Bağban ailəsində anadan olub. 1915–1919-cu illərdə yəhudi məktəbində tədris alıb, eyni zamanda rus məktəbində oxuyub.

1920-ci illərdə komsomolçu olmuş, həvəskar dram klublarında iştirak etmişdir. 1924–1925-ci illərdə Üzeyir Hacıbəyovun Arşın mal alan pyesini cuhuri dilinə tərcümə etmişdir. 

1925–1928-ci illərdə Moskva və Bakıda fəhlə institutlarında təhsil almış, Bakı Pedaqoji institutunun tarix fakültəsini və Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası(b) Mərkəzi Komitəsinin Ali Partiya məktəbini bitirmişdir.

1932-ci ildən — Azərbaycan KP (b) Mərkəzi Komitəsinin aparatında olmuş, 1934–1938 illərdə edir. — Dağ-yəhudi ləri dilində çap olunan Kommunist qəzetinin redaktoru, eyni zamanda — Azərbaycan Dövlət Nəşriyyatının direktor müavini idi (Dağ-yəhudilərinin dilindəki kitabların nəşrinə nəzarət edirdi).

1937-ci ildən — Azərbaycan KP (b) Mərkəzi Komitəsi üzvlüyünə namizəd idi. 1938-ci ildə isə Orconikidze rayonu raykomunun birinci katibi olmuşdur. 1938–1939-cu illərdə rayon SSRİdəki ən çox neftverən rayonlardan birinə çevrildiyi üçün Aqarunov "Qırmızı əmək bayrağı" ordeninə layiq görülmüşdü. 1939-cu ildə isə artıq Mərkəzi Komitə üzvü idi.

1941-ci ildə Bakı neft sənayesinin Partiya Komitəsinin katibi vəzifəsinə təyin olunmuş, İkinci Dünya Müharibəsi zamanı 23,5 milyon ton neft istehsalına görə Aqarunova "Şərəf nişanı" ordeni verilmişdi.

1942-ci ildə 5000 Bakılı mütəxəssisin iştirakı ilə Kuybışev vilayətində, neft axtarışına başlanarkən vilayət komitəsinin katibi təyin olunmuş, sonrakı il neft istehsalını 42% artırdığı üçün Lenin ordeni ilə təltif olunmuşdu.. SSRİ Neft Sənayesi naziri Nikolay Baybakov Aqarunovu "Vətənin neft sənayesinin banilərindən biri" adlandırırdı.

1947–1950-ci illərdə Bakı şəhər partiya komitəsi katibi olmuşdur.

1963–1971-ci illərdə Ümumittifaq Elmi-Tədqiqat İnstitutunun Neft sənayesinin təhlükəsizliyi üzrə direktor müavini təyin olunmuşdur.

Dəfələrlə Azərbaycan Azərbaycan SSR Ali Sovetinin deputatı və Mərkəzi Komitə üzvü olmuşdur. Bir çox partiya konfransında iştirak edərək, Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının XVIII qurultayında nümayəndə olmuşdur.

Təqaüdə çıxdıqdan sonra publisistik fəaliyyətinə davam etmişdir. 1992-ci ildə Bakıda vəfat etmişir.

• Mixail Aqarunov (d. 1936) — Professor, kimyaçı, Dağ yəhudiləri şəcərəsi üzrə ekspert.
• Elmira Aqarunova (d. 19401940) — kimya elmləri namizədi.

Folkloru poeziya ilə birləşdirən Aqarunov dağ yəhudilərinin ədəbiyyatında önəmli yer tutur. O öz yaradıcılığında rəsmi dövlət siyasəti ilə sosial məsələlərə işıq tutub.

1929-cu ildə Bakıda İkinci Dağ Yəhudilərinin mədəniyyəti konfransında iştirak etmiş, tat dilinin latın əlifbasına keçirilməsi barədə işlər görmüşdü.

8000 sözdən ibarət tat-rus, rus-tat lüğətinin müəllifidir (oğlu tərəfindən nəşr olunub).

"Neft və Qələbə" (Bakı, 1991), "Kiçik millətin böyük taleyi" (1995), "Tat ədəbiyyatı necə yarandı" əsərlərinin müəllifidir.

• Kovter ("Göyərçin", 1920) — tat dilindəki ilk şeiridir.
• Padşox, rabbi va-oşir ("Padşah, ravvin və varlı", 1920) — gənclər üçün satirik komediya.
• Taxzir kini? ("Təqsir kimdədir?", və yaxud "Sevinc gözyaşları"; 1928) — Bakı və Dərbənddə dəfələrlə səhnəyə qoyulmuş pyes.
• Duxqar doqi (Dağ qızı, 1928) — şeir.

• Aqarunov Y.M. Kiçik xalqın böyük taleyi [Dağ yəhudiləri haqqında]: (Xatirat). — Мoskva.: Çoro, 1995. — 154 s. — 2000 ekz. — ISBN 5-8497-0014-5.
• Aqarunov Y.M. Böyük Vətən müharibəsi zamanı Azərbaycan neftçilərinin qəhrəman əməlləri.— Bakı Аzərnəşr, 1982. — 107 s. — 4000 ekz. || Neft və qələbə, Bakı, Azərnəşr, 1991. — 166 s. — 5000 ekz.
• Tat ədəbiyyatı necə yarandı // Vatan Sovetimu. — 1974–1977. (sitatlar, yudeo-tat dilində)
• Aqarunov Y.M., Aqarunov M.Y. Dağ Yəhudiləri dilinin böyük lüğəti — Cuhuri: Kitab 1. Cuhuri-Rus lüğəti, Kitab 2. Rus-cuhuri lüğəti — Pyatiqorsk: Qeula, 2010. — 660 s.
• Aqarunov Y.M., Aqarunov M.Y. Tat-rus lüğəti: Təqribən. 9000 sözlük. — Мoskva.: Yəhudi institutu, 1997. — 204 s.

• Lenin ordeni
• "Qırmızı əmək bayrağı" ordeni
• "Şərəf nişanı" ordeni
• SSRİ fəxri neftçisi
• Azərbaycan SSR Ali Soveti Rəyasət Heyətinin Fəxri diplomu (1977, 1987)