1570-ci ildə III. Murad və Safiyə Sultanın Şahzadə Mehmeddən sonrakı ilk övladı olaraq Manisa Sarayında dünyaya gəldi. 15 dekabr 1574-cü ildə atasının taxta keçməsiylə İstanbula gətirildi.

Hərəmxananın həqiqi qurucusu qəbul edilən III. Murad anasının vəfatından sonra bir müddət Köhnə Sarayda yaşadı və bu müddət ərzində Memar Sinana Topqapı Sarayı üçün yeni bir hərəmxananın tikilməsi üzrə əmr verdi. 1585-ci ilin avqust ayında III. Murad Baş Hasəkisi Safiyə Sultan, hasəkiləri Mehriban, Nazpərvər, Şahuban, Fəxriyə Sultanlar və şahzadələri ilə birlikdə yeni hərəmxanaya köçdü. Aişə Sultanın ilk nikahı 1586-cı ilin may ayında Vəzir İbrahim Paşa ilə məhz bu sarayda bağlandı. Bu evlilikdən sonra Aişə Sultan saray daxilində güc qazandı.

Aişə Sultan atasının ən sevdiyi qızı idi. Bunun iki səbəbi vardı: anasının Safiyə Sultan olması, ikincisi isə III. Muradın ilk qızı olması. 1595-ci ildə atası vəfat etdi və yerinə qardaşı III. Mehmed taxta keçdi. Aişə Sultan çox şanslı idi; çünki oğlan olmadığı üçün edam edilmədi. III. Mehmed tərəfindən çox sevilmiş və əri 1596-cı ildə ilk dəfə sədrəzəm olduqdan sonra iqtidar yolu açılmışdı, ancaq Aişə Sultan siyasətlə çox maraqlanmadı. 1601-ci ildə İbrahim Paşa vəfat etdi və Aişə 5 aprel 1602 tarixində yeni sədrəzəm Yemişçi Həsən Paşayla evləndi. Bu evlilikdən 1603'də bir oğlan uşaqları dünyaya gəldi. 1603-cü ildə Yemişçi Həsən Paşanın edamından sonra Gözəlcə Mahmud Paşa ilə evləndirildi. Gözəlcə Mahmud Paşa ilə evli ikən 15 may 1605 tarixində hələ 35 yaşında ikən vəfat etdi. Qardaşının yanına, Sultan Mehmed türbəsinə dəfn edilmişdir. Aişə Sultanın tək övladı 1603 doğumlu Sultanzadə Mehmed Paşadır.