Müsəlman fraksiyasının Türkiyə ilə müharibə əleyhinə mövqeyi Seymi öz fikrindən döndərə bilmədi. Seym 13 aprel tarixli iclasında müharibə haqqında qərar çıxardı. Ölkədə hərbi vəziyyət elan edildi. Seymin fəaliyyəti iki həftəliyə donduruldu. Həmin iclasda hərbi vəziyyətlə əlaqədar yaradılmış Ali Müdafiə şurasında Azərbaycan təmsil edilməmişdi. Bu, Müsəlman fraksiyasının müharibə əleyhinə olmasından daha çox onların hadisələrin gedişinə təsir imkanlarını aradan qaldırmaq məqsədi güdürdü. Seymin iclaslarının keçirilməməsi isə Müsəlman fraksiyasının tamamilə təcrid edilməsilə nəticələndi. Müsəlman fraksiyasının aprelin 13-də keçirilən iclasında çıxış edən Heybətqulu Məmmədbəyov bildirdi ki, hökumət və Seym bu addımı ilə müsəlmanlarını hüquqlarını tapdalayır, belə olduqda ermənilər və gürcülərlə işləmək mümkün deyil. O, Seymin tərkibindən çıxaraq, Qafqazın çeçen və inguş nümayəndələrini bir yerə toplayıb onların gələcək taleyi barədə düşünməyi təklif etdi. Lakin Məmməd Yusif Cəfərov sülh nümayəndələri Trabzondan qayıdana qədər Seymin tərkibindən çıxmaq məsələsini müzakirədən çıxarmağı məsləhət gördü. O, həmçinin bildirdi ki, müharibə ilə bağlı milli münasibətlərin kəskinləşdiyi bir vaxtda müsəlmanlar bütün hakimiyyətin hərbi kollegiyanın əlində cəmlənməsi ilə barışmayacaqlar.