Antigenlər yad cismlik dərəcəsindən, kimyəvi təbiətindən (zülal, yaxud polisaxarid), dozasından və orqanizmə hansı formada daxil olmasından və s.-dən asılıdır. Antigenlər antitelllərlə və hüceyrə ilə öz molekullarının bir-birinə toxunan müəyyən bir hissəsi vasitəsilə qarşılıqlı təsirə məruz qalırlar. Antigenlərin yad cisim təbiətinin təyini, onun “özününkü”, yaxud “özgəninki” olmasını müəyyənləşdirmək canlı orqanizmlərə məxsus universal xüsusiyyətlərdən biridir. Bu xüsusiyyət orqanizmlərin tamlığını qoruyur. Əks halda yaşamaq qeyri-mümkün olardı. Canlı varlıqlara xas antigenlər müxtəlifliyinin mövcudluğu hər bir növün bioloji fərdiliyini müəyyən edir. Antigenlərin müxtəlifliyi sonsuzdur. Belə ki, təkcə məməlilər sinfi daxilində 106-dan çox antigenlər müxtəlifliyi mövcuddur. Antigenlərin növ, yaxud qrup mənsubiyyətinin təyini infeksion xəstəliklərin diaqnostikasında, qan köçürmədə, məhkəmə təbabətində geniş istifadə olunur. Vaksinlərin və zərdabın hazırlanması işində müdafiə antigenlərinin təyini, sintezi və s. çox mühüm rol oynayır.

Antigenlər yad yaxud toksik təsirə malikdirlər ki,onlar orqanizmə ilk dəfə daxil olduğu zaman buradakı spesifik və həmin antigenlər üçün cavabdeh olan birləşirlər. Ümumilikdə onlar orqanizmdə immunoıloji canvabı təmin edirlər.Hər bir anticisimdə antigen birləşdirən sahə mövcüddur.Əgər orqanizm antigenlə məs:mikrobla ilk dəfə qarşılaşarsa bu vaxt ona qarşı immun sistemi tərəfindən 4 - 5 gün müddətində davam edən immunoloji cavab reaksiyası yaradılır.Buna ilkin immunoloji cabvab deyilir.Antigenə qarşı yaradılan immunoloji reaksiyanın intensivliyi onun oqrqanizmə daxil olmuş miqdarı ilə düz müntənasibdir.Antigen çox olduqda onun müvafiq klonların hüceyrələri hüceyrələri tərəfindən tutulma ehrtimalı da çoxalır.Anticimlərin antigen birləşdirən sahəsi anticisim molekulunun ağır və yüngül zəncirlərin V-domenləri hesabına yaranan və antigenlərin epitoplarını tanıyıb onlarla birləşmək qabiliyyətinə malik olan sahəsidir.Antigen tanıyan sahələrin formalaşması hüceyrələrin yetişməsi zanamanı V genlərin rekombinasiyası nəticəsində başa çatır.Bir antigenə qarşı orqanizmdə ancaq bir cür anticisim əmələ gəlir.Antigenin anticisimlə birləşməsi haqqında olan fikirlər P.Erlixə məxsusdur.O toksinin antitoksinlə birləşməsi nəzəriyyəsini öyrənmiş və göstərmişdir ki,anticisimlə antigenin birləşməsi qüvvətli turşu ilə qələvi arasında gedən reaksiya şəklində baş verir.Antigen təqdm edən hüceyrələrə əsasən ,makrofaqlar və aiddir.Antigen tanıyan reseptorlar - B və T reseptorlarının səthində yerləşən və onlar tərəfindən antigen epitioplarının tanınmasını və immunoloji cavabın spesifikliyini təmin edən trans membran zülalllardırlar.Antigentanıyan B reseptou(BCR)- B limfositlərinin səthində yerləşir və O ,İg - immunoqlobulin molekulunun monomer formasıdır.Antigen tanıyan T reseptoru(TCR) - T limfositlərinin səthində yerləşir və 2 transmembran polipeptid zəncirindən təşkil olunmuş zülaldır. Adətən antigen rolunu yad zülal və ya polisaxaridlər yerinə yetirir.Bir qayda olaraq antigenlər bir yox,bir neçə antigen determinantına (epitoplara) malik olurlar.Epitop antigenin limfositlərin antigen birləşdirən reseptorlarının (BSR VƏ TCR in) aktiv mərkəzləri ilə birləşən sahələridir. İmmunogenlikdən məhrum yad maddələr ( məs:sadə quruluşlu kimyəvi birləşmələr) haptenlər adlanır.Haptenlər yüksək molekullu daşıyıcılara məs,zülallara birləşərsə immunogenliyə malik olur.Təbii antigenlərin əksəriyyətinin immunoloji reaksiyaları induksiya etmələri üçün iştirakı vacibdir.Bu antigenlər həmçinin də timusaltı antigenlər adlanırlar.Antigenlər içərsində elələri də vardır ki,onların immunogenliyi üçün T - hüceyrələri lazım gəlmir.Onlara timuasasılı olmayan antigenlrər deyilir.Timusasılı olmayan antigenlərə bakterial lipopolisaxaridləri misal göstərmək olar.Antigenlərin immunogenliyini müəyyən edən amillərdən biri də onun resipient üçün yadlığıdır.Yadlıq olmasa orqanizmin immun sistemi onu ayırd edib ,ona qarşı cavab verə bilməz.