XIX əsrin əvvəllərində Qafqazın Zaqafqaziya ərazisinin Rusiya imperiyasına qatılması ilə əlaqədər bölgədə İslam təsisatlarının quruluşunda əhəmiyyətli dəyişiklər baş verdi. Bu dövrün ən səciyyəvi xüsusiyyəti hökumətin müsəlman din xadimlərini ələ almaq və özünə tabe etmək məqsədilə xristianlıqdakı kilsə strukturuna bənzər İslam dini qurumu yaratmaq siyasəti ilə bağlıdır.

İdarənin yaranma tarixi 1823-cü ildən başlayır. Belə ki, 1823-cü ildə Zaqafqaziya şiələrinə başçılıq etmək üçün Tiflis şəhərində dini rəhbər – şeyxülislam vəzifəsi təsis edilmişdir. Bundan 9 il sonra – 1832-ci ildə Tiflis şəhərində Qafqaz sünnilərinin başçısı olan müfti vəzifəsi də təsis edilir. İlk müftini çar generalı Roze təklif etmişdir. Lakin şeyxülislam və müfti vəzifələrinin təsis edilməsi hələ vahid Qafqaz (Zaqafqaziya) Ruhani İdarəsinin yaranması demək deyildi. Onlar yalnız fərdi qaydada fəaliyyət göstərən dini başçılar idilər.

Rus çarının 29 noyabr 1832-ci ildə Senata göndərdiyi məktubda Zaqafqaziya müsəlmanlarının Dini İşlər İdarəsi barədə əsasnamə hazırlanması təklif olunurdu. Lakin hazırlanmış layihələrin heç biri bəyənilmədi.

1849-cu ildə Qafqaz canişini knyaz Vorontsovun tapşırığı ilə Xarici İşlər Nazirliyinin əməkdaşı N.Xanıkov "Məhəmmədi ruhanilərin təşkili barədə əsasnamə" layihəsini hazırladı. Layihə bütövlükdə bəyənilsə də Krım müharibəsi onun həyata keçirilməsini ləngitdi. 1864-cü ildə həmin işi davam etdirmək üçün yeni komissiya yaradıldı, yerli şiə və sünni məzhəblərinin nümayəndələri də komissiyanın tərkibinə qatıldılar. Hazırlanan təlimatlar müsəlman ruhanilərinin vəzifələrini, hüquq və imtiyazlarını, dünyəvi hakimiyyətlə münasibətlərini tənzim edirdi. 1867-ci ilə qədər hökumətdən yalnız şeyxülislam və müfti maaş alırdılarsa, bu ildən etibarən digər yüksək rütbəli müsəlman ruhaniləri də maaş almağa başladılar.

Nəhayət, 5 aprel 1872-ci ildə "Zaqafqaziya şiə və sünni məhəmmədi ruhanilər idarəsi haqqında Əsasnamə" Dövlət Şurasının təqdimatı ilə Rusiya çarı tərəfindən təsdiq edilir və Şeyxülislamın rəhbərlik etdiyi idarənin nəzdində şiə, Müftinin rəhbərlik etdiyi idarənin nəzdində isə sünni ruhani idarələri təsis edildikləri 1872-ci il 5 aprel tarixindən 1917-ci ilin fevralına qədər fəaliyyət göstərmişdir.

İdarənin təşkilində Rus Pravoslav Kilsəsinin quruluş prinsipi əsas götürülmüşdü.Cənubi Qafqazda 2 müsəlman inzibati orqanı — müftinin başçılığı ilə Sünni Ruhani İdarəsi (müftilik) və şeyxülislamın sədrliyi altında Şiə Ruhani İdarəsi (şeyxülislamlıq) yaradıldı.Tiflisdə yerləşən bu 2 idarənin hər biri sədrdən, idarə heyətinin 3 üzvündən, 2 köməkçisi ilə birlikdə katibdən, mütərcim, mirzə və arxivariusdan ibarət idi. Hər iki idarənin tabeliyində Tiflis, İrəvan, Yelizavetpol və Bakı quberniyalarının hərəsində 1 məclis olmaqla 4 məclis var idi. Sünni İdarəsində 16, şiə İdarəsində 20 qazı var idi. İdarələr Daxili İşlər Nazirliyinin nəzarəti altında idi və birbaşa canişin qarşısında məsuliyyət daşıyırdı. Şeyxülislam və müfti çarın Qafqaz canişini tərəfindən təyin edilirdi. Ruhani idarələrin fəaliyəti isə çarizm üsulu-idarəsi tərəfindən istiqamətləndirilirdi. Bunlar dövlət idarəsinin bir qolu sayılırdı, ruhanilər isə çar məmurlarına bərabər tutulurdu. Quberniya səviyyəli ruhanilər isə quberniya və qəzalardakı yerli hakimiyyətlərə tabe idilər.

