Əfqanıstan Orta Asiyada türk coğrafiyasına yaxın olduğu üçün burada həmişə çox sayda türk qövmü yaşamışdır. İslamdan əvvəl Ağ Hunlar və Göytürklər kimi türk qövmlərinin hakimiyyəti altında olan bu bölgə İslamın yayılmasından sonra da Qəznəvilər dövləti, Böyük Səlcuq İmperiyası və Xarəzmşahlar kimi digər türk qövmlərinin hakimiyyəti altına keçmişdir. Bölgəyə türk təsiri Teymurilər dövləti və dövründə də davam etmişdir.

Əfqanıstan XIX əsrin ortalarında Hindistanla birlikdə ingilis müstəmləkəsi olmuşdur. 9 avqust 1919-cu ildə başçılığı ilə müstəqillik qazanan ölkə hələ vaxtında yeni yaranmaqda olan Türkiyə Cümhuriyyəti ilə əlaqələr qurmuşdur. 1 mart 1921-ci ildə türk və əfqan heyətləri Moskvada görüşlər keçirmiş, Türkiyə tərəfindən və , Əfqanıstan tərəfindən isə general Mehmet Vəli Xanın iştirakı ilə Türkiyə-Əfqanıstan İttifaq Andlaşması imzalanmışdır. Keçmiş Mədinə mühafizi Fəxrəddin Paşa Kabilə ilk Türkiyə səfiri olaraq göndərilmişdir.

İkinci dünya müharibəsindən əvvəl Almaniya və İtaliyanın bölgədə artan təzyiqlərinə qarşı 7 iyul 1936-cı ildə Türkiyə, İran, Əfqanıstan və İraq imzalayaraq bölgənin əvvəlcə , sonra da sovetlər tərəfindən işğal olunmasının qarşısını almışlar.

ABŞ-də 2001-ci ildə baş verən 11 sentyabr terror aktlarının Əfqanıstanda planlaşdırıldığı əsas gətirilərək ABŞ-nin başçılığı altında NATO qoşunları 7 oktyabr 2001-ci ildə Taliban tərəfindən idarə olunan Əfqanıstana qarşı əməliyyatlar həyata keçirməyə başladılar. 12 noyabr 2001-ci ildə Taliban gücləri Kabili NATO qüvvələrinə təslim edərək Əgqanıstanın cənubuna çəkildilər. Kabildə kökənli Həmid Kərzainin rəhbərliyi ilə müvəqqəti hökumət quruldu. 2004-cü ildə keçirilmiş seçkilərdə qalib gələn Kərzai bu günə qədər Əfqanıstan dövlət başçısı olaraq fəaliyyət göstərir.

Əfqanistana qarşı əməliyyatlar keçirən NATO qoşunlarının tərkibində döyüşməsi üçün Türkiyə 260 nəfərlik bir bölüm göndərdi. Türkiyə ilə Əfqanıstan arasındakı əlaqələr 2001-ci ildən daha da inkişaf etməyə başladı. 4 aprel 2002-ci ildə ilk dəfə Türkiyəyə gələn Həmid Kərzai baş nazir Bülənt Əcəvit və prezident Əhməd Necdət Sezər ilə görüşlər keçirdi. 20 noyabr 2005-ci ildə baş nazir Rəcəb Tayyib Ərdoğan Əfqanıstana rəsmi səfərə yollandı və bununla da bu ölkəni ziyarət edən ilk Türkiyə baş naziri oldu.

Əfqanıstanda fəaliyyət göstərən tərkibində (ISAF) hələ də 1.845 nəfərlik bir bölümü olan Türkiyə Kabil ətrafında təhlükəsizliyin təmin olunmasına və Vardak vilayətində həyata keçirilən layihələrin icrasına görə cavabdehdir. 16 mart 2012-ci ildə türk əsgərlərini daşıyan Sikorski vertolyotunun Kabilin Bağrami məhəlləsində bir evin üzərinə düşməsi ilə 9 zabit, 2 unter-zabit, 1 serjant-mayor, eləcə də evdə olan 6 nəfər həlak olmuşdur.