1946-cı ildə qurulmasından əvvəl arxivlər 1926-1941-ci illər arasında yerləşirdi. 3 may 1945-ci ildə arxiv kolleksiyasının saxlanılmasına qərar verdi. Lakin kolleksiya kitabxanaya verilmədi və 31 may 1946-cı ildə Şimali Makedoniya Dövlət Arxivi quruldu.

Dövlət Arxivi yaradıldıqdan sonra dərhal Şimali Makedoniyada ümummilli arxiv şəbəkəsinin yaradılması üzərində işlər başladı. Bitola, Kumanovo, Oxrid, Prilep, Skopye, , , və şəhərlərində regional təşkilatlar yaradıldı.

Şimali Makedoniya Dövlət Arxivində mikrofilm laboratoriyası ilə yanaşı bərpa edilmə laboratoriyası da mövcuddur. Yeni binalar 1969-cu ildən istismara verildi, Arxiv ofisi isə Skopyanın mərkəzində, və Konstitusiya Məhkəməsinin yerləşdiyi binada yerləşir. 2015-ci ildə Arxivdə 298 nəfər işləyirdi.