Qoruğun iqlimi dəniz qütblüdür, çox sərtdir. Qar örtüyünün qalma müddəti 250–270 gündür. Qoruğun şimalında orta şaxtasız dövr 40 gün, cənub hissəsində 45 gündür. Orta günlük temperatur 0 ° -dən yuxarı olan isti dövrün müddəti dağlıq hissədə 108 gün, dəniz sahillərində isə 97 gündür. İsti mövsümdə torpağın 10 ilə 120 sm dərinliyə qədər əriməsi mümkün olur.

Lena deltası nadir təbii bir yaradılışdır. Böyük çay burada saysız-hesabsız qollarla axır. Burada 30 mindən çox göl əmələ gətirir. Qoruğun bu hissəsi ərazinin beşdə birini təşkil edir; dörddə birindən çoxu körfəzlər və qollardan ibarətdir. Beləliklə Ust-Lena qoruğu yarım sulu ərazilərlə, Laptevlər dənizinin sahillərinə dopğru uzanır.

Qalan ərazi müxtəlif çəmən, otlu-kollu, yosun, tundra, eləcə də tundra-bataqlıqlar ilə örtülmüşdür. Kanalın sahilləri boyunca enziz ərazidə kolluqlar və çəmənlərin vardır. Sokol adlanan hissədə dəniz səviyyəsindən 500 metr yüksəkliklər vardır..

Qoruqda 402 növ damar bitkisi var, bunlardan 20-si Yakutiya üçün, 3-ü isə SSRİ-nin nadir bitkilərinin siyahısına daxil edilmişdir: Qorodkov dəlikçiçəyi, Qorodkov mahmızlaləsi, Ağ-süd rəngli daşdələn. Tit-Arı adası dünyanın ən şimal meşəsi ilə məşhurdur. Adanın qərb hissəsində təxminən 72 ° ş.e-dən aşağı, 6 m uzunluğa qədər böyüyən bilən Larix cajanderi ağacları bitir. Balıqların 32, amfibiyaların 1, quşların 109 növ, məməlilərin 33 növü ərazidə yaşayır. Quşlar arasında — Qazkimilərə, Qağayıkimilərə, Cüllütlərə daxil olan bəzi növlər və Kiçik qu quşu kimi quşlar SSRİ və Rusiyanın Qırmızı Kitablarına daxil edilmişdir. Həmçinin ağ ayı və morjların bir yarımnövü olan Laptev morju qoruma altındadır. Son illərdə XX əsrin 40-cı illərinə qədər bu sularda məhv edilmiş Laptev morjlarının əvvəlki yataqlarına qayıtma faktları müəyyən olunmuşdur. Bu ehtimal ki, ərazidə ümumi daşımaların azalması ilə əlaqədardır. Ancaq mövcud vəziyyət narahat doğurur. Bulun ulusunda yayılmış vəhşi maralıların populyasiyası 70 minə çatır. Burada çox sayda Qütb tülküsü, Kamçatka marmotu və qar qoyunları yayılmışdır. 1996-cı ildə Taymır Təbiət Qoruğundan gətirilən Müşk öküzü əraziyə uğurla uyğunlaşmışdır.