Xanın mədrəsənin təməli atılanda şəxsən öz əlləri ilə qazdığı və daş daşıdığı rəvayət edilir. Bina başa çatanda isə mədrəsənin qapılarına çarpaz bir formada bir zəncir bağlanmışdır. Hazırda qapı girişində yerləşən bu zəncir mədrəsəyə girən tələbələrin əyilərək girməsini zəruri etdiyindən təvazökar olma yolunda təhsilə ilk addım kimi qəbul edilirdi. Mədrəsənin açılışında Xanın söylədiyi "Ağıl adamı alicənab edir, ağlı kamilliyin yolu isə elmə bağlıdı. Elmə hörmət etməyən, xan olsun, ya da padşah, o bir şeyə əsas ola bilməz, tez ya da geç o bunun zərərini görər. Mən bu qapılara zəncir asmağı əmr etdim. Bu qapıdan girən hər bir insan, kim olursa-olsun, bu elm məbədinə girib öz başını elmin qarşısında əysin", sözləri tarixə həkk olmuşdur. Beləliklə xan qapıdan başını əyərək və dizini qatlayaraq içəri girən ilk insan oldu. Mədrəsədə din xadimləri, müəllimlər və dövlət məmurları yetişdirilib. Xanlığının ən məşhur alimləri burada dərs verdi. Tələbələr Krım xanlığından və Qafqaz regionundan gəlirdi. Təhsil iki kurs halında verilirdi. Birinci kursda alt təhsil ikinci kursda isə ali təhsil verilirdi. Ali təhsil alanlar Ərəb dili mütəxəssisləri kimi tanınırdı. Təhsilə yeni başlayan tələbələrin əsas dini biliyinin olması tələb olunurdu. Təhsil müddəti on il olan mədrəsədə, həm dini və dünyəvi elmlər öyrədilirdi. Mədrəsədə Ərəb filologiyası, məntiq, fəlsəfə, ədəbiyyat, hüquq, riyaziyyat, astronomiya və digər elmlər öyrədilirdi. Krım xanlığının mədəni həyatında və alimlərin yetişməsində mühüm rolu olan mədrəsədə İsmayıl Qaspıralı da müəllimlik etmiş və mədrəsənin inkişafı üçün çalışmışdır.

Binanın planı kvadrat şəklindədir. 30 kiçik otağı vardır. Anadolu mədrəsələrinin bir oxşarı olmaqla fərqli tərəfləri də var. Çox kiçildilmiş və ikiyə bölünmüş olan həyət aşırımları ilə əhatə olunmuşdur. Anadolu mədrəsələrində isə günbəzli aşırımlar yoxdur. 10 ədəd aşırım günbəzindən biri girişin dərhal önündə olub bunun altından keçilərək həyətə girilir. Ard-arda iki kvadrat hissədən ibarət olan uzun düzbucaqlı həyətin ətrafındakı kəsmə daşdan hörülmüş kvadrat planlı altı titul, yüngül iti kəmərlər ilə aşırım günbəzləri var. Digər bir fərq də mədrəsədə eyvanın olmasıdır. Aşırım günbəzlərinin arxasında üç tərəfdə beşik tonoz ilə örtülü mədrəsə otaqları və sinif otaqları yerləşir. Giriş tərəfindəki üç aşırım cəbhə divarına söykənir. Aşırım günbəzləri yastı olub, xaricdən az dumanlıdır. Həyətin arxa hissəsində aşırım qübbəsinin tağı altında bir quyu ilə əlaqəsi olan kiçik bir şadırvan var.

Mədrəsənin giriş qapısının üzərində Ərəb hərfləri "Bu mədrəsə Allahın köməyi ilə Mənqli Gəray xan, I Hacı Gərayın oğlu, qurmağı əmr etdi. Allah onun xanlığını əsr boyu davam etdirsin, hicri 906 ili" kitabəsi yerləşir.

40 ildən artıq müddət taxtda qalan və Yavuz Sultan Səlimin qayınatası olan I Mənqli Gəray Xan 1515-ci ildə vəfat edib. Zəncirli mədrəsəsi yanındakı türbəsində dəfn edilib.

Krım xanlarının keçmişdə hökm sürdüyü Xan Sarayın ətrafında yer alan Salacık tağı tarixi qəbiristanlıq sahəsində olan Zəncirli mədrəsə, Xan türbələri, İsmayıl Qaspıralı tərəfindən yaradılan Milli Məktəb və ya Müftülük binası və xanlığa aid digər inzibati binaları ilə mühüm bir struktur kompleksi yaradır. Zəncirli Mədrəsə, 1917-ci ildəki Bolşevik İnqilabından sonra tibb məktəbi olmuşdur. 1939-cu ildə isə kommunistlər tərəfindən çıxarılan qərarla, Mənqli Gəray Xandan sonra gələn xanlar və İsmayıl Bəy Qaspralı dövründə mədrəsəyə əlavə olaraq tikilən binalar ruhi əsəb xəstəxanası kimi istifadə edilmiş, digər binalar isə anbar olmuşdur.

1995-ci ildə mədrəsənin nəzarəti yenidən Krım tatarlarına geri verilmişdir. 1997-ci ildə Zəncirli mədrəsəsinin bərpası və tarixi təhsil funksiyanın yenidən verilməsi məqsədilə Zəncirli Mədrəsə Fondu yaradılmışdır. Zəncirli mədrəsə və baxımsız vəziyyətdə olan Xan türbələri 2007–2009-cu illər arasında Türkiyə Cümhuriyyəti tərəfindən təmir etdirilib. Krım xanlarının yanaşı, Krımın Milli liderləri İsmayıl Qaspıralı ilə sürgündə öldükdən sonra Bağçasaraya məzarları gətirilən Əhməd Özenbaşlı və Mustafa Edik Kırımalın nəşlərinin dəfn edildiyi sahə bu gün Krım Türkləri tərəfindən dövlət qəbiristanlığına çevrilib. TİKA tərəfindən bərpa olunan Gəray Xan türbəsi də Dövlət Naziri Faruk Çelik ilə Türkiyə Böyük Millət Məclisinin sədr müavini Meral Akşənərin də iştirak etdiyi bir mərasimlə 18 may 2009-cu il tarixində ziyarətə açılıb.

• 2015-04-24 at the Wayback Machine