576-cı ildə İstəmi xaqan ölüncə yerinə oğulu Tardu keçərək yabgu olmuş və atası kimi dövlətin qərbini idarə etməyə başlamışdır. Dövlətin qərbini idarə edən Tardu, şərq qisimin rəhbərliyini də ələ alıb Göytürk Xaqanlığının başına keçmək istəyincə Taspar xaqan ilə qarşılaşmışdır. Tapo xaqan 581-ci ildə ölüncə yerinə qardaş oğlu İşbara xaqan keçmişdir. Beləcə Tardu ilə İşbara Xaqan arasında tam hakimiyyət uğrunda qarşıdurma başlamışdır.

Ənənələrə görə şərq tərəf baş xaqan olmalı idi. Bu qarışıqlıqdan faydalanmaq istəyən Çin, Göytürk Xaqanlığındakı mövcud anlaşılmazlığı daha da qızışdırmışdır. Çin İmperatoru, qərbin yabgusu Tarduya elçi, hədiyyələr və qurd rəsmi olan bir bayraq göndərərək Tardunun hökmdarlığını tanıdığını ifadə etmişdir. Çinin qızışdırmalarının nəticəsində Tardu, İşbaranın xaqanlığını tanımadığını bildirmişdir. Nəticədə Göytürk Xaqanlığı ikiyə ayrılmış, Tardu qərbin rəhbərliyini tamamilə ələ almışdır. Bu hadisədən sonra İşbara Xaqanın əlində yalnız şərq qalmışdır. Göytürk Xaqanlığının ikiyə ayrılmasından sonra, Şərqi Göytürk dövləti gücünü itirməyə başlamışdır. İşbara Xaqanın Çinə təşkil etdiyi səfərlər müvəffəqiyyətsizliklə nəticələnmişdir. Çin ipək ticarətinə maneə törədirdi. Bu vəziyyət Şərqi Göytürkləri arasında aclıq və yoxsulluğun başlanmasına gətirib çıxarmışdır. Şərqi Göytürklərə bağlı bir çox türk boyu qıtlıq səbəbiylə Qərbi Göytürklərə sığınmışdır. Özünə bağlı boyların Qərbi Göytürk Xaqanlığına sığınması İşbara Xaqanı çətin vəziyyətə salmışdır. 585-ci ildə artan üsyanlar və xarici təzyiqlər nəticəsində İşbara Xaqan Çin hakimiyyətini qəbul etmiş və Çindən kömək istəmişdir. Şərq Göytürk Xaqanlığını hakimiyyəti altına alan Çinin əsl məqsədi, Çin üçün təhlükə olan, türklər də daxil olmaqla bütün Orta Asiya xalqlarını çinliləşdirmək idi. Bu səbəbdən Çin, Şərqi Göytürkləri çincə danışmağa, çinlilər kimi geyinməyə və çin adətlərini qəbul etməyə məcbur etmişdir. Bunun üzərinə İşbara Xaqan bu mövzu haqqında 585-ci ildə Çin İmperatoruna məktub yazmışdır. İşbara Xaqan Çin imperatoruna yazdığı məktubda belə demişdir: "Sizə bağlı qalacaq, xərac verəcək qiymətli atlar hədiyyə edəcəyəm, lakin dilimizi dəyişdirə bilməm, Xalqıma Çin geyimləri geydirə bilmərəm, Adətlərinizi, qanunlarınızı götürə bilmərəm imkanı yoxdur. Çünki bu istiqamətlərdən bütün millətim, həssaslıqla çarpan tək bir ürəkdir."

Çin əsarətinə daha çox dözə bilməyən İşbara Xaqan 587-ci ildə ölmüşdür. İşbara Xaqandan sonra başa keçən Yehu və Tülan zamanlarında Çin təzyiqi artmışdır. Daha sonra başa Kimin Xaqan keçmişdir. Kimin Xaqandan sonra başa Şi-pi Xaqan keçmişdir.

Şi-pi Xaqan dövründə Şərqi Göytürklər, qısa bir müddət üçün köhnə güclərinə qovuşmuşdurlar. Şi-pi Xaqan, qərbdə Tibetə, şərqdə Amur çayına qədər uzanan torpaqlarda suverenlik qurmuşdur. Çinə hər il verilməkdə olan xərac kəsilincə Çin ilə döyüş edilmişdir. Şərqi Göytürk Xaqanlığı bu döyüşdə qalib gəlmişdir. Çin imperatoru, Şərq Göytürklərə illik vergi vermək şərtiylə canını qurtara bilmişdir. Göytürklərə köhnə gücünü yaşadan Şi-Pi Xaqan 619-cu ildə ölmüşdür. Şi-Pi Xaqandan sonra başa keçən Çu-Lo Xaqan, Çinə hücumlara davam etdirmişdi. Ancaq bir müddət sonra Çu-Lo Xaqan, çinli Yicheng tərəfindən zəhərlənərək öldürülmüşdür. Çu-Lo Xaqandan sonra yerinə qardaşı Kieli keçmişdir. Kieli Xaqan zamanında, Çinə hücumlar davam etmişdir. Kieli Xaqanın Çin üzərinə çıxdığı son səfərində əsir düşməsi nəticəsində Şərq Göytürk Xaqanlığı Çinin hakimiyyəti altına girmişdir.

Orxon abidələrində rast gəlinən digər əhəmiyyətli məlumatlar da müstəqillik haqqındadır. Bilindiyi kimi I Göytürk Xaqanlığının suverenliyinə Çin son vermiş və Göytürkler Çin suverenliyi altına girmiş və müstəqilliyini itirmişdir. Bu hadisədən sonra türklər müstəqillik mübarizəsinə girişmiş və bu mübarizələrinin nəticəsində müstəqilliklərini qazanaraq II Göytürk xaqanlığını qurmuşdular.

• İşbara xaqan (582–587)
• Bağa xaqan (587–589)
• Tulan xaqan (589–600)
• Yami xaqan (600–609)
• Şibi xaqan (609–619)
• Çula xaqan (619–621)
• İllig xaqan (621–630)

• Qərbi Göytürk xaqanlığı