Yessentuki bayrağının təsviri Yessentuki Şəhər Şurasının 11 saylı qərarı ilə belə əsaslandırılmışdır: "Yessentuki kurort şəhərinin bələdiyyəsinin bayrağı, eni panelin eninin səkkizdə bir hissəsi olan diaqonal ağ xaç ilə kəsilmiş, eni uzunluğa nisbəti 2:3 olan düzbucaqlı bir paneldir. Üst və alt künclər qırmızı, yan künclər mavi rəngdədir. Mərkəzdə, hər şeyin üstündə, kurort şəhəri Yessentuki şəhər gerbinin fiquru var: dirəyə doğru uçan, pəncələrində sarı gürz tutan sarı qartal.

Gürz daşıyan qartal gücü və səxavəti bildirir, həmçinin bir zamanlar Yessentukidə kəndlər salan Terek kazaklarının simvoludur. İlan olan kasa ədalətin, mərhəmətin, gücün və zənginliyin simvoludur.

Yessentukinin ilk bayrağının layihəsi 2002-ci ildə Memarlıq Departamentinin mütəxəssisi V. A. Oxonko tərəfindən onun icra etdiyi şəhərin gerbi əsasında hazırlanmışdır. Bayraq diaqonal olaraq bölünmüş düzbucaqlı panel idi. Üstdəki qırmızı sahədəki gerb tibbin rəmzi idi, mavi rəng tarlaları əks etdirirdi.

Rusiya Federasiyasının Prezidenti yanında Heraldik Şura kurort şəhərinin simvollarının layihələrini öyrənərək Yessentuki rəhbərliyinə onların tərkibini dəyişdirməyi tövsiyə etdi. Dövlət heraldikasının mütəxəssislərinin tövsiyələrindən sonra V. A. Oxonko gerb və bayrağın hazırlanmasını başa çatdırdı. Bu bayraq Şəhər Şurasının 3 aprel 2002-ci il tarixli 34 saylı qərarı ilə təsdiq edilmişdir. Rəsmi rəmz kimi qəbul edilən bayraq gerbin kompozisiyasını təkrarlayırdı, onun təsvirində belə deyilirdi: "Dörd yerə bölünmüş qırmızı və göy rəngli sahədə, bölmənin üstündə, yuxarı sağda işarə ilə müşayiət olunan ensiz gümüş xaç var. Eyni metaldan tərs çevrilmiş ilanla dolan qızıl qab, yuxarıda solda — qanadları qaldırılmış, sağa uçan və pəncələrində eyni metaldan bir gürz daşıyan, qolu ilə sola çevrilmiş qızıl qartal əks olunmuşdur". İlan qoyulmuş kasanın təsviri Yessentukinin şəhər və ümum-Rusiya sağlamlıq kurortu kimi əsas məqsədini təcəssüm etdirirdi. Qabdan çıxan üç reaktiv təyyarə isə "Yessentuki-4", "Yessentuki-17" və "Yessentuki-20" dərmanlarını simvollaşdırırdı.

29 dekabr 2004-cü ildə Yessentuki Şəhər Şurasının 140 saylı "Yessentuki şəhərinin gerbi və bayrağı haqqında" qərarı ilə əvvəlki qərar qüvvədən düşmüş və şəhərin yeni gerbi və bayrağı təsdiq edilmişdir. Bayraq rəssam A. İ. Plujnikov tərəfindən yaradılmışdır. Bayrağın təsvirində qeyd olunur: "Yessentuki kurort şəhərinin bayrağı diaqonal olaraq dörd hissəyə bölünmüş 2:3 nisbətində düzbucaqlı bir paneldir. Ağ rəngin yuxarı hissəsində gürz daşıyan və başını bayraq dirəyinə (şəhər gerbinin elementi) tərəf çevirən, qızılı tüklü, uçan qara qartal təsvir edilmişdir. Bayrağın sol və sağ hissələri göy rəngdədir. Bayrağın aşağı hissəsi qırmızı rəngdədir. Bayrağı ağ diaqonallar üzrə bölən baldriklər var, bayrağın eni hündürlüyünə nisbətdə uyğun gəlir.