Həyatı haqqında yetərli bilgi yoxdur. 1200-ci ildə əslən Səmərqəndli bir ailəyə mənsub olan Əbhəri Mosulda anadan olub. Bəzi qaynaqlarda bu ad yanlış olaraq Əbəhri şəklində keçməkdədir. Bu arada çağdaş İranlı müəlliflərdən bir çoxu, Əbhəri nisbəsinə dayanaraq onun Zəncan və İsfahana bağlı iki Əbhərdən birində doğulmuş olduğunu iddia edir; ancaq modərn qaynaqların bəzilərinin qeyd etdiyi kimi şəxsən Əbhərinin Səmərqəndi nisbəsini işlətdiyi diqqətə alınırsa ailəsinin əslən Səmərqəndlı olduğu anlaşılır. "Seyfül-gullab" əsərinin müəllifi Məhəmməd Fövzi isə Əbhəri nisbəsinin üç ayrı anlamı olduğunu bildirərək bunları bir bölgəyə mənsub olma, bir qəbiləyə mənsub olma və “Bəyazi”də olduğu kimi bir eyniliyi bildirmə şəklində sıraladıqdan sonra Əbhəri nisbəsinin bölgəyə deyil, qəbiləyə mənsubiyət ifadə etdiyini söyləyir; ona görə Əsirəddin Əbhər qəbiləsinə mənsubdur. Mehmet Sadəttin Aygen "Böyük Filosof Əsirəddin Əbhəri" adlı əsərində, Əbhərinin Afyon elinin Çay ilçəsi yaxınında Əbər gölü civarındakı Əbər kəndindən (indiki Doğanlı) olduğunu və türbəsinin də orada olduğunu iddia edirsə də, indilik bu iddia “əbhər” ilə “əbər” kəlimələri arasındaki səs bənzərliyinin ötəsində bir anlam daşımır.

Ə. Əbhəri ilk təhsilini Mosulda aldı, daha sonra Xorasan və Bağdada gedərək təhsilini tamamladı. O dönəmin ən ünlü bilginlərindən olan Kəmaləddin İbn Yunisin tələbəsi, İbn Xallikanın da müəllimi oldu. Bir müddət Mosul sarayında himayə gördü; 1228-ci ildə Mosuldan Ərbilə keçərək oraya yerləşdi. Əbhəri ayrıca Anadoluya da səyahatlər etmiş, buradakı Türk bəylərinin saraylarında ağırlanmış, elm və mədəniyyətin inkişafına və elm adamlarına böyük dəyər verən bəylərin təşviq və dəstəkləriylə fəlsəfə və müsbət elmlər sahəsinda dərslər vermişdir.

Ə. Əbhərinin ölümüylə ilgili olaraq qaynaqlarda 1263 və 1265-ci il kimi fərqli tarixlər verilir.