imperiyanın səadəti naminə xeyirxah itiqamətə yönəltmək məqsədilə çarizm Qafqaz şiə və sünni ruhanilərinin idarə olunması haqqında xüsusi nizamnamə də elan edir. Həmin nizamnaməyə görə, buraya (şiəlikdə) şeyxülislamlar qazilər və axundlar, sünnilikdə isə müftilər, imam-xətiblər, əfəndilər, habelə hər iki cərəyana daxil olan siravi mollalar, müəzzinlər, İslam dininin müxtəlif məddahları, seyyidlər, mürşidlər başqaları daxil idi.

1920-ci ilə qədər Qafqazda, o cümlədən Azərbaycanda müsəlman ruhaniləri iki dərəcəyə bölünürdü:

• şeyxülislam, müfti və s. şiə və sünni ruhani idarələrinin, quberniya ruhani məclislərinin üzvləri;
• məscid mollaları.

Bununla yanaşı olaraq, ruhanilər dini ideologiya, ehkam və əməli həyat məsələlərini həll etmək və onlara dini, ictimai qiymət vermək səlahiyyiəti baxımından üç zümrəyə aid edilirdi:

1. ali zümrəyə Qafqaz ruhani idarələrinin başçıları – şeyxülislam və müftilər;
2. orta zümrəyə quberniya ruhani məscidlərinin üzvləri və qazilər;
3. aşağı zümrəyə isə yerli məscid mollaları (axundlar, imam-xətiblər, müəzzinlər, mükəbbirlər), əməleyi-movtlar (yas mərasimini aparanlar) və s. daxil idi.

Bakı və Gəncə (o zamankı Yelizavetpol) quberniyalalarının hər birində şiə və sünni cərəyanlarına aid olan və yanaşı fəaliyyət göstərən iki quberniya ruhani məclisinin sədrləri, hər məclisdə iki nəfər üzv və başqa məmurlar olurdu. Məlumata görə, 1920-ci ilədək Zaqafqaziyada 23 nəfər şiə, 16 nəfər isə sünni qazisi olub.

İdarə 1823–1918-ci illərdə Tiflisdə, sonrakı dövrdə isə Bakıda yerləşmişdir.

Azərbaycan Demokratik Cümhuriyyəti yaranana qədər Cənubi Qafqaz müsəlmanlarının dini işləri iki idarə — şiə və sünni idarələri tərəfindən tənzimlənmişdir.

1918-ci il mayın 28-də Azərbaycan Demokratik Cümhuriyyətinin elan olunmasından sonra Azərbaycan hökumətinin qarşısında belə bir məsələ dururdu: Tiflis şəhərində yerləşən Qafqaz (Zaqafqaziya) Müsəlmanları Ruhani İdarəsi Bakı şəhərinə köçürülməli və 1917-ci ildə ləğv edilmiş şeyxülislamlıq vəzifəsi yenidən təsis olunmalıdır. Beləliklə, 1918-ci ilin əvvəlində İdarə Bakıya köçürüldü və axund Ağa Əlizadə ən yüksək ruhani rütbəsi olan şeyxülislamlığa yeganə namizəd olur. Cümhuriyyət dövründə ruhani idarə Məşxəti-İslamiyyə adlanırdı. Həmsədrləri Şeyxülislam axund Ağa Ağaəlizadə və Müfti Mustafa əfəndi Əfəndizadə olur.

