Əbdürrəşid xanın 1559da ölümü üzərinə on üç oğullarından ikincisi olan Əbdülkərim xan, qardaşlarının dəstəyi ilə taxta çıxmışdır. Nə var ki, Əbdülkərim xan bütün səylərinə baxmayaraq ölkənin yenidən şəhər dəvlətləri halına gəlməsinə və birbiri ilə uğraşaraq həm məmləkətin, həm də xalqın zərər görməsinə əngəl olamamışdır. Ölkəsinin və xalqının bütünlüyünü yaratma ümidi ilə Qərbi Türkistanda yetişmiş böyük din alimlərindən (Məhdum-i Əzəm)nin oğullarından Xoca İshaq Vəlini Şərqi Türkistana çağırmışdır.

Xoca İshaq Vəli, bütün Şərqi Türkistanı dolaşaraq müsəlmanların qardaş olduğunu birbirlərinə yardım edərək ölkənin və insanların birlik və bərabərliyini qorumaları gərəkdiyini anlatmağa çalışmışdır. Xoca İshaq Vəli bu çalışmalarında bəzi yöndən uğurlu olmuş və ölkənin parçalanmaya getməsinə əngəl olmuşdur.

Fəqət Xoca İshaq Vəlinin bu təsirləri ölkənin şərqi bölgələrinin hakimi olan Əbdüllətif xan (1614–1624) tərəfindən, Əbdülkərim xanın yerinə keçən oğulları Məhəmməd xan ilə Şücaəddin Əhməd xan və Abdulla xana hökmranlıq yönündən yarar qazandıracağı düşüncəsiylə Əhməd Qazani (Mahmud-i Əzəm)nin ilk xanımından olan böyük oğlu Xoca Kalan (Məhəmməd Əmin)ı Yarkəndə çağırması Şərqi Türkistanın yazğısına təsir edəcək hadisələrin inkişaf etməsinə səbəb olmuşdur. Çünki bu iki qardaş xocanın ölümündən sonra oğulları böyük bir çəkişməyə girərək ölkəyə fayda yerinə, zərər gətirmişdilər. Xoca İshaq Vəlinin oğulları İshaqiyyə və ya Karatağlık adıyla, qardaşı Xoca Kalanın oğulları da Afaqiyyə vəya Aktağlık adıyla ayrı görüşləri müdafiə edən iki dini qrup olaraq qırğın-qada savaşıma girmələri ölkəni yeni bir dönəmə sürükləmişdir ki, bu dönəmə "Xocalar dövrü" deyilmişdir.

Ölkəni öz təsirində tutmaq üçün Xoca İshaq Vəlini Şərqi Türkistana yardıma çağıran Əbdülkərim xanın bu hərəkəti yalnız dini mövzularda deyil, eyni zamanda siyasi sahədə də hadisələrin sürətləhızla inkişaf etməsinə səbəb oldu. Ölkənin şərq bölgələri ilə qərb bölgələri arasında pozulan birliyi yenidən qurmaq mümkün olmadı. Əbdülkərim xan 1591-ci ildə öldüyü zaman ölkənin durumu bu birlikdən olduqca uzaq idi.

Əbdülkərim xanın ölümündən sonra sıra ilə yerinə keçən oğulları öncə Məhəmməd xan, sonra Şücaəddin Əhməd xan və ən son Abdulla xan, Yarkənd xanlığını idarə etmişdilər.

• Yarkənd xanlığı