa, burada Bayburtdan fərqli qara dəniz mədəniyyəti də vardır. Çünki bölgədə Trabzon mənşəli xeyli insan yaşayır. İlçədə horonlar çox məşhurdur.