Limanlar iqtisadi cəhətdən yüksək əhəmiyyətə malik olmalarına baxmayaraq, ekoloji cəhətdən müəyyən fəsadlara səbəb olurlar.

Limanlar adətən litoral zonaya daxil olur və qabarma-çəkilmələrə məruz qalır. Limanlar yüksək məhsuldar olur. Onlar biogen maddələrin "tələsi" hesab olunur. Bütün il ərzində dənizlərdə avtotroflar – makrofitlər (bataqlıq və dəniz otları, yosunlar), dib yosunları, fitoplankton aktiv olur. Onlar cavan (körpə) balıqların yemləmə yeridir. Limanlar insanın təsərrüfat fəaliyyəti altına düşdükdə su mühitinin çirklənməsi nəticəsində məhsuldarlığını itirir.