1731-ci ildə Şamaxıda, Allahverdi bəy Sərkər və Ümmügülsüm xanımın ikinci övladı olaraq dünyaya gəlmişdir. Abbasqulu ağa Bakıxanov Ağası xanın atasını səhvən "Əsgər bəy" yazsa da, Nailə Bayramlının fikrincə bu ad Allahverdi bəy olmalıdır. Mənbələrdə 1748-ci ildən Ağası xan və Məhəmmədsəid xan birlikdə Şirvan xanı kimi hesab olunurlar. 1761-ci ildə Ağası xan qardaşı ilə Hacı Məhəmmədəli xanı devirərək Ağsunu ondan almışdıdı.

Fətəli xanın Məhəmmədsəid xan və Ağası xandan 10000 rubl xərac tələb etməsi, yayılmış taun xəstəliyinə görə bu pulu yığa bilməyən xanın rədd cavabı verməsi Şirvanın Quba tərəfindən işğalı üçün şərait yaratdı. Şirvan xanlığı əvvəl xərac verməyə razı olsa da, sonra Şəki xanı Hüseyn xana arxalanan Məhəmmədsəid xərac verməkdən imtina etdi. Lakin Şəki ilə də vəziyyət pisləşməsi Qubalı Fətəli xanın Hüseyn xanın Şamaxı xanlığına qarşı birləşməsinə səbəb olur. Xanlar 1764-cü ildə bir daha xərac verəcəyinə söz versə də, yenə sözündən dönür. Müttəfiqlər 1767-ci ildə Şamaxıya daxil oldular və Fətəli xan 12.000 nəfərlik ordu ilə xanlığı ələ keçirdi. Xan bir daha tabe oldu və danışıqlara getdi. Bu danışıqlarla bir sıra imtiyazlar əldə etdi - bunlardan biri də Bakıda ticarət hüququ idi. Lakin Qarabağ xanlığı və Avar xanlığı Şirvanın müstəqilliyi tərəfdarına çevriləndən sonra Quba-Şəki orduları bir daha Şamaxıya daxil oldu və 1768-ci ildə Şirvan xanlığı ləğv edildi. Məhəmmədhüseyn xanla danışığa gedən Ağası xanın gözləri çıxarıldı, Məhəmmədsəid xan hakimiyyətdən kənarlaşdırıldı.

Ağası xan Şəki xanlığı ilə 1769-cu ildə yenidən yaxınlaşmağa başladı. Danışıqlara bir ara Gilan xanı Hidayət xan da qoşuldu.1774-cü ilin iyulunda Ağası xan Gavduşan döyüşündən istifadə etdi və Fətəli xana bir daha hücum edərək Şirvan xanlığını aldı. Fətəli xanın Əmir Həmzə üsyanına görə Qubaya qayıtmasından istifadə edən Ağası xan yenidən xan oldu. Paytaxtı Əlvəndə köçürdü. Ağası xan hakimiyyətə gələndən sonra Fətəli xan Məhəmmədsəid xanı həbsdən buraxaraq bacısını onun oğlu Məmmədrza bəylə evləndirdi. Ağası xan isə bundan narazı olub onu xəbərdar etdi. 1785-ci ildə Fətəli xan yenidən müharibəyə başladı. Qarabağ xanlığı və Quba xanlığı müttəfiq olaraq Şirvana hücuma keçirdilər. Ağası xanın böyük oğlu Əhməd bəy İbrahimxəlil xanın qardaşı Mehrəli bəy Sarıcalı-Cavanşiri öldürdü. Ağası xan sülh üçün məcbur qalıb Fətəli xanın hüzuruna gəldi, oğlanları ilə bərabər məhbus olaraq Qubaya, ordan da Bakıya göndərildi.

Ağası xan Osmanlı imperiyası ilə sıx əlaqələr içində idi. Qardaşı Məhəmmədsəid xanla birlikdə Osmanlıdan tez-tez hərbi yardım tələb edirdilər. 1783-1784-cü ildə Osmanlıdan aldıqları məktub məlumdur.

Ağası xan 1788-ci ildə Əlvənddə və ya Bakıda 57 yaşında öldürüldü.

Ağası xanın 4 həyat yoldaşı və onlardan 12 övladı olmuşdur:

• Bibixanım xanım Səfərəli sultan qızı (ö. 1807). 1756-cı ildə evlənmişdi. Bibixanım xanımdan olan övladları:

1. Mustafa xan - Şirvanın son xanı
2. İsmail bəy (1760-1848) - Mərzili obasının sahibi. Mustafa xan ilə eyni yerdə öldü, Baba Samid qəbirstanlığında basdırılmışdır.
3. Kafiyə xanım - 1766-cı ildə anadan olmuşdu, Qasım xan Xançobanlı ilə evlənmişdi.
4. Balaş xanım - 1769-cu ildə anadan olmuşdu.
5. Xədicə xanım - 1776-cı ildə anadan olmuşdu.

• Xədicəxanım xanım Məmmədəli xan qızı (ö. 1774) - 1760-cı ildə evlənmişdi. Övladları:

1. Xeyrünnisa xanım - 1761-ci ildə anadan olmuşdu.

• Xədicəxanım xanım Əlvəndli Məlik Məmməd xan qızı (ö. 1783, v. Baba Samid) - 1771-ci ildə evlənmişdi. Övladları:

1. Haşim xan (1773-1845) - Baba Samid qəbirstanlığında basdırılmışdır.
2. Cəfər bəy (1776-1827) - 1810-cu ildə Rudbar bəylərindən Gəray bəyin qızı Soltan bikə ilə evlənmişdir. Baba Samid qəbirstanlığında basdırılmışdır.
   1. Kərim bəy
   2. Cavad bəy
   3. Nuh bəy
   4. Ümmüsələmə xanım
   5. Zabitə bəyim
3. Abdulla bəy (1778-1842) - Baba Samid qəbirstanlığında basdırılmışdır.
4. Mehdi bəy (1780-1827) - Baba Samid qəbirstanlığında basdırılmışdır.
5. Həcər xanım - 1783-cü ildə anadan olmuşdu. Mir Mustafa xan Talışlının oğlu Mir Xasay bəy ilə evlənmişdir.

• Abidə xanım İmamverdi bəy qızı (ö. 1805) - 1776cı ildə evlənmişdi. Övladı:

1. Səadət xanım - 1778-ci ildə anadan olmuşdu.

1. Nailə Bayramlı (2009), 2021-01-16 at the Wayback Machine, səh. 23
2. Hüsü Abdullayev, XVIII əsrin 60-80-ci illərin şimal-şərq Azərbaycan tarixi. Bakı, Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının Nəşriyyatı, 1958, səh. 47
3. Hüsü Abdullayev (1958), səh. 532
4. Tofiq Mustafazadə (2002) 2019-07-15 at the Wayback Machine. Bakı, Elm, səh. 76
5. Güntəkin Nəcəfli (2002), Azərbaycan xanlıqlarının Osmanlı dövləti ilə siyasi əlaqələri: XVIII əsrin II yarısı, Bakı, Nurlan, səh. 37
6. Гаджиева С, Азербайджан во внешней политике правительства Екатерины II. Баку, 2004, səh. 99
7. Harun Baştürk, 2017-09-09 at the Wayback Machine, səh. 157
8. Butkov P.Q., Qafqazın yeni tarixi üçün material 1722-ci ildən 1803-cü ilədək. 1869, II cild, səh. 27
9. Alkadari H (1929) Əsari Dağıstan. Mahaçqala, Dağıstan Araşdırma İnstitutu, səh. 87