Şah İsmayıl Xətai 1487-ci il [[17 iyul|iyulun 17-də]] nüfuzlu azərbaycanlı ailəsində anadan olmuşdur. O, ata tərəfdən [[Şeyx Səfiəddin]] nəslindən idi. Şah İsmayılın atası [[Şeyx Heydər]], babası [[Şeyx Cüneyd]] olmuşdur. Onun anası [[Aləmşah bəyim]] [[Ağqoyunlular|Ağqoyunlu]] hökmdarı [[Uzun Həsən]]in qızı, [[Sultan Yaqub]]un bacısı idi.{{sfn|Quliyeva Nahidə|year=2017|p=3}} Şah İsmayılın iyirmi beşinci babası Əbülqasım Həmzənin, on beşinci babası Qızılbörk Firuzun qəbirləri [[Ərdəbil]] yaxınlığındakı Şeyx-Kəhrəlan kəndində indi də durur. Yerli əhali bu qəbirlərə ziyarətgah kimi baxır.{{sfn|Əliyar Səfərli &| Xəlil Yusifli|year=2005|p=5}}

 

[[Şiraz]] yaxınlığındakı İstəxr qalasında həbs olundu və 5 il burada saxlanıldı.{{sfn|Şəmsi İsgəndəroğlu|1972|p=145}} Bir müddətdən sonra [[Uzun Həsən]]in nəvəsi [[Sultan Rüstəm]] [[Səfəvilər]]dən istifadə etmək məqsədi ilə onları həbsdən azad etdirib müstəqil hakim kimi [[Şeyx Sultan Əli|Sultanəlini]] [[Ərdəbil]]ə qaytardı.{{sfn|Oqtay Əfəndiyev|year=2007|p=42}} Şeyx Heydərin böyük oğlu [[Şeyx Sultan Əli|Sultan Əli]] atasının işini davam etdirir və həlak olmazdan əvvəl qardaşı İsmayılı təriqət şeyxi vəzifəsinə varis təyin edildi.{{sfn|Sadiq Nağıyev|year=1997|p=14}} [[Şeyx Sultan Əli|Sultan Əlinin]] və [[Sultan Rüstəm]] birləşmiş qüvvələri [[1493]]-cü ildə Baysunquru məğlub etdilər. Geri çəkilmək istəyən [[Sultan Baysunqur]] döyüşdə öldürüldü. Sultan Rüstəm əsas rəqibini məğlub etdikdən sonra [[Səfəvilər]]ə qarşı siyasətini dəyişdi. [[Ərdəbil]] yaxınlığı [[Şəməsi döyüşü]]ndə [[Şeyx Sultan Əli]] məğlub edildi və öldürüldü.{{sfn|V. Minorski|year=1957|p=114}}{{sfn|Cəfər İbrahimov|year=1905|p=5}} [[Şeyx Sultan Əli|Şeyxin]] ölümündən sonra sufilər İsmayıl və qardaşı İbrahimə [[Ərdəbil]]də gizlənməyə görə kömək etdilər. Onların ardınca [[Şeyx Heydər|Heydərin]] oğlanlarını hər vasitə ilə tutmaq və məhv etmək tapşırığını almış [[Eybə Sultan]]ın dəstələri şəhərə daxil oldular. İsmayıl anası [[Aləmşah bəyim]]in onu ilk vaxtlar onları gizlətdiyi [[Şeyx Səfiəddin]] məqbərəsini tərk edərək, Qazi Əhməd Kakuli adlı səfəvi müridlərindən birinin evinə köçdü və üç gün ərzində orada qaldı. Yeddi yaşlı oğlan Xancan adlı qadının himayəsinə verildi.{{sfn|Oqtay Əfəndiyev|year=2007|p=43}} [[Qızılbaşlar]] şeyx İsmayılı və qardaşı İbrahimi [[Ərdəbil]]də gizlətdikdən sonra Rəştə, daha sonra isə [[Lahican]]a, [[Gilan]]ın Biyepiş vilayətinin hakimi Gərkiyə Mirzə Əlinin yanına gətirdilər. O, tanınmış alim Şəmsəddin Lahicini ərəb və fars dillərini öyrətmək, quranı oxumaq üçün İsmayılın və qardaşının tərbiyəçisi təyin etdi.{{sfn|Sadiq Nağıyev|year=1997|p=15}}