Hər iki respublikanın ərazisi bir müddət [[Rusiya İmperiyasıimperiyası]]nın tərkibində idi. Daha sonra isə Azərbaycan müttəfiq respublika kimi, Başqırdıstan isə Rusiyanın subyekti kimi [[SSRİ]]-nin tərkibində olmuşlar. Elə həmin dövrdə də onlar arasında iqtisadi və mədəni əlaqələr formalaşmışdır. Xüsusilə həmin dövrdə əsasən əsasən neft sahəsində inkişaf etmişdir<ref name="xalqqazeti.com">[http://www.xalqqazeti.com/az/news/politics/16005 Başqırdıstan Prezidenti: "Əməkdaşlığımızı qeyri-neft sektorunda da inkişaf etdirmək lazımdır"]{{Dead link|date=January 2021 |bot=InternetArchiveBot }}. xalqqazeti.com, 09.10.2011 {{az}}</ref>. [[SSRİ]] dağıldıqdan, postsovet məkanında müstəqil dövlətlər yarandıqdan sonra bu münasibətlər daha da inkişaf etməyə başlamışdır. Hazırda Azərbaycan müstəqil dövlət kimi Rusiyanın subyekti olan Başqırdıstanla bir sıra mədəni, təhsil və s. əlaqələrə malikdir.