Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu (əvvəllər Respublika Əlyazmalar fondu) orta əsrlər Şərq yazılı abidələrinin toplanması, sistemləşdirilməsi, mühafizəsi və nəşri üzrə vahid bir mərkəz kimi 1950-ci ildə Nizami Gəncəvi adına Ədəbiyyat İnstitutunun əlyazmalar şöbəsi əsasında yaradılmışdır. 1945-ci ilə qədər Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Nizami adına Dil və Ədəbiyyat İnstitutu binasında xüsusi bir otaq vardı ki, qapısında "Əlyazmalar şöbəsi" yazılan lövhə vurulmuşdu. Otağın rəflərində iki minə yaxın fars, ərəb, Azərbaycan dillərində kitab, bir neçə şairin, ədibin arxivi düzülmüşdü. 1950-ci ildə bu balaca şöbə Məmmədağa Sultanovun səyi nəticəsində müstəqil Respublika Əlyazmalar fonduna çevrilib. Əlyazmaların respublikamızda toplanması işinə hələ XX əsrin əvvəllərindən, sovet hakimiyyətinin ilk illərindən başlanmışdır. 1924-cü ilin 21–24 sentyabrında Bakıda Birinci Ümumazərbaycan diyarşünaslar qurultayı keçirildi. Burada mədəni quruculuqla əlaqədar başqa məsələlərlə yanaşı Azərbaycan Tədqiq və Tətəbbö cəmiyyəti nəzdində xüsusi əski çap kitabları və əlyazmalar şöbəsi olan elmi kitabxana təşkili məsələsinə də baxıldı.Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu orta əsrlər Şərq yazılı abidələrinin toplanması, sistemləşdirilməsi, mühafizəsi və nəşri üzrə vahid bir mərkəz kimi 1950-ci ildə Nizami adına Ədəbiyyat İnstitutunun əlyazmalar şöbəsinin əsasında yaradılmışdır. Ötən əsrin 80-ci illərində Respublika Əlyazmalar Fondu (RƏF) öz fəaliyyətində Akademiyanın institutlarından geri qalmır, akademik elmi-tədqiqat institutu kimi işləyirdi. Bunu nəzərə alan Akademiya və fondun rəhbərliyi RƏF-in instituta çevrilməsinə çalışır, "yenidənqurma" adı altında respublikalardakı ayrı-ayrı müəssisələri ləğv etməyi, birləşdirməyi üstün tutan Moskva isə buna razı olmurdu. Yalnız bir neçə illik mübarizədən sonra, 1986-cı ildə SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsində işləyən Heydər Əliyev cənablarının yaxından iştirakı və köməyi sayəsində SSRİ Nazirlər Sovetinin 28 oktyabr tarixli 2162 №-li sərəncamı, bir müddət sonra Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin 11 noyabr 1986-cı il tarixli 398 №-li Qərarı və Azərbaycan SSR EA Rəyasət Heyətinin 4 dekabr 1986-cı il tarixli 22/3 №-li Qərarı ilə Respublika Əlyazmalar Fondunun bazasında Əlyazmalar İnstitutu təsis edilmişdir. Əlyazmalar İnstitutunun kimin adını daşıması da mübahisəli məsələ olaraq qalırdı. Bir sıra şəxslərin adları təklif edilir, hər kəs öz seçimində təkid edirdi. Sonralar hamı Heydər Əliyevin qərarının nə qədər məntiqli olduğunu dərk etdi. İndi hamı üçün aydındır ki, əgər Ədəbiyyat İnstitutumuz Nizami Gəncəvinin, Dilçilik İnstitutumuz İmadəddin Nəsiminin adını daşıyırsa, Əlyazmalar İnstitutu da Məhəmməd Füzulinin adını daşımalıdır. Əlyazmalar İnstitutu orta əsr elmlərinin bütün sahələrini tibb və astronomiya, riyaziyyat və mineralogiya, poetika və fəlsəfə, teologiya və hüquqşünaslıq, qrammatika, tarix və coğrafiya, bədii nəsr və poeziyasını əhatə edən Azərbaycan, türk, ərəb, fars və başqa dillərdə zəngin və nadir əlyazma kolleksiyasına malikdir. İndi Əlyazmalar İnstitutunda 40 mindən artıq material vardır. Bunlardan 12 minə qədəri ərəb qrafikalı əlyazmalardır ki, IX-XX əsrlərdə yazılmış və ya üzü köçürülmüşdür. Bundan başqa, institutda XIX-XX əsrlərdə yaşamış Azərbaycanın görkəmli elm və ədəbiyyat xadimlərinin şəxsi sənədləri, tarixi sənədlər və fraqmentlər, əski çap kitabları, əvvəlki dövrlərin qəzet və jurnalları, mikrofilm və fotosurətlər mühafizə edilməkdədir.

