Xacə Baqibillah 971-ci (1563-cü) ildə Kabildə doğulmuşdu. Səmərqəndli Qazı Əbdüssəlam Xalacinin oğludur. Ubeydullah Əhrarın nəslindən olan anasının, Baqibillah Dehlidə xanəgahını qurduqdan sonra dərvişlərin yeməklərini bişirmə vəzifəsini böyük bir zövqlə öz üzərinə aldığı rəvayət edilir.

Baqibillah gəncliyində İslami elmləri adında bir zatdan öyrənməyə başladı. Mövlana Sadıq Kabildən Mavəraünnəhrə gedincə tələbələrini də özü ilə bərabər götürdü; ancaq Baqibillah təhsilini bitirmədən təsəvvüfə yönəldi və Orta Asiyada çeşidli şeyxlərdən faydalandı. Nəqşibəndi təriqətından Şeyx Ubeyd, Mövlana Lütfullah və və Yəsəvi təriqətından İftixar Şeyxə intisab etdiysə də, inabəsini təkrar təkrar pozdu. Bir müddət sonra Lahora keçən Baqibillah ona təklif edilən Moğollar ordusundakı vəzifəni qəbul etməyib dərvişanə həyatına davam etdi. Sonucsuz qalan bir eşq macərası keçirdikdən sonra daha güclü bir əzmlə təkrar özünü təsəvvüfə verdi. Bir röyasında Xacə Bahaəddin Nəqşibəndin ruha niyətindən zikr təlqinini aldı və yenidən özünə bir mürşid aramağa başladı. Bir müddət pərişan bir vəziyətdə Lahor küçələrində dolaşan Baqibillah muradını orada tapa bilməyincə Xacə Ubeydullah Əhrarın ruhaniyətinin bir işarəsinə uyaraq öncə Kəşmirə, sonra Mavəraünnəhrə getdi. Səmərqəndə yaxın bir qəsəbədə oturan Mövlanə Xacə Əmkənəkidən inabə aldı. Əmkənəki, Baqibillahla üç gün, üç gecə xəlvətdə oturduqdan sonra ona Hindistana dönüb orada Nəqşibəndi təriqətını yayma vəzifəsini verdi. Baqibillah öncə bu işdə müvəffəq ola bilməyəcəyini irəli sürdüysə də, daha sonra bu vəzifəni qəbul etdi. Bir il Lahorda qaldıqdan sonra Dehlinin Firuzabad məhəlləsinə yerləşib orada bir xanəgah qurdu. Dehlidən yalnız bir dəfə həccə getmək üçün ayrıldı və həyatının geri qalan qismini xanəgahda keçirdi.

Baqibillahın irşad dövüi ancaq iki üç il davam etdi, fəqət bu qısa müddət içində, özündən öncə Orta Asiyadan gələn Nəqşibəndi şeyxlərindən çox daha təsirli bir fəaliyət göstərərək Nəqşibəndi təriqətını Hindistan torpaqlarında kökləşdirməyi bacardı. Müridlərinə "zikr-i hafi" təlqin edərkən onların qəlblərinə təsir etmək üçün bütün himmətini sərf edərdi; elə ki, "qəlblərindəki maddi izlər onlara ilahi həqiqəti idrak yollarını bir daha qapada billməzdi".

Baqibillah qırx yaşındaykən 25 rəbiülahir 1012 (2 oktyabr 1603) tarixində vəfat etdi. Dehlidə peygəmbərin ayaq basdığına inanıldığı üçün Qədəmgah deyə anılan bir yerin yaxınlarında torpağa verildi. Daha sonra qəbrinin ətrafında geniş bir məzarlıq meydana gəldi.