On beşinci əsrin ortalarında Volqa-Don və Xəzər dənizi ticarət marşrutu üzrə Şərqi Avropanı Hindistan ilə birləşdirən yeni ticarət marşrutu kəşf edildi. Bu kəşf bugünkü Bakı Limanının Xəzər dənizi ticarətində, eləcə də, beynəlxalq dəniz ticarətində əsas mərkəz kimi əhəmiyyətini artırmışdır. Əvvəlki əsrlərdə dəniz ticarəti Bakı şəhərinin ən əsas fəaliyyəti olmasına baxmayaraq, Bakı Limanına edilən rəsmi tarixi istinadlara 1564-cu ildən rast gəlinir. 1564-cu ildə Səfəvi hökmdarı I Şah Təhmasibin əmri ilə Şeyx Zahid Bakı Limanının “birinci naziri” təyin edildi.

 

 

19-cu əsrin ortalarında müasir Bakı Limanının tikintisinə başlanıldı və 1902-ci il 21 iyul tarixində limana rəsmi olaraq özünüidarəetmə hüququ verildi. Yük və sərnişin nəqli baxımından liman dünyanın aparıcı limanlar sırasına daxil idi, o cümlədən Rusiya İmperiyasının ən böyük limanı hesab edilirdi. Pambıq, meyvə və qənd kimi quru yükün müxtəlif növləri Bakı Limanının, eləcə də, Krasnovodsk (bugünkü Türkmənbaşı), Petrovsk (bugünkü Mahaçqala) və İran limanları kimi Xəzər dənizinin digər limanlarının əsas ticarət malları sırasına daxil idi.  Artıq 1900-cu ildə illik yük trafiki 6.5 milyon tona (təqribi olaraq 400 milyon Rusiya pudu) çatmışdır və 1912-ci ildə liman ümumilikdə 157,779 sərnişinə xidmət göstərmişdir. Rusiya İmperiyası tranzit yük kimi Bakı Limanından keçən təxminən 38.1 milyon pud yük ilə Bakı Limanının tranzit imkanlarından faydalanırdı. Qeyd etmək lazımdır ki, 1905-ci ildə ən çox yük aşıran liman olmuşdur.