9 oktyabr 1862-ci ildə İstanbulda anadan olmuşdur. Əhməd Cövdət paşanın birinci qızı və yazıçı Emine Önasyanın böyük bacısı idi. Aliye Fatmanın anası Advie Rəbiyə xanım idi. 1866-cı ildə Fatmanın atası Misirə Vali vəzifəsinə təyin edilir. 1868-ci ilə qədər həyat yoldaşı və uşaqları ilə Hələbdə yaşamalı olur. 1875-ci ildə Cövdət Paşa Yunanıstana göndərildikdə, ailə altı ay Yanyada qalır. Nəhayət 1878-ci ildə Fatmanın ailəsi Dəməşqdə məskunlaşır.

Osmanlı İmperiyasındakı qızlar ümumi təhsil müəssisələrində təhsil almağa göndərilmirdilər. Ancaq Fatma maraqlanan bir uşaq olduğundan, qeyri-rəsmi bir ev təhsili almağı bacarmışdır. Ərəb və fransız dillərində danışmağı öyrənmişdi. 1879-cu ildə Fatma on yeddi yaşında ikən atası Osmanlı sultanı II Əbdülhəmidin köməkçisi və Plevna mühasirəsinin qəhrəmanı Qazi Osman Paşanın qardaşı oğlu Mehmet Faiq bəylə evlənir. Evlilikdən Fatma dörd qız uşağı dünyaya gətirir: Xədicə (1880), Ayişə (1884), Nimət (1900) və Zübeyde İsmət (1901).

Fatma ərindən daha savadlı olması səbəbindən evliliyin ilk illərində əri ona xarici dillərdə roman oxumağı qadağan edirdi.

Fatma Aliye xeyriyyə işlərində fəal iştirak edirdi. 1897-ci ildə Osmanlı-Yunan müharibəsindən sonra əsgər ailələrinə dəstək olmaq məqsədilə Osmanlı Qadınlara Kömək Təşkilatı təsis edir. Bu ölkədəki ilk qadın təşkilatlarından biri idi. 1899-cu ildə II Sultan Əbdülhəmid tərəfindən mükafata layiq görülür.

Fatma qurulmasında da iştirak etmişdir. Bundan əlavə, 1910-cu illərdə İtaliya-Osmanlı müharibəsi və Balkan müharibələrindən sonra qurulan Osmanlı Qadınları Milli Müdafiə Komitəsində çalışmışdır.

Fatma Aliye Topuzun portreti (1934-cü ildə "Ad haqqında Qanun tətbiq edildikdən sonra" Topuz soyadını qəbul etmişdir) 2009-cu ildə buraxılmış 50 türk lirəsi əsginaslarında təsvir edilmişdir.