İki kilsə və yardımçı tikililərdən ibarət olan məbəd kompleksinin ilk kilsəsini 1000-ci ildə Siyuni Alban hökmdarı Smbatın köməkliyi ilə onun arvadı Şahanduxt ucaltmış, 1007-ci ildə isə onun oğlu Sevada burada ikinci — günbəzli kilsəni tikdirmişdir. Məbəd 1931-ci il zamanı böyük dağıntılara məruz qalmışdır.

Vağudi məbədi Zəngəzur mahalının Qarakilsə (02.03.1940-cı ildən — Sisian) rayonunun Vağudi kəndindən 2 km cənubda yerləşmişdir.

Ermənilər bu məbədi "Vorontnavank" adı ilə erməni kilsəsi kimi təbliğ edirdilər, halbuki məbədin yerləşdiyi Zəngəzur mahalı və Qarakilsə ərazisi qədimdən Türk-Oğuz boylarının anayurdu olmuş, bu yerlərə ermənilərin ilk kütləvi axını XIX yüzilliyin əvvəllərində bölgənin Rusiya tərəfindən işğalından sonra başlanmışdır.

Vağudi kəndində 1918-ci ilə qədər ancaq Azərbaycan türkləri yaşamışlar. Burada azərbaycanlıların 1918–1920-ci illər soyqırımından sonra kəndə Türkiyə və İrandan onlarla erməni ailəsi köçürülüb gətirilmişdir. Və nəticədə kənd ermənilərlə azərbaycanlıların qarışıq yaşadığı kəndə çevrilmişdir. 1988-ci ildə isə kəndin azərbaycanlı əhailisi növbəti dəfə soyqrımına məruz qalaraq tamamilə ovulub kənddən çıxarılmış, kənd bütövlükdə erməniləşdirilmişdir.

• Ermənlərin cənubi qafqaza köçürülməsi
• Azərbaycanlıların deportasiyası (1988-1989)
• Ermənistandakı məscidlərin siyahısı