1858-ci ildə anadan olmuşdur. Orta təhsilini Minsk və Çerniqov şəhərlərində almışdır. Lakin o dövrdəki siyasi maneələr ucbatından təhsilini davam etdirə bilməmişdir. 1877-ci ildə Xarkov Baytarlıq Məktəbinə daxil olsa da, 1879-cu ildə tələbə üsyanlarında iştirak etdiyi üçün beş il müddətinə Arxanqelsk vilayətinə sürgün edilmişdir. Daha sonra sürgündən qaçaraq saxta addan istifadə edib Moskvaya getsə də, tezliklə yaxalanaraq yenidən sürgün edilmişdir. Moskvadakı hərbi məhkəmədə mühakimə olunan Pekarski gizli siyasi təşkilatlara qoşulmaq və qadağa qoyulmuş çap materiallarını özündə saxlamaqla günahlandırılaraq məhkum edilmişdir. Məhkəmədə günahkar hesab olunaraq 15 il həbs cəzasına məhkum olunsa da, gəncliyi nəzərə alaraq, Sibirin Yakutsk vilayətinə sürgün edilmişdir. Bütün haqları əlindən alınaraq Yakutiyaya gələn Pekarski dilini, dinini və adət-ənənələrini bilmədiyi bir xalqla yaşamaq məcburiyyətində idi. O dövrdə Yakutiyada rus dilini bilən çox az idi. Ruslar belə kommunikasiya yaratmaq üçün yakut dilini öyrənmək məcburiyyətində qalırdılar. Pekarski də yakut dilini əvvəlcə sırf kommunikasiya üçün öyrənməyə başlayır. Lakin yakut dili ilə məşğul olması qısa bir müddətdən sonra ciddi və dərin işə çevrilmişdir. D. D. Popov və V. M. İonov kimi dostlarının köməyi ilə yakut dili ilə yanaşı yakut etnoqrafiyası və folkloru üzərində də çalışmışdır. 1894–1896-cı illərdə Rusiya Coğrafiya Qurumunun Şərqi Sibir filialının təşkil etdiyi araşdırma səfərinə qoşulan Pekarski yakutların dili, folkloru və etnoqrafiyası sahəsində zəngin bilik və sənədlər toplamışdır. Həmin qurumun maddi dəstəyi ilə "Jakutskij slovar'" adlı əsərinin birinci cildini yayımlamışdır. Rusiya Elmlər Akademiyasının köməyi ilə Yakutskda yerləşmiş Pekarskı 1903-cü ildə yeni bir araşdırmaya başlayır. Rusiya Elmlər Akademiyası xüsusi olaraq V. Radlov və C. Saleman kimi tanınmış elm xadimləri Pekarskinin yakut dil və folkloru sahəsindəki elmi araşdırmalarına yüksək dəyər verirdilər. Hətta Elmlər Akademiyası Pekarskinin "Yakutca-türkcə lüğət" adlı əsəri üzərindəki araşdırmalarını davam etdirməsi üçün 1904-cü ildən başlayaraq illik 400–500 manat dəyərində yardım da göndərməyə başlayır. 1905-ci ildə Elmlər Akademiyasının müraciəti nəticəsində Pekarskinin Peterburqa qayıtmasına icazə verilir. 1905–1910-cu illər arasında Pekarski Rusiya Dövlət Muzeyinin etnoqrafiya şöbəsində, 1911-ci ildən etibarən isə Antropologiya və Etnoqrafiya Muzeyində işləməyə başlamışdır. Bu illərdə türkoloq daha əvvəl çap etdirdiyi yakut dilinin lüğəti üzərində işləmiş, 1907-ci ildə lüğətin həmin cildinin gözdən keçirilmiş forması Elmlər Akademiyası tərəfindən çap edilmişdir. Bu lüğətin son, yəni, on üçüncü cildi 1930-cu ildə yayımlanmışdır 1958–1959-cu illərdə isə yenidən çapa verilən lüğət digər türkoloqlar üçün də yararlı mənbəyə çevrilmişdir. Mütəxəssislər hesab edir ki, Pekarskinin yakut dili lüğəti türk lüğətçiliyinə dəstək sahəsində atılan böyük bir addımdır. Bu əsərdə təkcə danışıq dilində istifadə olunan sözlər deyil, dastanlarda xalq inanclarındakı aralıq sözlər, bütün allahların adları və yakutların yaşadığı torpaqlarda dağ, çay, göl, meşə, kənd adlarına da yer verilmişdir. Pekarski yakut dilinin lüğəti ilə yanaşı yakut xalq ədəbiyyatına da böyük maraq göstərmişdir. Bu yoldakı çalışmalarının sonunda "Obrazcy narodnoj literatun jakutov" adlı üçcildlik əsərini yayımlamışdır. Pekarski 1914–1917-ci illəri arasında Rus Coğrafiya Qurumunun Etnoqrafiya şöbəsində katib vəzifəsində, daha sonra isə "Zivaja starina" jurnalında redaktor olaraq çalışmağa başlamışdır. 1927-ci ildə SSRİ-nin Elmlər Akademiyasının xəbərləşmə üzvlüyünə seçilmişdir. 1934-cü ildə Leninqrad şəhərində vəfat etmişdir.