Yunanıstan Futbol Federasiyası 14 noyabr 1926-cı ildə ölkənin üç böyük futbol birliyinin: Afina, Pirey və Salonikinin birləşmə qərarı ilə yaradılıb. Onun təməli Yunanıstan futbolunun beynəlxalq standartlara uyğun təşkil etmək məqsədi ilə qoyulub. O vaxtdan bəri, Yunanıstan Futbol Federasiyası Yunanıstanın ən böyük idman federasiyasına çevrildi, çünki ölkədə futbol "idman kralı" kimi qəbul edilir.

1927-ci ildə FIFA-ya üzv olur və 1954-cü ildə UEFA-nın ilk üzvlərindən biri olur.

3 iyul 2006-cı ildə FİFA, Yunanıstan Futbol Federasiyasının Yunanıstan dövləti ilə olan əlaqələrinə görə, federasiyanın FİFA-nın siyasi müstəqilliyi ilə bağlı FİFA nizamnaməsinin prinsiplərinə riayət etmədiyinə dair qərar verir. Müvafiq olaraq, Yunanıstan Futbol Federasiyası qeyri-müəyyən müddətə beynəlxalq futboldan uzaqlaşdırılır. Buna cavab olaraq Yunanıstan rəsmiləri FİFA qanunlarına dəyişiklik təklif edirlər. Bununla belə, FİFA bunun da hökumətin futbol federasiyasının yurisdiksiyasına aid olan məsələlərə müdaxiləsi olduğu qənaətinə gəlir. Qoyulan qadağa Yunanıstan klublarının beynəlxalq yarışlarda iştirakına icazə verilməyəcəyi və Yunanıstan millisinin beynəlxalq oyunlarda iştirak edə bilməyəcəyi anlamına gəlir. 2007-ci ildə UEFA Çempionlar Liqasının finalının əvvəllər planlaşdırıldığı kimi Afina Olimpiya Stadionunda oynanılmayacağı ilə bağlı da şübhələr yaranır.

Bununla belə, 7 iyul 2006-cı ildə Yunanıstan hökuməti idman qanununun yeni versiyasını ratifikasiya etdi və Yunanıstan Futbol Federasiyasına müstəqillik verdi. FİFA həmin gün düzəlişlərin FİFA və UEFA-nın nizamnaməsinə uyğun olduğuna qərar verərək, Yunanıstan futboluna qoyduğu qadağanın ləğvini elan edir. Bu, Yunanıstana UEFA Avro 2008-də iştirak etməyə və Yunanıstan klublarına Avropa yarışlarında iştirak etməyə imkan verdi.

Yunanıstan Futbol Federasiyası, Yunanıstan qanunlarına görə özəl hüquqi şəxs və Afinada qeydiyyatdan keçmiş ofisləri olan qeyri-kommersiya təşkilatı hesab olunur. O, Yunanıstanda Yunan futbolunun maraqlarını təmsil edən yeganə səlahiyyətli orqandır və hər hansı siyasi, dini və ya irqi ayrı-seçkiliyi qadağan edir.

Federasiya Yunanıstan Superliqasını, Yunanıstan Kubokunu təşkil edir və Yunanıstan milli futbol komandalarının təşkil edilməsini həyata keçirir.

Federasiya Beynəlxalq idman qurumlarının üzvü kimi öz öhdəlikləri arasında FİFA və UEFA tərəfindən verilən nizamnamələri, reqlamentləri, direktivləri və qərarları qəbul edir. Federasiya eyni zamanda Yunan futbolunun bütün fərdləri və klubları tərəfindən qəbul edilməsini təmin etməlidir.

Federasiyanın quruluşu piramida şəklindədir. Onun əsasını 2.000.000 futbolçu və 5.773 futbol klubu təşkil edir, onlardan 3.700-ü bütün yaşları əhatə edən bütün ölkə üzrə keçirilən hər cür rəsmi yarışlarda fəal iştirak edir. Klublar 53 Regional Futbol Klubları Birliyinin tabeliyindədir. Peşəkar yarışlar Peşəkar Liqa (Yunan Liqası) tərəfindən təşkil olunur. Federasiya, bütün klubların və peşəkar komandaların tabe olduğu və piramidanın zirvəsini təşkil edən ali futbol orqanıdır.

İldə bir dəfə çağırılan Baş Assambleya əslində Federasiyanın parlamentidir. Əsasnaməyə görə, Yunan futbolu ilə bağlı hər şeyə qərar verən Assambleyadır. Onlar Federasiyanın Əsasnaməsini və reqlamentini dəyişdirə, yenilərinin tətbiqini həyata keçirə, əvvəlki maliyyə ili üçün maliyyə icmalının və gələcək il üçün büdcənin auditini apara, səsvermədə iştirak edə (dörd ildən bir) və Administrasiyanın işinə nəzarət edə bilərlər.

1. Qaydalar Komitəsi
2. Beynəlxalq Əlaqələr Komitəsi
3. Texniki Komitə
4. Yunanıstan Kuboku Komitəsi
5. Satınalmalar Komitəsi
6. Bölmələr Komitəsi
7. Seçim Qrupu Komitəsi
8. Kütləvi İnformasiya Vasitələri və İctimaiyyətlə Əlaqələr Komitəsi
9. Hüquq Məsələləri Komitəsi
10. Zorakılıq Komitəsi
11. Tibb Komitəsi
12. Beynəlxalq Həvəskar Futbol Komitəsi
13. Həvəskar Futbol Komitəsi
14. Lisenziyalaşdırma Komitəsi
15. Futbol Menecerləri Komitəsi
16. Təlim Şurası
17. Futzal (qapalı futbol) Komitəsi
18. Maliyyə Komitəsi
19. Statistika və Stadion Komitəsi
20. Gənc Həvəskar Futbol Komitəsi
21. Qadın Futbol Komitəsi