10 avqust 1807-ci ildə İstanbulda dünyaya gəlmişdir. Atası I Əbdülhəmid və III Səlim dönəmlərində sədarətə gəlmiş Qoca Yusif Paşanın oğlu Mir Mahmud Əfəndi, anası isə I Əbdülhəmidin Dürrüşəhvar Sultandan doğulan nəvəsi Atiyətullah xanım idi. Bu səbəblə bir çox tarixi mənbələrdə "bəyəfəndi" ünvanıyla anılmışdır. Hafiz Əhməd Əfəndi, Övliya Xoca, Xızırağazadə Səid bəy kimi dövrün məşhur üləmalarından dərslər aldı. 1826-cı ildə Divan-ı Hümayunda kiçik rütbəylə xidmətə başladı və 1846-cı ildə rüyus imtahanına (üləma zümrəsindəki təyinatla bağlı keçirilən imtahanlar) daxil olaraq müdərrisliyə yüksəldi. 1848–1855-ci illərdə Takvim-i Vekayi qəzetində redaktor olaraq çalışdı. 1855-ci ildə Saloniki qazısı oldu, 1856-cı ildə Məkkə qazılığına, 1861-ci ildə İstanbul qazılığına, 1868-ci ildə isə Anadolu qazəsgərliyinə namizəd seçildi.

17 sentyabr 1871-ci ildə sədrəzəm Mahmud Nədim Paşanın təkidiylə şeyxülislamlığa gətirildi. Həmin ilin 8 dekabr tarixində Əhməd Kamal Paşanın Maarif nazirliyinə keçməsiylə, Əvkaf-ı Hümayun nazirliyi də Əhməd Muxtar Bəyəfəndiyə verildi. Ancaq Nədim Paşanın sədarətdən alınmasından qısa müddət sonra o da şeyxülislamlıqdan azad edildi (5 noyabr 1872). II Əbdülhəmid səltənətinin ilk illərində hökumət daxilində aparılan dəyişikliklər əsnasında şeyxülislamlıq vəzifəsi 18 aprel 1878-ci ildə ikinci dəfə Əhməd Muxtar Bəyəfəndiyə verildi. Ancaq bu dəfə də 8 ay sonra – 4 dekabr 1878-ci ildə vəzifədən alındı.

Xoş şöhbəti, şeirə və ədəbiyyata olan marağı ilə tanınan Əhməd Muxtar Bəyəfəndi 22 dekabr 1882-ci ildə vəfat etdi və Üsküdardakı İnadiyə təkkəsinin həyətinə dəfn olundu. Osmani və I dərəcəli Məcidi nişanlarıyla təltif edilmişdir.

• İlmiyye Salnâmesi, s. 602–603.
• Evkāf-ı Hümâyun Nezâretinin Târihçe-i Teşkîlâtı ve Nüzzârın Terâcim-i Ahvâli, İstanbul 1335, s. 154.
• Abdurrahman Şeref, Târih Musâhabeleri, İstanbul 1340, s. 225.
• İbnülemin, Son Sadrıazamlar, V, 760.