1918-ci il dekabrın 11-də şeyxülislam Məhəmməd Fərəculla Pişnamazzadə vəzifəsindən istefa verir. Cümhuriyyətin sosial təminat və dini etiqad işləri naziri əmri ilə həmin vəzifəyə Ağa Əlizadə təyin edilir. Bu dövrdə ölkədə islamı rasionallaşdırmaq, müasirləşdirmək meylləri də güclənmişdir.

Azərbaycanda Sovet Hakimiyyəti qurulduqdan sonra ölkədəki məscidlərin əksəriyyəti bağlanmış, din xadimlərinə qarşı hücumlar başlanmışdır. Onları düşmən kimi tamamilə rədd və inkar etməyə başlayırlar. Yuxarıdan verilən hökmlər nəticəsində ağına-bozuna baxmadan bütün din xadimlərini quruluşa zidd qüvvələr kimi hər yerdən qovur, onlara "müftəxor" damğası vurur, hətta "sinfi düşmən" kimi məhv edirdilər. Həmin dövrdə Ağa Əlizadə də hücum və təqiblərə məruz qalmışdır.

Nəhəyat, Böyük Vətən müharibəsi illərində əvvəllər ləğv edilmiş bu İdarə müharibənin dəhşətlərinin dinin qüvvəsi ilə unudulmasını başa düşən bir qrup rəhbərin təklifilə SSRİ Ali Soveti Rəyasət Həyətinin 1944-cü il 14 aprel tarixli 17 saylı qərarına əsasən 24 ildən sonra yenidən bərpa edilir. Bərpa edilən qurumun adı Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi olur.

1944-cü il mayın 25–28-də Zaqafqaziya müsəlmanlarının I qurultayı keçirilir. Qurultayda Ağa Əlizadə ikinci dəfə Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin sədri seçilir və ona yenidən Şeyxülislam dini rütbəsi verilir. O, idarənin tarixində seçilmiş ilk şexülislamdır, ona qədər şeyxülislamlar dövlət tərəfindən təyin edilirdilər. Bundan əlavə, 1944-cü ildən etibarən Cənubi Qafqazda müsəlmanların dini təşkilatlanmasındakı dualizm aradan qalxır. Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi vahid mərkəz olur və şiə məzhəbinin lideri olan şeyxülislam tərəfindən idarə olunur, müfti İdarə sədrinin birinci müavini sayılır və sünni məzhəbinə aid müsəlmanların şəriətlə bağlı məsələlərini tənzim edir. Həmin qurultayda Ruhani İdarəsinin Nizamnaməsi təsdiq edilmiş, rəhbərliyi (şexülislamla yanaşı müfti və ruhani idarəsinin üzvləri – qazılar) seçilmişdir. Həmçinin, həmin dövrdə Zaqafqaziya respublikalarındakı müsəlmanların dini qurumlarının yenidən qeydə alınması keçirilmişdir.

Şexülislam Ağa Əlizadə 1944-cü il iyunun 1-də Bakıdakı "Təzəpir" məscidində etdiyi ilk moizəsində dindarları Sovet hökumətinə hörmət etməyə, dövlətin bütün qanunlarına riayət etməyə və beləliklə də "dini mühafizə etməyə" çağırmışdır.

QMİ hələ SSRİ dövründə İslamı təmsil edən 4 regional dini qurumdan biri idi. Mərkəzi Asiya və Qazaxıstan (qərargahı Daşkənddə), Rusiyanın Avropa hissəsi və Sibir (qərargahı Ufada), Şimali Qafqaz (qərargahı Mahaçqalada) və Zaqafqaziya (qərargahı Bakıda) müsəlmanları ruhani idarələri də SSRİ ilə birlikdə süqut etdi. Lakin məzh Azərbaycan dövlətinin dəstəyi və Şeyxülislam Allahşükür Paşazadənin şəxsi nüfuzu sayəsində 1992-ci ildə Şimali Qafqaz və Zaqafqaziya dini idarələri vahid qurumda – Qafqaz Müsəlmanları İdarəsində birləşdilər. Elə həmin il Şeyxülislam Allahşükür Paşazadə Qroznı şəhərində Azərbaycan, Gürcüstan, Dağıstan, Kabarda-Balkar, Çeçenistan, İnquşetiya, Qaraçay-Çərkəz və Adıgeyin din xadimləri tərəfindən yekdilliklə Qafqaz Xalqları Ali Dini Şurasının sədri vəzifəsinə seçilmişdir.

