Babası III. Murad vəfat etdikdən sonra atası ilə birlikdə İstanbula gəldi. Döyüşkən və cəsur xarakterli olan Şahzadə Mahmud mükəmməl təhsil almışdır. Şahzadə Mahmudun dövlət işləri ilə həddən çox maraqlanması və anası ilə nənəsi Safiyə Validə Sultan arasındakı sürtüşmələr şahzadəni III. Mehmedin gözündən düşürdü.

Belə ki, Xaçoba döyüşündən sonra Anadoluda Cəlali üsyanları güclənmişdi. III. Mehmed Anadoluya bu səbəbdən bir sıra dövlət adamı və paşaları göndərsə də, üsyanı yatırmaq mümkün olmurdu. Şahzadə Mahmud dəfələrlə atasından üsyanı yatırmaq üçün ordu istəsə də, atası razı olmurdu. Hətta atasına

"Məni ordunun başına sərdar olaraq Anadoluya göndərməyiniz üçün sizdən rica edirəm, qısa müddətdə Anadoluda bir nəfər quldur belə qalmayacaq"

dediyi rəvayət edilir. Şahzadə Mahmud bu sözləri xoş niyyətlə desə də, əslində onun sonunu hazırlamışdı. Anasının təsirindən çıxmayan III. Mehmed anası Safiyə Sultanın

" Əgər Mahmud üsyanı yatıra bilsə və geri dönsə, xalq onu padşah elan edər, sənin sonun olar "

sözlərinə inanmış və öz doğma oğlunu edam etdirmək qərarını alır. Bütün bu hadisələr cərəyan edərkən bir şeyxin Şahzadə Mahmuda yaxında taxta çıxacağını deməsi və şahzadənin, atasının əleyhinə bir sıra dövlət adamları ilə məktublaşması Sultan III. Mehmedin qəzəbinə səbəb olmuşdur. Manisa sancaqbəyliyinə getmək üçün hazırlıq görən Şahzadə Mahmud 7 iyun 1603 tarixində otağında yatarkən 4 dilsiz cəllad tərəfindən boğularaq öldürülmüş, tabutuna bir şal bağlanaraq səhərə yaxın saraydan gizlicə çıxarılmışdır. Rəvayətə görə, yolda tabutu görən əhali " kimdi bu" demiş, saray ağaları da "dövlətin bir daha görməyəcəyi bir igiddir" demişdir. Bəzi təsdiqlənməyən Osmanlı qaynaqlarına görə Şahzadə Mahmudun edamından sonra anası və şeyx boğularaq dənizə atılmışdır.

• Uzuncarsili, Ismail Hakki (1960). III Mehmed’in oglu sehzade Mahmud’un ölümü [The Death of Prince Mahmut, Son of Mehmed III] (in Turkish). Belleten.