Əbrəqunus Azərbaycanın ən qədim yaşayış məntəqələrindən biridir. Arxeoloqların Əbrəqunusda aşkar etdiyi, Naxçıvan mədəniyyəti üçün xarakterik olan maddi-mədəniyyət nümunələri kəndin tarixinin qədim dövrlərə aid olduğunu sübut edir.

Tədiqatlar zamanı Əbrəqunus ərazisindən qədim dövrə, o cümlədən orta əsrlərə aid edilən xeyli sayda abidələr aşkar edilmişdir ki, bu abidələr də, əsasən, qoç heykəlləri və qəbirüstü abidələrdir. Qeyd edilən abidələrin vaxtilə Azərbaycan ərazisində mövcud olmuş Qafqaz Albaniyası və Qaraqoyunlu dövlətlərinə aid olduqları qeyd edilir.

Qədim və orta əsrlərdə Əlincə qalası və ətraf ərazilərə gedən yol Əbrəqunusdan keçirdi. Əbrəqunus XIV əsrin 80-90-cı illərində Azərbaycan xalqının Əmir Teymura qarşı apardığı mübarizənin və digər tarixi hadisələrin şahidi olmuşdur. Kənd 1590-cı ildə elə həmin il yaradılan Naxçıvan sancağının Əlincə nahiyəsinin tərkibinə daxil edilmişdir.

1905 və 1918-ci illərdə Cənubi Qafqazda azərbaycanlı qırğınları dövründə bölgənin digər kəndləri də daxil olmaqla Əbrəqunusda da Andranikin rəhbərliyi ilə erməni quldur dəstələri azərbaycanlı əhaliyə qarşı qırğınlar həyata keçirmişlər. 1918-ci il may ayının 29-dan iyun ayının 20-dək Əbrəqunusda Andranikin dəstəsi ilə yerli əhali arasında şiddətli döyüşlər gedir. Andranik xeyli itki versə də, əhalini soyqırıma məruz qoya bilir. Lakin həmin ilin yayında Naxçıvanda azərbaycanlı əhalini erməni quldurlarından qorumaq və Naxçıvanın ermənilər tərəfindən tutulmasına yol verməmək məqsədilə Kazım Qarabəkir paşanın rəhbərliyi altında Naxçıvana türk qoşunları gəlir. 1918-ci il iyulun sonu, avqustun əvvəllərində Andranikin quldur dəstələri Əbrəqunusda türk qoşunları və yerli əhalinin müdafiə dəstələri ilə döyüşə girərək məğlub olurlar. Bu ağır məğlubiyyətdən sonra Andranik Ordubadın Bist və Nəsirvaz kəndlərindən keçərək Zəngəzura gedir.

Kənd 1925-1930-cu illər ərzində 30 kəndi əhatə edən dairə mərkəzi, 1930-1948-ci illər ərzində isə Əbrəqunis rayonunun mərkəzi olmuşdur. Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyev ilk dəfə Əbrəqunis seçki dairəsindən millət vəkili seçilmişdir.

1948-ci ildə Əbrəqunis rayonu Culfa rayonu ilə birləşdirildikdən sonra Naxçıvan MSSR inzibati cəhətdən beş rayona (Naxçıvan (1978-ci ildən Babək), Şərur, Şahbuz, Culfa və Ordubad) bölünmüşdür.

Əvvəlki adı Əbrəqunis olmuş və 1 mart 2003-cü ildən dəyişdirilərək Əbrəqunus adlandırılmışdır.

Kəndin adı D.D.Paqirevin 1913-cü ildə tərtib etdiyi “Qafqazın beşverstlik xəritəsinin adlar göstəricisi” toplusunda Əbrəkunus şəklində yazılmışdır.

Kəndin adının mənası barədə bir sıra mülahizələr mövcuddur, lakin ən tutarlı və həqiqətə uyğun mülahizə kimi Adil Bağırovun fikirlərini qəbul etmək olar:

"Azərbaycan onomastikasında mübahisəli toponim kimi diqqəti cəlb edən coğrafi adlardan biri də “Əbrəqunus” adıdır. Kəndin adı orta əsr mənbələrində “Abraqanus”, “Qarakilsə” (başqa adı “Əbrəqunis”) şəkillərində qeyd olunmuşdur.

“Əbrəqunus” coğrafi adı əsaslı kameral təhlilə cəlb olunmadığından adın mənşəyi ilə bağlı bir-birindən fərqli fikirlər, əsası olmayan şifahi mülahizələr yaranmışdır. Məsələn, bəzi fikirlərə görə, “Əbrəqunus” xüsusi adı “əbrə”+“kunis” komponent­lərinə ayrılır. Adın “əbrə” hissəsi ərəbcə “binalar, tikililər” mənasında işlənən “əbniyə” sözündən, “kunus” hissəsi isə adı məşhur Əshabi-Kəhf əfsanəsində çəkilən müqəddəs “Qurani-Kərim”in “Əl-kəhf” surəsində “Rum qeysəri, bütpərəst Diqyanus” kimi təqdim edilən, əfsanəyə görə, eradan əvvəl Naxçıvanda hökmranlıq etmiş Dağ Yunusun adı ilə bağlı yaranmışdır. Fikrimizcə, adın məna açımına bu cür yanaşma komponent­lərin zahiri səslənişi, oxşarlığı, bənzəyişindən başqa bir şey deyil. Çünki bu mülahizə adın etimoloji təhlilinə heç bir material vermir, əksinə, düşüncələri başqa səmtə yönəldir. 

