İlk dəfə 1974-cü ildə istifadəyə verilib.Dağlıq Qarabağ münaqişəsinə qədər hava limanı İrəvan–Stepanakert reyslərini həyata keçirib. 1990-cı il avqustun 1-də İrəvan-Xankəndi reysi ilə uçan Yak-40 təyyarəsi qəzaya uğrayıb. Hadisə nəticəsində 39 sərnişin və 4 ekipaj üzvü həlak olub. Təyyarənin qalıqları və cəsədlər Laçın rayonunun Fərraş kəndi yaxınlığında aşkar edilib. SSRİ-nin Dövlət Komissiyasının rəsmi versiyasına görə, pilot məhdud görünmə şəraitində təyyarəni düzgün istiqamətləndirə bilməyib. Həmin dövrdə yalnız ermənilərin çalışdığı aeroport heyəti də paralel araşdırma apararaq, təyyarənin artıq yükgötürmə ( təyyarələrinin sərnişin tutumu 20–25 nəfərdir) səbəbiylə qəzaya uğradığını bildirib. 1992-ci ildə Xocalının işğalından hava limanı dağınıq hala düşüb fəaliyyətini dayandırmışdır. 2009-cu ildə qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikasının başçılığı burada perspektivdə İrəvandan və geriyə uçan təyyarələri təmin etmək məqsədiylə əsaslı təmir işlərinin başlanmasını elan etmişdir. 2010-cu ilin noyabrına kimi nəzərdə tutulan təmir işləri yalnız 2011-ci ilin aprelində bitmişdir. Deyilənə görə, hava limanı hər saat 200 sərnişinə kimi qəbul edə biləcək və hava naviqasiya avandanlığı ilə təmin olunacaqdır. Buna baxmayaraq, hava limanının rəsmi açılışı bir neçə dəfə təxirə salınmışdır. Obyekt həm də "Stepanakert hava limanı" adıyla rəsmən yalnız 1 oktyabr 2012-ci il tarixində açılsa da, bu günə qədər bir reys belə həyata keçirməmişdir.Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin 19 Sentyabr 2023-cü il antiterror əməliyyatları nəticəsində hava limanı bütün şəhər ilə birlikdə Azərbaycanın nəzarətinə keçmiştir. 12 iyun 2024-cü ildə Azərbaycan ərazisində müvəqqəti yerləşdirilmiş rus sülhməramlı kontingentinin çıxarılması prosesi başa çatmış və aeroportda Azərbaycan bayrağı qaldırılmışdır.

Qondarma dövlət başçıları hava limanının fəaliyyətə başlamamasını Azərbaycanın reaksiyasıyla əlaqələndirməsə də, rəsmi Bakının bu barədə kəskin etirazı məsələyə dünyanın diqqətini cəlb etmişdir. 9 may 2011-ci ildə AR Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyasının sədri Arif Məmmədov bildirmişdir ki, aviasiya qaydalarına əsasən, hər dövlət öz hava sahəsində yaxalanan icazəsiz uçuşların mövcudluğunda həmin uçuşlara qarşı uçan təyyarənin məhv edilməsinə kimi tədbir görmək hüququndadır. Ermənistan prezidenti Serj Sarqsyan bunu cavablandıraraq demişdi ki, İrəvandan Xankəndiyə uçan ilk təyyarənin sərnişini o özü olacaq.