Osmanlı sultanı Qanuni Sultan Süleymanın Manisa sancaqbəyi ikən vəfat edən oğlu Şahzadə Mehmedin adına inşa etdirdiyi Şahzadə külliyəsi memar Sənan tərəfindən hazırlanmışdır. İnşasına 1543-cü ilin iyununda başlanmış, ilk olaraq Şahzadə Mehmedin dəfn olunduğu türbə tamamlanmışdır. Ardından 23 may 1544-cü ildə təməli atılan məscid 1548-ci ilin avqustunda ibadətə açılmışdır. Bu müddət ərzində külliyəyə aid olan mədrəsə, imarət, sübyan məktəbi və karvansarayın inşası tamamlandı. Külliyədən nisbətən aralı yerləşən imarət və sübyan məktəbi isə Dədəəfəndi küçəsində yerləşir. 1613 və 1633-cü illərdə baş verən güclü yanğının ardından zədələnən külliyə binaları IV Murad tərəfindən təmir edilmiş, bu əsnada şadırvan gümbəzi də yenilənmişdir. 1718 cə 1782-ci illərdəki yanğınlarda isə minarənin bütün taxta konstruksiyası yanmış, 1916 və 1953-cü illərdə bəzi türbələrdə və məsciddə qismən restavrasiya işləri görülmüş, 1994–1999 illəri arasında külliyədə əsaslı təmir işləri aparılmışdır.

Memar Sənanın baş memar ünvanıyla inşa etdirdiyi ilk əsər olan bu məscid bir-biriylə simmetrik olan 2 bərabər hissədən – məscidin ana binası (harim) və avlu (meydança) ibarətdir. Məscidin ana binası 4 yarım gümbəz üzərində dayanan vahid gümbəzlə tarazlıqdadır. Bu birləşmələr dolğulu tağlarla təmin edilmişdir. Formalaşmış künclər isə kiçik gümbəzlərlə örtülüdür. Ana gümbəzin divarlardan olan asılılığını aradan qaldıran memar Sənan bu səbəblə divarlarda çox sayıda pəncərələr yerləşdirmişdir. Mütənasib planı ilə Osmanlı memarlığının ən önəmli nümunələrindən olan məscidin ikinci bölümü isə klassik üslubda hazırlanmışdır.

İnşa kitabəsinə görə, 1546-cı ildə tamamlanan mədrəsə 20 otaqdan ibarətdir. Uzun müddət qız yataqxanası olaraq istifadə edilən mədrəsə sonuncu restavrasiyadan sonra restoran olaraq istifadə edilir.

Erkən dönəm xüsusiyyətlərini özündə birləşdirən karvansara 2 tabxana (emək yeyilən yer) və ahırdan ibarətdir. Tabxanalar ortadakı fənərli gümbəzlə örtülü meydançanı əhatə edən gümbəzli 4 bölümdən ibarət olub, uzun müddət Vəfa liseyinin laboratoriyası olaraq istifadə edilmişdir. Ahir bölümü isə 8 gümbəzlə örtülü olub, düzbucaqlı plana malikdir.

Meydançanın ətrafında yerləşən və anbar, tualet və hər biri 6 gümbəzlə örtülü mətbəx və yeməkxana bölümlərindən ibarət olan imarət binası uzun illər İstanbul Universiteti Mətbəəsinə ev sahibliyi etmişdir. Bina hal-hazırda baxımsız vəziyyətdədir. Kvadrat plana malik sübyan məktəbi isə hal-hazırda vəqf binası olaraq istifadə edilir.

Külliyənin həzirəsində 6 türbəylə yanaşı, fərqli dönəmlərə aid çox sayda məzar yerləşir:

