1959-cu ildə Ərzincan Hərbi Liseyini və 1961-ci ildə Hərbi Akademiyanı, 1963-cü ildə isə Piyada məktəbini bitirib. 1983-1986-cı illər arasında Kuleli Hərbi Liseyinin komandiri və 1986-1988-ci illər arasında Prezident Qvardiyası Alay Komandanlığı vəzifələrində çalışmışdır. 1992-ci ildə general-mayor rütbəsinə yüksəlmişdir. Bu rütbədə 3 il Baş Qərargahın baş katibi və Türk Hərbi Akademiyasının komandiri kimi çalışmışdır. 1996-cı ildə general-leytenant rütbəsinə, 2000-cı ildə ordu generalı rütbəsinə yüksəldilmişdir. 2004-cü ildə Quru Qoşunları komandiri, 31 iyul 2006-cı ildə isə Baş Qərargah rəisi təyin edildi. 30 avqust 2008-ci ildə təqaüdə çıxmışdır.

9 Noyabr 2005-ci ildə Şemdinli hadisələri zamanı hadisə yerində bomba və silahlarla tutulan gizir Əli Qaya haqqında "onu tanıyırıq, yaxşı oğlandır" demişdi. Onun bu sözləri ilə məhkəməyə təsir etmək istədiyi irəli sürüldü və hadisə ilə əlaqəli prokurorlu iddianaməsində "təşkilat qurmaq, saxta sənədlər vermək və vəzifə səlahiyyətlərindən sui-istifadə etmək" sözləri yer almışdı və Baş qərargah tərəfindən araşdırılmasını istənilirdi. Baş Qərərgah Rəisliyi bəyanat yayaraq prokuror Sərhad Sarıqayanı tənqid etdi. Yaşar Böyükanıt isə "vəkil belə tutmaram, çıxıb özümü müdafiə edərəm" dedi.

Öz dövründə, 2007-ci il prezident seçkilərindən əvvəl Baş Qərərgah Rəisliyinin internet saytında yayımlanan bəyanata görə uzun müddət gündəmdə qalmış, bəyanat mətbuat tərəfindən E-muhtira olaraq adlandırılmışdır. Təqaüdə göndərildikdən 8 ay sonra ilk dəfə "32. gün" proqramında verdiyi 7 may 2009-cu il tarixli müsahibədə E-muhtiranın mətninin şəxsən özü tərəfindən hazırlandığını açıqlamışdır. 4 may 2007-ci il tarixində prezident Rəcəb Tayyib Ərdoğan ilə Dolmabaxça sarayında həyata keçirdikləri ikili görüş müxtəlif iddialara yol açmışdır. Lakin görüşülən məsələləri hər iki tərəf gizli saxladı.

WikiLeaks tərəfindən 29 noyabr 2010-ci il tarixində nəşr olunan diplomatik sənədlərin yerli media bölməsinə görə, Özkökə qarşı çıxan 7 generalın adı belə idi: Quru Qoşunları komandanı Aytac Yalman, Jandarma komandanı Şənər Əruyğur, Birinci ordu komandiri Çətin Doğan, Egey ordu komandanı Xurşud Tolon, İkinci Ordu komandiri Fevzi Türkəri və MTŞ baş katibi Tuncər Kilinc. Eyni sənəddə Böyükanıtın ikili oynadığı bildirilirdi.

17 noyabr 2019-cu il tarixindəki ölümünə qədər Filiz Böyükanıt ilə evli qalmışdır. Cütlüyün bir qızı olmuşdur.. İngiliscəni yaxşı bilən Böyükanıt, Beykent TV-də Bekkənd TV-də "Qırmızı Xətt" proqramını da təqdim etmişdir. Bəykənd Universiteti Strateji Araşdırma Mərkəzində (BÜSAM) məsləhətçi olaraq çalışmışdır. Keçmiş Baş Qərargah rəislərindən biri olan Yaşar Böyükanıt 21 noyabr 2019-cu ildə 79 yaşında İstanbulda ürək çatışmazlığı səbəbindən müalicə aldığı xəstəxanada vəfat etmişdir.

• 2007-08-30 at the Wayback Machine