İdarəsinin ali orqanı Qafqaz müsəlmanlarının Qurultayıdır. Qafqaz müsəlmanlarının sonuncu XII qurultayı 2009-cu ilin 12 avqustunda Bakı şəhərində keçirilmişdir. Qeyd edək ki, hazırkı Şeyxülislam Allahşükür Paşazadə Qafqaz müsəlmanlarının 29 iyul 2003-cü il tarixində Bakı şəhərində keçirilmiş XI qurultayında yekdilliklə ömürlük sədr — Şeyxülislam seçilmişdir.

İdarənin səlahiyyət dairəsi Azərbaycan, Gürcüstan və Rusiya Federasiyasının Dağıstan, Çeçenistan, İnquşetiya, Qaraçay-Çərkəz, Kabarda-Balkar, Adıgey və Şimali Osetiya-Alaniya subyektlərinin ərazilərini əhatə edir.

Azərbaycan Respublikasının "Dini etiqad azadlığı haqqında" Qanununa əsasən,

• Azərbaycan Respublikasında fəaliyyət göstərən islam dini qurumları Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinə öz fəaliyyətləri haqqında hesabat təqdim edirlər;
• Azərbaycan Respublikasında təşkilat məsələlərində islam dini icmaları Qafqaz Müsəlmanları idarəsinə tabedirlər, qeyri-müsəlman dini icmalarının Azərbaycan Respublikasında və xaricdə fəaliyyət göstərən dini mərkəzlərə (idarələrə) tabe olmaq və tabeliyini dəyişdirmək hüququ vardır;
• İslam dininə aid ibadət yerlərinə rəhbərlik edən din xadimləri müvafiq icra hakimiyyəti orqanına məlumat verilməklə Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi tərəfindən təyin edilir;
• Azərbaycan Respublikasında islam dini qurumları öz tarixi islam dini mərkəzində — Qafqaz Müsəlmanları İdarəsində birləşirlər.

Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin sədri vəzifəsini şiə icmasının başçısı olan Şeyxülislam daşıyır. Sünni icmasının başçısı olan Müfti isə onun müavinidir.

"Şeyxülislam" ərəb sözüdür: "şeyx" – "qoca kişi", "İslam" isə dinin adıdır. Mənası – İslam aləmində "qocalan nüfuzlu alim", "mürşid", "İslamın şeyxi" deməkdir. "Şeyxülislam" şərəfli rütbədir. Bu ad əsasən fəqihlərə (müsəlman hüququnu bilən), fiqhin bilicilərinə verilir. "Fiqh" də ərəb sözüdür, mənası "başa düşmək", "bilmək" deməkdir. "Füqəha" isə müsəlman hüququnu bilənlərə – fiqhin bilicilərinə deyilir. Fiqh məsələlərinin həlli ilə məşğul olan, fiqhdən dərs deyən və ya sadəcə bu sahədə müvafiq təhsil alan və fiqh baxımından cəmiyyətin müxtəlif məsələri barəsində mühakimələr yürüdən adama fəqih deyilir. Fəqihin dini təlimə rəhbərlik emək hüququ olduğu üçün bu sahədə rəhbər vəzifəni aparan şəxsə "şeyxülislam" rütbəsi verilir. Əvvəllər şeyxülislam rütbəsi əsasən dövlət başçılılarının məsləhəti, zəmanəti ilə din rəhbərlərinə verilərdi. Son illərdə isə şeyxülislam həmin rütbəyə seçki üsulu ilə (dini qurultaylarda səsvermə yolu ilə) seçilir.

Qafqazda ilk şeyxülislam rütbəsi 1823-cü ildə təsis edilib. İndiyə kimi 12 nəfər şeyxülislam olub. Onların şeyxülislamlıq dövrü aşağıdakı cədvəldə verilib:

"Müfti" ərəb sözüdür. Mənası – "müxtəlif dini hüquqi məsələlər barəsində qərarlar çıxaran" (fətva verən) deməkdir. Müfti dini məhkəmə sistemində vəzifəli şəxs olmaqla yanaşı, sünni məzhəbinə malik müsəlmanların dini başçısı, rəhbəri sayılır.

