Bu dini bina uzun əsrlər boyu Osmanlı imperiyasının Mesxetiya və Çıldır əyaləti paşalığını idarə edən Cakeli sülaləsi nümayəndəsi, banisinin şərəfinə Hacı Əhməd Paşanın məscidi də adlanır. Bölgə Osmanlılar tərəfindən zəbt edildikdən sonra Cakeli sülaləsinin şahzadələri İslamı qəbul etdilər. 1747–1758-ci illərdə Axaltsixdə hökmranlıq edən Əhməd paşa məsciddə özü üçün islam qanunlarına zidd olan xüsusi uca yer təşkil etməyi əmr etdi. Belə bir hüquq yalnız sultanlara aid olduğu üçün İstanbul höküməti belə bir hərəkətdə sultanın ali hüquqlarının təhqirini görürdü. Əhməd paşa sultanı təhqir etməkdə təqsirli bilinərək boğularaq edam cəzasına məhkum edildi. Paşa bu qərarı ehtiramla qəbul etdi və özü də ona göndərilən müqəddəs sapla canını aldı. Paşaya pərəstiş edən yerli sakinlər onun nəşini böyük hörmətlə qarşıladılar. Geniş gözəl darvazanın girdiyi geniş həyətdə şəbəkə ilə əhatə olunmuş iki təvazökar abidə ucaldılmışdı. Abidələrin birində "Burada hicri 1173-cü ildə vəfat etmiş allahpərəst vəzir Əhməd Paşanın külü yatır" yazısı, digər abidədə isə Əhməd Paşanın həyat yoldaşı Ayişi xanımın məzarını göstərir.

Rusiyalı hərb tarixçisi Vasili Potto 1828–1829-cu illər Rusiya-Türkiyə müharibəsinə həsr etdiyi "Qafqaz müharibəsi" kitabının IV cildində məscidin Aya Sofya maketi əsasında tikildiyi barədə məlumat verir və məscidin kitabxanasını "Müsəlman Şərqinin ən zəngin kitabxanalarından biri" adlandırır.

Hacı Əhməd Paşa məscidi və mədrəsə 2011–2012-ci illərdə Akhaltsikhe qalasında aparılan genişmiqyaslı yenidənqurma işləri zamanı bərpa edilmişdir. Sovet dövründə məscidin günbəzi terakota ilə boyanmışdı və uzaqdan mis kimi görünürdü. Bərpa zamanı günbəzin zərlə örtülməsi türk memarlıq tarixçilərinin etirazına səbəb olub və onlar məscidin həmişə qurğuşun təbəqələrlə örtüldüyünü qeyd ediblər. 2013-cü ilin əvvəlində Gürcüstan prezidenti Mixeil Saakaşvili ilə Türkiyənin baş naziri Rəcəb Tayyib Ərdoğan arasında aparılan danışıqlardan sonra sonuncu məscidin günbəzinin rənginə etirazını geri götürdü. Eyni zamanda, bərpa işlərini maliyyələşdirən Türkiyə hələ də məsciddən xaç təsviri olan stelların çıxarılmasını israr edir.