• Dilimli gümbəzi və rəngli daşlardan ibarət dekorasiyasıyla İran və şamil olunan Şahzadə Mehmed türbəsinin daxili də, yenə eyni məntiqlə zəngin çinilərlə bəzədilmişdir. Türbənin ən baş tərəfində Şahzadə Mehmed, orta hissəsində qızı Hümaşah Sultan, ən son hissədə isə kiçik qardaşı Şahzadə Cahangirin məzarları yerləşir.
• 1555-ci ildə inşa edilən Rüstəm Paşa türbəsi eyni xüsusiyyətləri özündə birləşdirsə də, daha sadə bir plana malikdir.
• Dədəəfəndi küçəsinə baxan cəbhəyə bitişik açıq türbə isə 1586-cı ildə vəfat edən Şəhrizor bəylərbəyi Mustafapaşazadə Mehmed bəy üçün xanımı Fatma Xanımsultan (Şahzadə Mehmedin nəvəsi) tərəfindən inşa etdirilmiş, 1588-ci ildə vəfatının ardından özü də buraya dəfn edilmişdir.
• Məscidin ana qapısı önündə yerləşən Bosniyalı İbrahim Paşa türbəsi də paşanın 1601-ci ildə vəfatının ardından xanımı Ayşə Sultan tərəfindən inşa etdirilmiş, baş memar Dalğıc Əhməd ağanın nəzarəti altında gedən inşaat prosesi 1603-cü ildə tamamlanmışdır. Şahzadə Mehmed türbəsinin bir bənzəri olan bu türbənin interyeri də yenə bənzərsiz çinilərlə bəzədilmişdir.
• 1694-cü ildə vəfat edən Gövhər Sultan üçün inşa olunan və İbrahim Paşa türbəsinin yanında, cəbhəyə bitişik olan altıbucaqlı plana malik türbə külliyədə inşa olunan son binadır.
• Gövhər Sultan türbəsinin dərhal arxasındakı kiçik türbə isə Osmanlı sultanı III Mehmedin üsyana təşəbbüs ediləcəyi güman edilərək edam olunan oğlu Şahzadə Mahmuda aiddir.
• Ana girişdən solda yerləşən türbə isə Dəstari Mustafa Paşaya aiddir. Bu bölümdə III Mehmedin qızlarından Ayşə Sultanın kiçik yaşda vəfat edən övladları dəfn edilmiş, daha sonra bu məzarlar düzbucaqlı plana malik bir türbəylə örtülmüşdür. Hətta türbə inşasının, türbənin dərhal arxasında dəfn olunan şeyxülislam Bostanzadə Mehmed Əfəndinin 1598-ci ildə vəfatından öncə baş tutduğu bilinir. Burada dəfn olunan uşaqların atası olan və türbəyə adını verən Dəstari Mustafa Paşa isə 1611-ci ildə vəfat etmiş və burada dəfn edilmişdir. Bundan başqa türbədə Ayşə Sultan və 3 uşaq qəbri yerləşir. Bunlardan üzərində xəncər rəsmi həkk olunan paşanın oğluna aiddir.

Külliyənin arxa qapısı önündə yerləşən klassik üslubdakı çeşmə Ayşə Sultan tərəfindən Bosniyalı İbrahim Paşa üçün 1603-cü ildə inşa edilmişdir. Rüstəm Paşa türbəsinin inşası əsnasında türbənin ön cəbhəsinə bitişik olaraq hazırlanan səbil isə 1916-cı ildə dağıdılmışdır. Külliyənin Dədəəfəndi küçəsinə baxan cəbhəsində 1682-ci ildə Safiyə Xanımsultan, Vəznəçilər küçəsinə baxan cəbhəsində isə Gövhər Sultan adına inşa olunan səbillər yerləşir.

• Evliya Çelebi, Seyahatnâme (haz. Zuhuri Danışman), İstanbul 1969, I, 254–255;
• Doğan Kuban, Osmanlı Dinî Mimarisinde İç Mekân Teşekkülü, İstanbul 1958, s. 37–39;
• a.mlf., İstanbul Yazıları (haz. Gülçin İpek), İstanbul 1998, s. 101–105;
• a.mlf., "Şehzade Külliyesi", DBİst. A, VII, 152–155;
• Tülin Uzel, Şehzâde Camii Türbeleri (mezuniyet tezi, 1961), İÜ Ed. Fak.;
• G. Goodwin, A History of Ottoman Architecture, London 1971, s. 207–211;
• W. Müller-Wiener, Bildlexikon zur Topographie Istanbuls, Tübingen 1977, s. 479–481;
• Aptullah Kuran, Mimar Sinan, İstanbul 1986, s. 52–61;
• Tahsin Öz, İstanbul Camileri, Ankara 1987, I, 137–141;
• Adnan Giz, "Şehzâdebaşı Türbeleri", Tarih Dünyası, IV/6, İstanbul 1950, s. 161;
• Ali Saim Ülgen, "Şehzâde Camii ve Hey’eti", Mimarlık, sy. 5–6, Ankara 1952, s. 13–16;
• İsmail Orman, "Şehzâde Camii Hazîresi: Osmanlı Mezar Geleneğine Aykırı Bir Hazîre Gelişimi", STAD, sy. 15 (2000), s. 22–37.