Müfti qazilərin iş tərcübəsindəki oxşar hadisələrdən istifadə edərkən, onların arasında dini-hüquqi məsələlər barəsində qərərlar çıxarıb ruhani təşkilatına vermək hüququna malikdir. Hazırda hər bir müsəlman dövlətində, o cümlədən də Azərbaycanda ölkənin Baş müftisi vardır. Əslində, o, icmanın başçısıdır, çox böyük nüfuza malik şəxsiyyətdir.

Qafqazda sünni İslam cərəyanına mənsub olan müsəlmanların ilk müftilik rütbəsi 1832-ci ildə təsis edilib. İndiyə kimi 11 nəfər müfti olub. Onların müftilik dövrü aşağıdakı cədvəldə verilib:

800 min müsəlmanın yaşadığı Gürcüstanda Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin nümayəndəliyi də açılıb. 2011-ci ilin avqustunda Gürcüstanda Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinə tabeçiliyi nəzərdə tutulmayan yeni islam qurumu təsis edilmişdi.

Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisinin 2 iyul 1992-ci il tarixli, 190 nömrəli Qərarı ilə İdarənin sədrinin təhlükəsizliyinin təmin edilməsi Azərbaycan Respublikası ali dövlət hakimiyyəti və idarəetmə orqanlarını mühafizə idarəsinə tapşırılmışdır.

  Əsas məqalə: "Şeyxülislam" ordeni

"Şeyxülislam" ordeni QMİ-nin ən ali dini mükafatıdır. Bu orden 2005-ci ildə Şeyxülislam Allahşükür Paşazadə tərəfindən təsis etmişdir. Ordenin ilk laureatı Heydər Əliyev olmuşdur. O, bu mükafatla vəfatından sonra — 21 oktyabr 2005-ci ildə təltif olunmuşdur.

  Əsas məqalə: Bakı İslam Universiteti

Bakı İslam Universiteti 1991-ci ildə Bakı İslam Mədrəsəsinin bazası əsasında formalaşmışdır. Bakı İslam Mədrəsəsi SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dini İşlər Şurasının 17 yanvar 1989-cu il tarixli, 2№-li protokoluna əsasən Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin nəzdində fəaliyyətə başlamışdır.

1991-ci ilin yanvarında Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin Qazilər Şurasının qərarı ilə 14 yanvar 1991-ci il tarixli 2№-li əmrinə əsasən Bakı İslam Mədrəsəsi Bakı İslam İnstitutuna çevrilmişdir. QMİ-nin təşəbbüsü ilə 1992-ci ilin axırlarında Bakı İslam İnstitutu Bakı İslam Universiteti adını almışdır. Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyi Kollegiyasının 1 mart 1994-cü il tarixli qərarına əsasən universitetin yeni adı rəsmən təsdiq olunmuşdur.

  Əsas məqalə: Haqqın nuru (qəzet)

"Haqqın nuru" qəzeti Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin həftəlik dini-ictimai qəzetidir. Qəzetin ilk nömrəsi 12 mart 2010-cu ildə nəşr olunmuşdur.

• Zaqafqaziya müsəlmanları ruhanilərinin qurultayı (film, 1944)
• Dözümlü minarələr (film, 1991)
• Ana duasından başlanan yol (film, 2001)
• Anamın duaları (film, 2007)
• Allaha şükür (film, 2009)

• Qafqaz Müsəlmanları Qurultayı
• Azərbaycan Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsi
• Təzəpir məscidi
• Qafqaz Xalqları Ali Dini Şurası

• — Rəsmi saytı  (az.)  (ing.)  (rus.)
• scwra.gov.az  (az.)
• 2015-01-06 at the Wayback Machine. az.islam.az  (az.)
• . Bakı, "Nurlar", 2014, 272 səh. ISBN 978-9952-490-50-3
• ^{[ölü keçid]}. anspress.com, 06.01.2012  (az.)