1843-cü ildə Berlində Qədim Misir sənət əsərlərinin və digər qədim əsərlərin sərgilənməsi üçün memar Fridrix Avqust Stülerə yeni bir muzeyin inşası tapşırıldı. Binanın inşası 1855-ci ildə başa çatdı.

İkinci Dünya Müharibəsi zamanı hava bombardmanlarından zərərin qarşısını almaq üçün bağlanan muzey, müharibədən sonra Şərqi Almaniyanın sərhədləri daxilində qaldı. Şərqi Almaniyanın mövcud olduğu illərdə heç bir təmir işinin aparılmadığı muzeyin bərpası yalnız 1989-cu ildə Berlin divarı dağıldıqdan sonra gündəmə gəlməyə başladı.

Bərpa işləri 2003-cü ildə Britaniyalı memar Devid Çipperfildin rəhbərliyi ilə başladı. Təxminən 233 milyon avroya başa gələn genişmiqyaslı bərpa işləri ilə, 2009-cu ilin oktyabrında sənət sevərlərin xidmətinə yenidən təqdim edildi. Beləliklə, 1939-cu ildən bəri fərqli yerlərdə saxlanılan Qədim Misir Mədəniyyətləri Kolleksiyası muzeyə qaytarıldı.

2003-cü ildə başlayan və altı il davam edən bərpa işləri bir çox müzakirələrə səbəb oldu. Bərpa üçün məsul memar Devid Çipperfild binanı təmizləyib istifadəyə verdi, ancaq eyni zamanda müharibənin izlərini də qorudu. Məsələn, muzeyin girişindəki pilləkənlərdəki güllə dəliklərini qorudular. Yenə giriş hissədəki orijinal sütunlardakı və bəzi mozaika, Misir divar rəsmlərindəki yanğının izləri qorunub saxlanıldı.

Berlindəki bir çox muzey və sənət kolleksiyasının çoxunun sahibi olan Prussiya Mədəni İrsin Qorunması Fondu bu muzeyi də idarə edir.

•  
  İkinci Dünya Müharibəsindən sonra
•  
  muzey (1850)
•  
  muzey (1862)
•  
  Nefertiti büstü
•  
  muzey (2008)