Xanəgah məscidi Quba rayonunun Xanəgah kəndində XIX əsrdə tikilib. İnşaasında yerli qəlpəli pud daşlardan və əhəng məhlulundan, bəzi yerlərdə isə bişmiş kərpicdən və adi pud daşlardan istifadə edilib. Divarlarının qalınlığı 60–80 sm. arasında dəyişir. Məscidin tavanın tikintisində taxtadan istifadə edilib, üzəri isə kirəmitlə örtülmüşdü. Məscidin minarəsi tavanın mərkəzi hissəsində yerləşib.

Azərbaycanda sovet işğalından sonra rəsmi olaraq 1928-ci ildən dinlə mübarizəyə başladılar. Həmin ilin dekabrında Azərbaycan KP MK-i bir çox məscid, kilsə və sinaqoqları maarifləndirici istiqamətlərdə istifadə üçün klubların balansına verdi. Əgər 1917-ci ildə Azərbaycanda 3.000 məscid var idisə 1927-ci ildə bu rəqəm 1.700, 1933-cü ildə isə 17 idi. Xanəgah məscidi də bağlanıb, binadan anbar kimi istifadə olunub. Məscidin minbəri dağıdılıb, içərisindəki kitablar və bəzi sənədlər məhv edilib.

Azərbaycan müstəqilliyini yenidən bərpa etdikdən Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2 avqust 2001-ci ildə verdiyi 132 nömrəli qərar ilə isə məscid yerli əhəmiyyətli daşınmaz tarix və mədəniyyət abidələrinin siyahısına salınıb. Məscidin binası uzun müddət təmir olunmadığı və istifadəsiz qaldığı üçün dağıntılara məruz qalıb. Damı və divarları uçub.