Batken rayonu Qırğızıstan Respublikasının Batken vilayətinin mərkəzi hissəsində yerləşir. Bölgənin şimal hissəsi Fərqanə vadisinin cənub hissəsində, qalan hissəsi Alay silsiləsinin dağətəyi və dağlıq hissələrindədir. Rayonun ən yüksək nöqtəsi 5621 metrdir.

Qərbdə Leylek, şərqinddə Qırğızıstanın Batkən vilayətinin Kadamjay rayonu, şimalda Özbəkistan, cənubda isə Tacikistanla həmsərhəddir.

Rayon daxilində Özbəkistanın Fərqanə vilayətinin aid 2 və Tacikistana məxsus Vorux eksklavı var.

Batken rayonunun əsas çayları Sok (qolları Kojo-Aşkan, Arça-Başı və Akterek) və İsfara (orta axınında — Karavşin və Kşemış). Rayon ərazisində buzlaq dağ formasiyaları mövcuddur.

Batken rayonunun əsası mərkəzi Batken şəhəri olmaqla 1934-cü ilin aprelində qoyulmuşdur. 1999-cu ildə separatçıların bir sıra hücumlarından sonra idarəetmənin səmərəliliyini yüksəltmək məqsədilə Oş vilayətinin 3 qərb rayonundan ibarət Batken inzibati mərkəz olmaqla Batken vilayəti təşkil olunur. Bununla əlaqədar əhalisi 10987 nəfər (2000) olan Batkenə 2000-ci ildə şəhər statusu verildi. 2001-ci ildə şəhərətrafı 3 kənd də şəhərin inzibati idarəçiliyinin tabeliyinə verildi. Batken şəhəri 2009-cu ildən vilayət tabeli şəhər statusu almışdır.

Qırğızıstanda aparılan 2009-cu il siyahıyaalınmasına görə, qırğızlar rayonun 69.591 sakinindən 69.325 nəfərini (ya da 99,6%), taciklər 142 nəfərni və ya 0,2%-ni, digərləri 124 nəfər və ya 0,2%-ni təşkil edir.

Batken bölgəsinə 9 aul daisəsi və 42 aul daxildir:

Ak-Say aul dairəsi — Ak-Say kəndi (mərkəz);

Ak-Tatır aul dairəsi — Ak-Tatır kəndi (mərkəz);

Dari aul dairəsi — Çek (mərkəz), Korqon-Taş kəndləri;

Kara-Bak aul dairəsi rayonu — Kara-Bak kəndi (mərkəz);

Kara-Bulak aul dairəsi — Bujum kəndi (mərkəz);

Kıştut aul dairəsi dairəsi — Kıştut kəndi (mərkəz);

Səmərqənd aul dairəsi — Səmərqənd kənd (mərkəz);

Suv-Başın aul dairəsi — Boz-Adır kəndi (mərkəz);

Tert-Qyul aul dairəsi — Çon-Talaa kəndi (mərkəz).

Batken rayonu ərazisində paleolit dövrünə aid abidələr vardır. Selunkur mağaraları (Xaydarkan yaxınlığında) və Obişir 1–5 (Fərqanə vadisində) dünyaca məşhur abidələrdir. 1980-ci illərdə Selunkur mağarasında bir arxantropun çənə sümütü və dişləri aşkar edilmişdir.