Şahzadə Mehmed 1521-ci ildə Köhnə Sarayda dünyaya gəlmiş, uşaqlıq illərinin bir hissəsini məhz burada keçirmişdir. Elmə və incəsənətə meyilli, fiziki olaraq cılız bir şahzadə olan Mehmedin təhsilinə istər saray əhli, istərsə də atası I Süleyman diqqət yetirmişdir. Atası Sultan Süleymanın Avstriya səfərinin ardından qardaşları Şahzadə Mustafa və Şahzadə Səlimlə birlikdə mğhtəşəm bir mərasimlə sünnət edilmişdir. 27 iyun 1530 tarixində başlayan mərasim 3 həftə boyunca davam etmişdir.

1540-cı ildə böyük qardaşı Şahzadə Mustafanın Manisadan alınaraq Amasiyaya göndərilməsinin ardından Şahzadə Mehmed Manisa sancaqbəyi olaraq təyin olundu. İki il boyunca bu vəzifədə qalan Şahzadə Mehmedin bu vəzifəyə gəlməsində anası Xürrəm Sultanın da təsiri olmuşdur.

Şahzadə Mehmedin 6 noyabr 1543 tarixində baş verən ölümü haqqında müxtəlif fərziyyələr var. Bəzi tarixçilər onun o illərdə epidemiya olaraq yayılan çiçək xəstəliyindən vəfat etdiyini yazsalar da, bir qrup tədqiqatçı onun öz əcəliylə vəfat etdiyini qeyd edir. Şahzadə Mehmedin məzarı İstanbulda atasının əmrilə 1543–1548 tarixlərində inşa olunan Şahzadəbaşı məscidində yer alır. Türbənin ən baş tərəfində Şahzadə Mehmed, orta hissəsində qızı Hümaşah Sultan, ən son hissədə isə kiçik qardaşı Şahzadə Cahangirin məzarları yerləşir. Məscidin həyətində isə bacısı Mihrimah Sultanın əri və dönəmin sədrəzəmi Rüstəm Paşanın məzarı yerləşir.