Əlyazmalar İnstitutunda saxlanan ən qədim əlyazma IX əsrə aid edilən dəri üzərində yazılmış Quranın "" surəsinin bir hissəsidir.

Əbu Əli ibn Sinanın "Tibb qanunları", "Cərrahiyyə və cərrahi alətlər haqqında" və "", "Nizamşahın azuqələri", "", Nəsiminin "Divan", Sədinin "Bustan" və s. bu kimi əsərlərin XII-XV əsrlərdə köçürülmüş nüsxələri Əlyazmalar İnstitutunda saxlanılan ən qədim əlyazmalardır. 2005-ci ildə YUNESKO-nun "Dünya yaddaşı" proqramının reyestrinə daxil edilən bu əlyazmalardan bir neçəsi unikallığı ilə seçilir.

Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu Böyük Britaniyanın Kembric Universitetinin nəzdində yaradılmış () üzvüdür.

İstiqlaliyyət küçəsində yerləşən Azərbaycan Əlyazmalar İnstitutunun binası dünyada ilk dəfə olaraq müsəlman qızlar üçün tikilmiş lisey idi, onun tikintisi üç görkəmli şəxsiyyətin adı ilə bağlıdır. Onlardan birincisi Bakı neft milyonçusu və şəhərin ən böyük xeyriyyəçisi Hacı Zeynalabdin Tağıyev (1823–1924) olmuşdur. Məktəbin yerində daha əvvəl Cümə məscidi tikilməli imiş, lakin müxtəlif maneələrə görə bu iş baş tutmur. Məscidin yeri 5 noyabr 1896-cı ildə H. Z. Tağıyevə Qızlar məktəbini tikdirməsi üçün verilir. Binanın layihəsi 1896-cı ildə hazır olsa da, təsdiq edilməsi təməl qoyma mərasiminə qədər ləngiyir. O, binanın tikilməsi üçün Rus imperatoruna müraciət etmiş razılıq aldıqdan sonra onun xərclərini maliyyələşdirmişdir. Bu məktəbin binasının yerinin müəyyən edilməsinə və tikilməsinə 4 il vaxt sərf olunmuşdur. İkinci şəxs isə Azərbaycanın ilk maarifçi ziyalısı və jurnalisti Həsən bəy Zərdabi idi (1837–1907). O hələ lisey açılmazdan çox əvvəl qızlar və oğlanlar üçün dünyəvi təhsilin təbliğatçılarından biri olmuşdur. Üçüncü şəxs gənc polyak mühəndis İosif Vikentiyevic Qoslavski(1865–1904) idi. O, çox istedadlı şəxs idi və o Bakının baş memarı təyin ediləndə cəmi 27 yaşı var idi. O, H. Z. Tağıyevin tikdirdiyi bütün binaların layihəçisi və mühəndisi olmuşdur. Hacı Zeynalabdin Tağıyev məktəbin binasının layihələşdirilməsi və tikilməsini də Qoslavskiyə həvalə edir. Orta əsrlər Şərq memarlığının ən gözəl elementlərini özündə əks etdirən bina 1898–1901-ci illərdə inşa edilib. 1915-ci ilin sentyabrından binada ikiillik pedaqoji kurslar fəaliyyətə başlayıb. Lakin 1917-ci ilin Fevral inqilabı iqtisadi vəziyyəti ağırlaşdırır və məktəbin müdiriyyəti həmin ilin aprelində təhsil prosesini dayandırmağa məcbur olub. 1918-ci il dekabrın 7-də Tağıyevin Qızlar məktəbinin binasında İslam Şərqinin ilk demokratik respublikası – Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin təntənəli açılış mərasimi olub. Həmin ilin 24 iyun tarixində Cümhuriyyətin ilk bayrağı da məhz bu binada qəbul edilib. Beləliklə, milli maarifçiliyə xidmət məqsədilə inşa olunan bina Cümhuriyyətimizin qanunverici orqanının yerləşdiyi strateji əhəmiyyətli obyektə çevrilib. 27 aprel 1920-ci il tarixinədək – Cümhuriyyətin süqutuna kimi binada parlamentin ümumilikdə 145 iclası keçirilib. Cümhuriyyət dövründə ilk dəfə təşkil olunan İstiqlal Muzeyi də burada fəaliyyət göstərib. Ölkəmizdə sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra Azərbaycan SSR Ali Soveti bu binada yerləşib. 1920–1937-ci illərdə görkəmli mütəfəkkir şair-dramaturq Hüseyn Cavid binanın üçüncü mərtəbəsində yaşayıb. 1982-ci ildə isə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Əlyazmalar İnstitutu buraya köçürülüb. Hazırda binanın böyük hissəsində M. Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu yerləşir. Üçüncü mərtəbənin mərkəzi hissəsində Hüseyn Cavidin ev-muzeyi, kənar hissəsində isə Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası fəaliyyət göstərir. Binanın quruluşu at nalı şəklindədir və içəri həyətinin cənub hissəsi qala divarlarına söykənir. Binanın simmetrik baş fasadı italyan intibahının təmtəraqlı formalarında, təmizlik otağı fransız rokokosu, yemək otağı flamand barokkosu, yataq otağı isə modern üslubdadır. Tikintiyə 1898-ci ildə başlanmış 1901-ci ildə başa çatdırılmışdır .1918-ci ildə Azərbaycan öz müstəqilliyini elan edəndən sonra Milli hökumətin parlamentinin ilk iclası bu binada açılmış, onun sədri Məhəmməd Əmin Rəsulzadə ilk iclasda geniş çıxış etmişdir.1920-ci il 28 aprelədək, islam şərqinin ilk parlamenti fəaliyyətinə son qoyulanadək işlədi. Daha sonralar Azərbaycan SSR Ali Soveti bu binada yerləşmişdir. Əlyazmalar fondu orta əsrlər Şərq yazılı abidələrinin toplanması mühafizəsi və nəşri üzrə vahid bir mərkəz idi.

