Yarımadanın şimal-qərbində Çilsulub krateri yerləşir. Krater 65 milyon il önçə iri yerlə toqquşması nəticəsində meydana gəlmişdir. Ərazinin böyük hissəsini bitki örtüyündən məhrumu nəticəsində Dinozavrların məhvinə gətirib çıxarmışdır. IV əsrdən X əsrə qədər ərazidə Maya sivilizasiyası mövcud olmuşdur. Burada arxeoloji tapıntılara və tikilililərə rast gəlinir. Üstəlik əraziyə xas piramidalar gözəlliyi ilə seçilir. Ən məşhur şəhərləri Çiçen-İsa, Uşmal və Tulum.

Yukatan yarımadasına ayaq basan ilk avropalılar 1517-ci ildə və olmuşlar. Ərazi 1527-ci ildə ələ keçirilir və yeni vilayətin mərkəzi qədim şəhər olan Tixo olur. Sonradan adı Merida olaraq dəyişdirilir. İnzibati cəhətdən şəhər gah Qvatemala gah da Yeni İspaniyanın ərazisinə verilirdi. Sonda isə Meksika imperiyasının ərazisində qərar tutur.

Yarımadanın adı yerli əhalinin dilində «Biz sizi başa düşmürük» anlamında işlədilir. Bu kəlməni eşidən ilk Konkistadorlar verdikləri «Biz haradayıq, bu torpağın adı nədir?» sualına cavab olaraq eşitmişdirlər.

Yarımada dəfələrlə müstəqilliyə cədh göstərmişdir. Ərazidə yaşıyan kreollar özlərini müstəqil millət hesab edərək müstəqillik istəyirdilər. 1841—1848 cı illərdə yarımadada Yukatan Respublikası elan edilir və Meksikadan ayrılırlar.

1847-ci ildə torpaq sahibləri mərkəzi hökumətə qarşı çıxaraq özlərinə tərəfdar artarmağa başladılar və Mayalılara ümid bağladılar. Ancaq Mayalılar silahlarını təkcə mərkəzi hökumətə deyil həmçinin üsyançılara qarşı çevirirlər. Bunun nəticəsində başlayır. Müharibə 1901-ci ildə bitsədə ayrı-ayrı qruplar arasında müharizə uzun zaman davam etmişdir.