“Əbrəqunus” adının mənşəyi ilə bağlı fikirlər elmi ədəbiyyatda da birmənalı deyil. Məsələn, XIX əsrdə rus tədqiqatçıları səhv olaraq bu xüsusi ada ermənipərəst mövqedən yanaşmış, ancaq adın kökü ilə bağlı tutarlı söz deyə bilməmişlər. Azərbaycan dilində “Əbrəqunus” coğrafi adı XX əsrin II yarısında tədqiqatçıların diqqətini cəlb etmiş, bu haqda müxtəlif versiyalar yaranmışdır.  “Əbrəqunus” adının mənşəyinə ayrıca məqalə həsr edən M.Elli bu toponimi “Avesta”da adı çəkilən, qədim türk əsatirlərində baş Tanrı sayılmış, sonralar dastan qəhrəmanına çevrilmiş, daha sonralar isə tarixi şəxsiyyət kimi tanınmış Əfrasiyabın adı ilə bağlı açıqlayır: “Əfrasiyab” qədim türkcə “Alp Ər Tunqa” sözünün fars deyilişində işlənən formasıdır. Güman edirik ki, “Alp Ər Tunqa” sözü türk-azərbaycanlı deyilişində mürəkkəb fonetik dəyişikliyə uğrayaraq “Əbrəqunis” şəklinə düşmüşdür. Məşhur “Avesta”da Əfrasiyab “Franqrasyan” adı ilə tanınır. “Franq­rasyan” sözü “Alp Ər Tunqa xan” sözündən törəmişdir. Onu da deyək ki, “Əbrəqunis” və “Franqras” (“yan” hissəciyi “kan-xan” sözünün bir variantıdır: k-x-h-y əvəzlənməsi təbii haldır) sözləri səsləniş etibarilə bir-birinə çox yaxındır. Tarixi mənbələrdə “Əfrasiyab” sözü çox vaxt “Frasiyab” şəklində işlənmişdir. Buna uyğun olaraq, “Franqras” sözünün əslini “Əfranqras” kimi də qəbul etmək mümkündür. Deməli, “Əbrəqunis” sözü Alp Ər Tunqanın “Avesta”dakı adı ilə – Franqrasyan (əfranqras-yan) adı ilə bağlıdır: “Əfranqras-Əbranqras-Əbrəqunis”. 

Yuxarıdakı xülasədən belə qənaətə gəlmək olur ki, “Əbrəqunus” sözünü “kilsə”, “qala”, “iç qala” sözləri ilə əlaqələndirmək elmi cəhətdən özünü doğrultmur. Xüsusən “Əfrasiyab” sözü və onun derivatları olan “Alp Ər Tunqa” “Alp Ər Tunqa xan”, “Franqrasyan”, “Frasiyab”, yaxud k-x-h-y əvəzlənməsinin “Əbrəqunus” coğrafi adı ilə heç bir əlaqəsi yoxdur. Çünki “Əbrəqunus” sözü qədim türk hun tayfa adı əsasında yaranmış toponimdir. Mürəkkəb söz modelində olan bu toponim əbrə-hun-us tərkib hissələrinə ayrılır. Adın “əbrə” (“abra”) hissəsini türkcə “xilas edən”, “qoruyan”, “saxlayan”, ”xeyir verən” mənasında qəbul etmək olar. Toponimin tərkibindəki “hun” (“qun”) komponenti qədim türk hun tayfa adı, “us” hissəsi isə “ölkə, məkan” (ulus sözündən yaranan) sözləri ilə bağlı olub, “hunlara məxsus qala, tikili”, “hunlar xilas edən, qoruyan məkan” mənasını bildirir".

Culfa rayonunun ən iri yaşayış məntəqələrindən biridir.

27 avqust 1727-ci il tarixli "Naxçıvan sancağının müfəssəl dəftəri"ndə (səh. 39) verilən məlumata əsasən, Naxçıvan sancağının Əlincə nahiyəsinə tabe olan Qarakilsə (Əbrəqunus) kəndində kişi cinsindən 10 nəfər müsəlman (şiə) və 14 nəfər isə qeyri-müsəlman (xristian (ortodoks)) əhali yaşayırdı.

Əbrəqunusun Azərbaycanın ərazi bütövlüyü və müstəqilliyi uğrunda Qarabağ və Sədərəkdə gedən döyüşlərdə şəhidləri olmuşdur.

• Vilayət Eyvazov — Azərbaycanın hərbi və siyasi xadimi, general-polkovnik, Azərbaycan Respublikasının daxili işlər naziri (2019-cu ildən).
• Qüdrət Həsənquliyev — Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin II, III, IV, V və VI çağırış deputatı, Milli Məclisin Hüquq Siyasəti və Dövlət Quruculuğu Komitəsinin sədr müavini. Bütöv Azərbaycan Xalq Cəbhəsi Partiyasının qurucusu və hazırkı sədri.
• Vüsal Əliyev — Azərbaycanlı futbol hakimi.

Bir zamanlar rayon mərkəzi olan Əbrəqunus Culfa rayonunun sosial, iqtisadi və mədəni inkişafında mühüm rola malik olub.

Sovet dövründə Əbrəqunusda, əsasən, üzümçülüklə məşğul olublar. Hal-hazırda kənddə, əsasən, üzümçülük, əkinçilik və heyvandarlıqla məşğul olurlar.

Sovet dövründə Əbrəqunusda şərab zavodu fəaliyyət göstərirdi. Zavodda hazırlanan şərab bir çox İttifaq respublikalarına ixrac olunurdu.

• Əbrəqunis rayonu
• Əbrəqunus nekropolları