Elmi-tədqiqat şöbələri:

• Türkdilli əlyazmaların tədqiqi şöbəsi
• Ərəbdilli əlyazmaların tədqiqi şöbəsi
• Farsdilli əlyazmaların tədqiqi şöbəsi
• Şəxsi arxivlərin tədqiqi şöbəsi
• Kitabxanaşünaslıq və biblioqrafiya şöbəsi
• və çap kitabları şöbəsi
• Kitabxana və elmi informasiya şöbəsi
• Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi
• Elektron resurslar şöbəsi
• Elmi fondlar şöbəsi

Elmi-tədqiqat laboratoriyası:

• Əlyazmaların gigiyenası və bərpası şöbəsi

İnzibati şöbələr:

• Təhsil şöbəsi
• İctimaiyyətlə əlaqələr şöbəsi
• Mühasibatlıq şöbəsi
• Kadrlar şöbəsi
• Ümumi şöbə

İnstitutun baş direktoru:

• Akademik Teymur Kərimli

İnstitutun icraçı direktoru:

• Filologiya elmləri doktoru Paşa Kərimov

Elmi işlər üzrə direktor müavini:

• Filologiya elmləri doktoru Aybəniz Əliyeva Kəngərli

Elmi katib:

• Filologiya üzrə fəlsəfə doktoru

İnstitut əlyazmaların toplanması, sistemləşdirilməsi,katoloqlaşdırılması, tədqiqi, tərcüməsi, nəşri, mühafizəsi və ilə məşğuldur.

İnstitutun təşəbbüsü ilə əlyazmalar kataloqunun ilk cildləri, biblioqrafik məlumat kitabları, klassiklərin əsərlərinin elmi-tənqidi mətnləri, bir sıra alim və ədiblərin yaradıcılıq nümunələri, elmi-nəzəri monoqrafiyalar, tarixi-arxeoqrafik sənədlər nəşr edilmiş, elmi-tədqiqat işlərinin problematikası genişləndirilmişdir.

• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası
• Təbabət və əczaçılıq işi üzrə orta əsr əlyazmaları (AMEA Əlyazmalar İnstitutu)

• 2010-12-06 at the Wayback Machine
• .